네, 연매출 2000만원 미만의 간이사업자인 경우에도 원천징수를 통해 세금을 납부해야합니다. 프리랜서 인건비는 소득세를 원천징수해야 하는 사업소득에 해당하기 때문입니다. 그러나 이는 프리랜서가 개인사업자가 아닌 경우에 해당하며, 프리랜서가 개인사업자인 경우에는 여러 방식으로 결제를 진행할 수 있으니 상황에 따라 다를 수 있습니다.

또한, 여기에 있어서 중요한 점은 간이과세자는 세금계산서 발행이 불가능하기 때문에, 출금계좌를 통해 돈을 지급한 뒤 영수증을 발행받아 경비처리를 하셔야 합니다. 그러므로 이 점도 고려하여 결정하시는 것이 좋습니다.

세금에 관련된 문제는 복잡하고 상황에 따라 달라질 수 있으므로, 세무사와 상의하는 것이 가장 확실한 방법일 것입니다. 위 설명은 일반적인 상황에 대한 설명으로 구체적인 세무처리는 세법적용에 따라 달라질 수 있음을 알려드립니다.