안녕하세요. 대학교 등록금에 대한 연말정산 관련하여 문의해 주셔서 감사합니다.
일반적으로 대학생이 등록금을 내는 경우, 학자금 대출이 아니라 본인의 소득으로 부담한 경우에 한해서 연말정산을 할 수 있습니다.

그렇다면 본인이 직접 등록금을 내고 싶으신 경우, 다음과 같은 절차를 고려해 볼 수 있습니다.

1. 등록금 납부자 변경: 등록금 납부자를 본인으로 변경합니다. 일반적으로 대학마다 다르지만, 학사정보시스템 혹은 학사관리실을 통해서 납부자 정보를 변경할 수 있습니다.
또한 학교에 따라 납부자 변경이 어려울 수 있으므로, 본인이 직접 등록금을 납부한 후에 대학교에 해당 사실을 증명할 수 있는 서류들(입금 확인서, 송금 내역 등)을 제출하면 됩니다.

2. 연말정산: 이후 연말정산을 할 때 본인이 등록금을 낸 것을 증명할 수 있는 서류를 제출하면 됩니다. 그러면 본인 우대 세액 공제 항목인 '등록금'에 대해 공제받을 수 있습니다.

주의하실 사항은 본인이 낸 등록금이 본인의 소득으로 부담 가능한 금액인지 확인해야 합니다. 만약 소득이 없거나 소득이 납부한 등록금에 비해 적다면 공제를 받을 수 없습니다. 그리고 등록금을 납부한 사실을 증명하기 위한 확실한 증빙자료가 필요합니다.

어머니께서 등록금 납부 사실을 모르시도록 하려면, 위의 절차대로 진행하면 될 것 같습니다. 다만, 꼭 모든 과정에서 직접 납부하신 사실과 이에 대한 증빙을 철저히 관리하셔야 합니다.

하나하나 복잡하게 느껴질 수 있습니다만, 꼼꼼히 진행하시면 원하시는 결과를 얻으실 수 있으리라 생각합니다.
다른 궁금한 점이 있으시면 언제든 질문해주세요. 감사합니다.