스톡옵션의 비과세특례와 벤처투자에 대한 소득공제가 중복적용되는지 여부는 사업자의 세무 상황, 법률 해석 등 여러 요인에 따라 변할 수 있습니다. 일반적으로 법률은 중복적용을 허용하지 않지만, 특별한 경우에는 예외적으로 이루어질 수도 있습니다. 따라서 이에 대한 정확한 답변을 얻기 위해서는 세무 전문가나 회계사, 변호사 등에게 상담하는 것이 좋습니다.

현재까지의 법률 해석과 관행상, 스톡옵션 신주발행 행사 시 비과세 특례와 벤처투자 소득공제가 동시에 적용되는 경우는 드물며, 일반적으로 스톡옵션에 대한 비과세 특례와 벤처투자 소득공제는 각각 별도의 조건과 규정을 따르기 때문에 동시에 적용되기는 어려운 것으로 알려져 있습니다.

다만, 세법의 해석과 적용은 경우에 따라 달라질 수 있으므로, 반드시 전문가의 도움을 받으시는 것을 권장드립니다.