2025년 폐업 시 창업감면 적용은 언제까지 가능할까요?

Question

김지현 · Accepted Answer

안녕하세요. 율전세무회계 컨설팅의 김지현 입니다.

문의하신 조세특례제한법 제6조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면)에 따른 창업 중소기업의 세액 감면 규정 관련된 질문에 대해서 아래의 답변을 참고하시기 바랍니다.

1. 법조문 내용 확인 및 해석
(1) 창업중소기업 세액감면 관련
○ 근거법문 : 조세특례제한법 제6조 제1항
대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 “창업보육센터사업자”라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.
● 요지 : 창업감면은 최초 소득이 발생한 과세연도를기준으로 총 5개 과세연도 동안 적용가능하며, 감면의 종료시점은 사업지속 여부와 무관합니다.

(2) 폐업시 감면 배제 여부 검토
○ 근거법문 : 조세특례제한법 제6조와 동법 시행령 제5조에는 "폐업 연도의 소득에 대해 감면을 배제한다"는 조문은 존재하지 않습니다. 다만, 다음과 같은 사후 관리 규정은 존재합니다.
제2항 단서 : 제1항에 따라 감면을 받은 자가 벤처기업 요건을 충족하지 않게 되는 경우에는 감면을 적용하지 않는다.
제4항 단서 : 제1항에 따라 감면을 받은 자가 에너지신기술중소기업 요건을 충족하지 않게 되는 경우에는 감면을 적용하지 않는다.
● 요지 : 특정 유형 (벤처기업, 에너지신기술기업)의 지속적 요건 유지를 요구하는 조항은 존재하지만, 단순한 폐업으로 인해 감면이 배제된다는 규정은 없음

2. 검토 결론 :
○ 2024년 귀속 종합소득세 신고 : 2025년 5월 신고시 창업중소기업 세액 감면 적용하여 신고 가능
○ 2025년 귀속 종합소득세 신고 : 2026년 5월 신고시 창업중소기업 세액 감면 적용하여 신고 가능
(참고) 폐업하신 사업자분의 기존 신고된 종합소득세에 대해서도 창업감면을 적용한 경정청구를 진행했던 경험칙을 고려하면 폐업은 창업 감면 배제 사유에 해당하지 않는다고 판단됩니다.

3. 추가 참고 (사후검증 대비)
○ 폐업 시 감면된 세액 추징 사유 아님.
○ 다만, 국세청은 창업요건(①해당 업종인지, ②수도권 과밀억제권역 내 제외지역인지, ③사실상 동일사업체로부터 분할되지 않았는지 등)을 추후에 검토할 수 있으므로, 창업 당시 관련 자료 보관 필요.
○ 중소기업창업감면은 상당한 세무적인 혜택이 제공되는 관계로 과세관청 (세무서, 지방국세청 등)에서는 해당 감면이 적용된 납세자들의 신고 자료에 대해서 사후 검증을 할 수 있다는 점을 참고하여 관련 자료는 신고기한의 다음날부터 5년간은 보관하고 계시기 바랍니다.

세무 Q&A

2025년 폐업 시 창업감면 적용은 언제까지 가능할까요?