요약
- 말씀하신 사실관계(배우자는 토지 지분만 50% 보유, 건물은 등기 없음·건축물대장상 타인 소유)대로라면 그 폐건물은 귀 세대가 소유한 “주택”에 해당하지 않을 가능성이 매우 높습니다. 따라서 1세대 2주택으로 본 종부세 고지는 다툴 여지가 큽니다.
- 가장 안전한 절차는 고지대로 우선 납부한 뒤 이의신청(또는 심사/심판청구)을 통해 환급받는 것입니다. 고지를 무시하고 1주택으로 자진신고·납부하는 방식은 나중에 부인될 경우 가산세·가산금 리스크가 있습니다.

왜 2주택 산정이 잘못일 수 있나
- 종부세 주택 수는 “세대가 소유한 주택(건물)” 기준입니다. 토지만 소유한 경우는 주택 소유로 보지 않습니다.
- 해당 폐건물은
- 건축물대장에는 존재하나
- 건물 등기는 없고
- 건축물대장 소유자가 배우자가 아닌 제3자
라면, 귀 세대가 그 건물의 소유자가 아니므로 주택 수에 포함되지 않는 것이 원칙입니다.
- 또한 토지(대지)만 보유하고 건물 소유자가 다른 경우, 그 토지는 주택분 과세대상에서 분리되어 토지로 과세되며, 주택 수 산정에 영향을 주지 않습니다.

바로 해볼 확인
- 시·군·구청 세무과에서 다음을 열람/발급해 실제 과세자료를 확인하세요.
- 해당 건축물의 건축물대장(소유자, 용도)
- 재산세 과세대장(올해 주택분 재산세가 누구에게 과세되었는지)
- 토지 등기부등본
- 홈택스 종부세 고지서의 “주택 수 산정 내역” 화면에서도 추가로 잡힌 주택의 표준값/소유자 정보가 보이는지 확인합니다.
- 만약 기초자치단체 재산세 자료에서 배우자가 ‘건물 소유자’로 잘못 잡혀 있으면 시정 요청부터 하세요. 종부세는 지방세(재산세) 과세자료를 기초로 산정됩니다.

불복(이의신청) 방법
- 기한: 고지서를 받은 날부터 90일 이내.
- 기관: 고지서를 발부한 관할 세무서장(국세)에게 이의신청. 결과에 불복 시 국세청 심사청구 또는 조세심판원 심판청구로 단계 진행 가능.
- 제출서류 예시
- 이의신청서(사실관계·청구취지·법리 요지)
- 건축물대장(소유자: 제3자) 사본
- 토지 등기부등본(배우자 토지지분 50% 보유 사실)
- 해당 건물의 재산세 고지서(주택분이 제3자에게 과세된 내역) 또는 과세대장 열람 서류
- 현장 사진(폐가 상태), 멸실·붕괴 사실이 있으면 멸실신고서 등
- 주민등록표 등본(세대 구성), 가족관계증명서
- 주장 요지
- 세대는 주택 1호만 소유하고, 문제의 시골 건물은 건축물대장상 제3자 소유로서 세대가 소유한 주택이 아님.
- 배우자는 토지 지분만 보유하므로 종부세 주택 수 산정 대상이 될 수 없음.
- 따라서 1세대 1주택 공제(12억) 및 고령자 세액공제(70세 이상 40%) 적용 대상에 해당.

납부 방식에 대한 주의
- 고지와 다르게 홈택스로 1주택으로 신고·납부할 수는 있으나, 사후에 과세관청이 이를 부인하면 차액에 대해 가산세(신고불성실·납부지연 등)나 체납가산금이 부과될 수 있습니다.
- 안전한 선택지는
- 고지세액을 우선 납부 후 이의신청으로 다투어 환급받는 방법, 또는
- 이의신청과 함께 징수유예·체납처분유예를 신청해 납부 리스크를 관리하는 방법입니다.
- 기한이 임박했다면 담당자와 통화하여 증빙을 제출하고 즉시 정정고지를 요청해 볼 수도 있습니다(간단한 착오라면 내부 정정으로 해결되는 경우가 있습니다).

추가 팁
- 실제로 폐가이며 사용불가 상태라면, 건물 소유자가 멸실신고를 하도록 안내해 두세요. 향후 분쟁 예방에 도움이 됩니다.
- 혹시라도 다른 지역의 소액 지분 주택, 분양권·입주권, 주거용 오피스텔 등 주택 수에 포함되는 다른 자산이 세대에 없는지 최종 점검해 보세요.

간단한 문안 예시
- “배우자는 문제의 토지 지분만 50% 보유하고 건축물대장상 건물 소유자는 제3자이므로, 동 건물은 당 세대가 소유한 주택이 아닙니다. 그럼에도 동 건물을 근거로 1세대 2주택으로 보아 고지한 것은 위법·부당하므로, 주택 수를 1호로 정정하고 1세대1주택 공제(12억) 및 고령자공제(70세 이상 40%)를 적용하여 종부세를 경정해 주시기 바랍니다.”

정리
- 이의신청은 충분히 가능하고, 현재 사정이라면 승산이 높아 보입니다.
- 납부는 고지대로 하되 불복으로 환급받는 것이 가장 안전합니다. 신고납부로 낮게 내는 방식은 리스크를 감안해 신중히 결정하세요.
- 증빙을 빠르게 모아 관할 세무서와 시·군·구 재산세과 양쪽에 동시에 사실관계 정정 요청을 진행하시면 처리 속도가 빨라집니다.