참조만 부탁드립니다.
안녕하세요. 질문주신 구조에서 핵심은 “누가 수입자(importer of record)인가”와 “계약·세금계산서 흐름을 그에 맞게 정렬했는가”입니다. 아래는 일반 원칙과 실무 포인트입니다.
1) 수입 시 부가세 납부자
- 수입부가세는 통관상 “수입신고서의 납세의무자(수입자)”가 관세청에 납부합니다.
- 고객사가 수입자로 신고·통관한다면 고객사가 납부합니다. 국내지사가 수입자라면 국내지사가 납부합니다.
- 사업자가 과세사업에 사용하는 재화라면 납부한 수입부가세는 매입세액으로 공제 가능합니다(수입신고필증·수입세액납부서로 공제).
2) 국내지사의 매출·매입(수입) 부가세 처리
- 모델 A: 국내지사가 수입자
- 국내지사: 수입부가세 발생(매입세액 공제), 고객에게 재화 공급 세금계산서 발행(매출세액 발생). 즉, 매입세액(수입)과 매출세액 모두 발생.
- 모델 B: 고객사가 수입자(본사가 직배송, 고객이 통관)
- 원칙적으로 재화의 국내공급자는 ‘수입 후 판매하는 자’가 되는 게 자연스럽습니다. 고객이 수입자라면 재화 매출세금계산서는 국내지사가 아닌 것이 일반적입니다.
- 이 구조에서 국내지사가 해야 할 것은 통상 “중개/대행 수수료”에 대한 세금계산서(용역)에 한정됩니다. 이 경우 국내지사에는 수입 매입세액이 발생하지 않습니다.
- 주의: 고객이 수입부가세를 냈는데 국내지사가 재화 전체 금액으로 세금계산서를 추가 발행하면, 과세 체계가 어긋나 이중과세·증빙불일치 이슈가 생길 수 있습니다. 현재처럼 고객이 수입자라면, 국내지사는 재화 매출세금계산서 대신 “용역(수수료)” 세금계산서만 발행하는 형태로 정렬하시거나, 아예 구조를 모델 A(국내지사가 수입자 겸 판매자)로 바꾸는 것이 안전합니다.
3) 본사로의 대금 송금 시 외환/증빙
- 무엇을 송금하느냐에 따라 증빙과 세무가 달라집니다.
1) 상품 매입대금(무역대금) 송금: 수입자(국내지사)가 본사에 지급
- 기본 증빙: 매매계약서, 본사 인보이스, 선적서류(B/L, AWB 등), 수입신고필증, 관·부가세 납부영수증, 내부정산서류.
- 원천징수 없음(재화 대금).
2) 용역/로열티/기술사용료 송금: 본사가 국내지사에 제공한 서비스·권리에 대한 대가
- 기본 증빙: 계약서(용역/라이선스), 인보이스, 수행·사용 입증자료.
- 국내 원천소득 해당 시 원천징수세액 납부필증(조세조약 적용 시 감면신청서 포함)을 은행이 요구합니다.
3) 지점-본점 간 잉여자금/정산 송금(국내지사=외국법인의 국내지점)
- 통상 현재거래로서 은행을 통한 송금이 가능하며 사전허가 불필요(외국환거래규정상).
- 은행 실무: 본지점계정 잔액/정산내역, 재무제표 또는 잔액증명(Trial Balance), 납세사실 확인(법인세 신고/납부 확인 또는 세무대리인 확인서)을 요청하는 경우가 많습니다.
- 한국은 일반적으로 ‘Branch Profits Tax(지점송금세)’를 과세하지 않습니다. 다만 지점 이익에 대한 법인세 등 국내 세금은 정상 신고·납부가 전제입니다.
- 중요: 현재 구조(고객이 수입자, 본사가 직배송)에서 국내지사가 본사에 “상품대금” 명목으로 송금하려면 국내지사가 수입자·매입자로 서 있어야 무리가 없습니다. 그렇지 않다면 송금 성격을 “본사-지사 정산” 또는 “용역대가” 등 사실관계에 맞게 정리하고, 이에 따른 원천징수·증빙을 갖춰야 은행·세무 이슈를 피할 수 있습니다.
- 이전가격: 본사-지사 간 마진 배분은 이전가격 규정(정상이익률) 준수가 필요하며, 규모에 따라 마스터파일/로컬파일 등 문서화 의무가 있습니다.
4) 급여를 본사가 직접 지급하는 경우의 4대보험/원천징수
- 근로가 한국에서 제공되고 사용자가 국내지사라면, 급여 지급 주체가 본사든 지사든 관계없이 국내지사가 사용자·원천징수의무자가 됩니다. 즉,
- 원천징수: 국내지사가 근로소득세를 원천징수·신고·납부해야 하며, 본사 직접지급분은 ‘현물/대납 급여’로 보아 합산 과세 처리(섀도 페이롤 운영 권장).
- 4대보험: 원칙적으로 국민연금, 건강보험(장기요양 포함), 고용보험, 산재보험 적용 대상입니다.
- 예외: 외국인 직원의 국민연금은 상호주의 적용(사회보장협정/상호주의 부존재 시 가입제외 가능). 고용·산재는 근로형태·직위에 따라 일부 제외될 수 있음. 건강보험은 국내 체류자 대부분 가입 대상.
- 파견근로/EOR 등 특수 구조가 있는 경우에도, 실질 사용사업장과 국내 근로 제공 사실에 따라 국내 보험·원천징수 의무가 성립할 수 있으니 사전 점검이 필요합니다.
권장 액션
- 계약서(본사-지사, 본사-고객, 지사-고객), 인보이스 흐름, 수입자 지정, 세금계산서 발행 주체를 일치시켜 재설계하십시오.
- 현재 고객이 수입자라면 지사의 역할을 “중개/대행 용역”으로 명확히 하고, 지사는 용역 수수료에 대해서만 세금계산서를 발행하는 방안을 검토하십시오. 아니면 지사가 수입자 겸 판매자가 되도록 전환하십시오.
- 본사 송금은 거래성격별로 증빙을 갖추고, 서비스/로열티 등은 원천징수 여부를 사전에 판단하십시오.
- 급여는 섀도 페이롤로 국내 원천징수·4대보험 가입을 정비하십시오.
- 세관사(관세사)와 세무사에게 케이스를 공유해 통관·부가세·외환·이전가격을 일괄 점검받는 것을 권합니다.
필요하시면 현재 흐름(계약서 요지, 수입신고서 사본, 세금계산서 발행 사례, 은행이 요구한 서류 목록)을 보내주시면 구조에 맞춘 체크리스트를 만들어 드리겠습니다. 본 답변은 일반 정보이므로, 실제 적용 전에는 담당 세무/관세 전문가와 반드시 확인하세요.