참조만 부탁드립니다.
요점 먼저
- 3.3% 원천징수(프리랜서 방식)는 부가세를 대체하는 방법이 아닙니다. 소득세의 사전징수일 뿐이고, 부가세(10%)는 별도로 처리해야 합니다.
- 개발 용역은 통상 부가세 과세대상입니다. 일반과세자인 개인사업자가 용역을 공급하면 세금계산서를 발급해야 하고, 미발급·오발급 시 가산세 위험이 있습니다.
- 계약서에 “부가세 별도”가 없고 금액만 써 있으면, 통상 ‘부가세 포함’으로 해석될 수 있습니다. 이 경우 공급가액이 13,636,364원, 부가세 1,363,636원으로 역산됩니다.
질문별 답변
1) 3.3%로만 처리해도 되나요(법적 리스크)?
- 아니요. 3.3%는 소득세 원천징수이고, 부가세와 무관합니다. 귀하가 일반과세 개인사업자로 과세대상 용역(개발 용역)을 공급했다면 세금계산서(공급가액+부가세)를 발급해야 합니다. 세금계산서 미발급/지연발급 가산세와 부가세 과소신고 가산세 리스크가 있습니다.
- 만약 상대방이 3.3% 원천징수는 하더라도, 귀하는 그와 별개로 세금계산서를 정상 발급하면 됩니다. 원천징수와 부가세는 병행될 수 있습니다.
2) 3.3%로 받았을 때 부가세 신고/가산세 리스크?
- 세금계산서를 발급하지 않고 1,500만 원만 받고 끝내면, 부가세는 여전히 신고·납부 대상입니다(1,500만 원×10% = 150만 원을 본인 돈으로 내야 함). 또한 세금계산서 미발급 가산세가 붙을 수 있습니다.
- 반대로, 세금계산서를 정상 발급하고 상대방이 3.3%를 원천징수해도 문제 없습니다(원천징수 세액은 귀하의 종소세에서 기납부세액으로 공제).
3) 3.3%로 받아도 종소세는 사업소득 신고, 부가세는 별도 신고?
- 네. 종합소득세는 사업소득으로 신고하고, 3.3%는 기납부세액으로 공제됩니다. 부가세는 반기별로 매출세액과 매입세액을 따로 신고·납부합니다.
4) 일반적으로 1,500+부가세 150=1,650 지급이 맞나요? 상대방 손익은?
- 일반과세자끼리 B2B라면 “공급가액 1,500만 원 + 부가세 10%(150만 원) = 1,650만 원”이 통상적입니다.
- 상대방이 정상 과세사업을 하는 일반과세자라면, 부가세 150만 원을 매입세액으로 공제받아 실질 부담은 공급가액 1,500만 원이 됩니다(일부 면세·불공제 항목이 아닌 한).
- 예외: 상대방이 면세사업(의료·교육 등)이라 매입세액을 공제받지 못하거나, 간이과세자이거나, 불공제 항목이면 부가세 150만 원이 실제 비용이 됩니다.
5) 귀하가 1,650을 받으면 부가세 150만 원은 매출세액으로 잡히나요?
- 네. 매출세액 150만 원이 잡히고, 보유한 매입세액을 빼고 나서 순액을 납부합니다.
6) 상대가 “부가세 포함 1,500만 원”만 주겠다고 하면?
- 그 경우 금액은 부가세 포함으로 보아야 하므로 역산됩니다.
- 공급가액 13,636,364원 + 부가세 1,363,636원 = 15,000,000원
- 여기에 3.3% 원천징수까지 하면(부가세 제외, 공급가액 기준) 약 450,000원이 추가로 빠져 실수령액은 약 14,550,000원.
- 귀하는 부가세 1,363,636원을 신고·납부해야 하므로 실질 수입(공급가액 기준)은 13,636,364원이 됩니다. 처음 기대한 1,500만 원보다 불리합니다.
- 따라서 계약금액 1,500만 원이 “부가세 별도”인지 계약서 문구를 반드시 확인하세요. “부가세 별도”가 없다면 법원·실무에서 ‘부가세 포함’으로 보는 경우가 많습니다.
정상 처리 예시(권장)
- 세금계산서: 공급가액 15,000,000원, 부가세 1,500,000원, 합계 16,500,000원 발행.
- 상대방이 3.3% 원천징수하겠다면, 원천징수 대상은 공급가액(15,000,000원)입니다. 원천징수세액 495,000원을 공제하고 16,005,000원을 지급하면 됩니다.
- 귀하는 부가세 1,500,000원을 신고·납부하고, 495,000원은 종합소득세 신고 시 기납부세액으로 공제됩니다.
실무 체크리스트
- 계약서에 “부가세 별도”가 명시되어 있는지 즉시 확인.
- 세금계산서(전자) 발급 및 전송기한 준수.
- 상대방이 원천징수 시, 부가세 제외 금액(공급가액)에만 3.3% 적용하도록 요청하고, 원천징수영수증 수령.
- 상대방이 계속 “부가세 포함 1,500만 원”이나 “3.3%만”을 요구하면, 귀하 손실이 발생하므로 계약금액을 재산정하거나 조건을 명확히 하셔야 합니다.
추가 메모
- 상대방이 정말 일반과세자이고 과세사업을 영위한다면, 부가세 10%를 아낄 이유가 없습니다(매입세액 공제 가능). 계속 거부한다면 면세·간이과세·불공제 사유가 있는지 확인 필요합니다.
- 케이스에 따라 가산세 리스크가 크니, 이미 용역이 완료되었고 발급 시점이 임박했다면 세무사와 계약서·발급기한을 함께 점검하시길 권합니다.