법인회사 주식 양도 후 양도세 신고를 하지 못했습니다

요약
- 네, 2020년 비상장법인 주식 양도분에 대해 홈택스로 양도소득세 기한후 신고가 가능합니다.
- 다만, 기한후 신고만으로 국세청 내부의 주주정보가 자동 정정되거나 제2차 납부의무 지정이 바로 해제되지는 않을 수 있습니다. 별도의 주주변동 정정 요청(증빙 제출)과 제2차 납세의무 지정 취소 절차를 병행하세요.
- 증권거래세(주식 양도 시 과세)도 기한후 신고·납부가 필요합니다.

권장 진행 순서
1) 증빙 정리
- 주식양도계약서(매매계약서)
- 대금 입출금 내역(계좌이체 내역, 영수증 등)
- 주주명부 및 명의개서 기록(양도일자 기재분)
- 주권(기명주권이면 말소·재발행 등 처리 내역)
- 이사회/주주총회 의사록(양도 제한이 있던 경우 승인 의사록)
- 법인 등기사항전부증명서(대표이사 사임, 상호·본점 변경 확인)
- 필요 시 인감증명서, 위임장 등

2) 홈택스에서 양도소득세 기한후 신고
- 경로: 홈택스 로그인 > 신고/납부 > 양도소득세 > 주식등(비상장주식) 양도소득세 기한후 신고
- 입력 핵심: 양도일, 양도가액, 취득일, 취득가액, 필요경비(세무사 수수료 등), 거주지 정보
- 유의: 가산세(무신고·납부지연)와 이자상당 가산세가 붙습니다. 다만 자진 기한후신고 시 일부 감면 규정이 있으므로, 안내되는 금액을 확인 후 납부하세요.
- 지방소득세(10%)는 연동되어 함께 계산·납부됩니다.

3) 증권거래세(비상장주식) 기한후 신고
- 경로: 홈택스 > 신고/납부 > 기타신고 > 증권거래세(기한후 신고)
- 과세표준: 양도가액, 세율: 2020년 비상장주식 0.45% 적용
- 가산세·이자 부과될 수 있음

4) 국세청에 주주변동 정정 요청
- 회사가 “주식등변동상황명세서”를 2020사업연도 법인세 신고 시 제대로 제출하지 않았을 가능성이 큽니다.
- 방법 A(가장 빠름): 관할 세무서(현재 법인의 관할) 법인세과/재산세과 또는 납세자보호담당관에 방문·전화하여 “주주변동 정정 요청” 및 사실관계 소명. 위 증빙 일체 제출.
- 방법 B: 현 경영진에게 2020년분 “주식등변동상황명세서” 정정제출 요청(비협조 시 A로 진행).
- 기한후 양도소득세 신고서와 첨부증빙을 함께 제출하면 내부 주주DB 정정에 도움이 됩니다.

5) 제2차 납세의무 지정 취소 요청(또는 불복)
- 지정 통지서를 받았다면, 통지서의 관할 세무서에 “제2차 납세의무 지정 취소 신청” 또는 이의신청을 제기하세요. 핵심은 해당 체납세액의 납부기한 당시 귀하가 주주·대표가 아니었음을 입증하는 것입니다.
- 증빙: 위 1)의 자료 + 등기부(사임일자), 양도일자와 체납세목·납부기한 대비 관계표.
- 통지서 수령 후 90일 이내 불복이 원칙이나, 경과했다면 납세자보호담당관을 통해 구제 절차(지정 취소 요청, 체납처분 유예 등) 상담 가능합니다.

추가 유의사항
- 시효: 2020년 양도분 양도소득세의 제척기간(일반 5년) 내이므로 지금도 신고 가능합니다.
- 거래가액·취득가액 입증: 실제 금액 입증이 어려우면 과세관청이 보충적 평가를 적용할 수 있으니 가급적 객관적 자료를 확보하세요.
- 분할 납부·기한 연장: 가산세가 커진 경우 홈택스 또는 관할 세무서에 분납/납부기한 연장 신청이 가능합니다.
- 세무사 도움: 비상장주식은 평가·증빙 이슈가 잦으므로 세무사 도움을 받으면 정정 및 불복 절차가 수월합니다.

원하시면
- 홈택스 입력 경로별 캡처형 안내,
- 제출용 소명서(주주변동 사실확인서) 초안,
- 제2차 납세의무 지정 취소 신청서 초안
을 만들어 드리겠습니다. 양도일, 양도가액/취득가액, 체납 통지된 세목과 납부기한(또는 체납기간)을 알려주세요.