아래 내용은 일반적인 법인세·회계 규정에 근거한 설명입니다. 실제 적용은 개별 사실관계와 회계정책, 거래구조에 따라 달라질 수 있으므로, 계약 체결 전 세무사와 서류 수준으로 점검받으시길 권합니다.

요점
- 개인과 달리 법인은 감가상각을 안 했다고 해서 양도 시 의제감가상각(강제 차감)으로 과세하지 않습니다. 법인세법상 감가상각은 결산조정사항이며, 원칙적으로 장부에 계상한 범위 내에서만 손금산입됩니다.
- 다만 관련자(대표이사 개인)와의 거래에서 토지/건물 가액 배분을 임의로 왜곡하면 부당행위계산부인(시가과세) 위험이 큽니다. 외부감정 없이 갈 수 있는 “가장 안전한 실무”는 취득일 현재의 기준시가 비율로 배분하는 것입니다.

1) 감가상각을 반드시 해야 하나요? 감가상각을 하지 않으면 양도 시 법인세 폭탄이 터지나요?
- 결론
- 법인은 감가상각을 장부에 계상하지 않아도 양도 시 의제감가상각으로 장부가를 강제로 낮추지 않습니다. 즉, “감가상각을 안 해서 나중에 양도차익이 의제상각으로 커지는” 개인사업자식 폭탄은 법인에는 일반적으로 적용되지 않습니다.
- 다만, 감가상각은 회계기준상 의무적인 절차입니다(경제적 내용연수에 따라 체계적 상각). 외부감사 대상은 물론, 비외감조차도 회계기준 위반 리스크(재무제표 신뢰성, 금융기관 제출 등)가 있습니다. 실무적으로는 “세법상 허용 범위 내에서 내용연수를 길게 잡아 상각액을 최소화”하는 방식이 안전합니다.

- 세무 포인트
- 감가상각비는 결산조정사항: 장부에 비용 계상한 금액만 손금산입 가능(과다계상분은 세무상 부인, 과소·미계상분은 나중에 소급 손금산입 불가).
- 따라서 “아예 상각을 안 하면” 매년 비용이 줄어 당기의 과세소득이 커지고, 나중에 양도할 때는 장부가가 높아 양도차익이 작아집니다. 총과세소득은 본질적으로 시계열 배분의 문제(타이밍)일 뿐, 법인에 의제상각으로 인한 추가 과세는 발생하지 않습니다.
- 귀사의 상황처럼 연간 이익이 거의 없고(급여 등으로 상쇄), 매각 시점의 세부담을 낮추고 싶다면:
- 회계기준을 준수하면서 세법상 허용 범위 내 최장 내용연수·정액법을 선택해 연 상각액을 최소화하는 방식을 권합니다(완전 무상각보다 회계 리스크가 낮음).
- 향후 내용연수 변경은 요건과 절차가 있으므로 최초 설정을 신중히 하세요.

- 주의
- 과거 미상각액을 한꺼번에 추후연도에 비용 처리(캐치업)하는 것은 원칙적으로 허용되지 않습니다.
- 장부상 상각액이 세법상 한도 초과 시 초과분은 손금불산입(유보)되고, 처분 시 손익에 반영되어 결과적으로 과세가 조정됩니다.

2) 취득가액 배분 시 토지 비중을 최대화하면 유리한가? 세무서에서 허용하는 한계와 계약서 문구는?
- 기본 원칙
- 토지는 비감가상각자산이므로 토지 비중을 높이면 매년 상각비가 줄고(장부가가 높게 유지), 양도 시 건물 측 양도차익이 커질 가능성이 줄어드는 효과가 있습니다.
- 그러나 대표이사 개인과 법인의 특수관계자 거래입니다. 시가와 다른 임의 배분은 부당행위계산부인(법인세법 제52조) 및 시가과세(국세기본법)로 바로 조정될 위험이 큽니다. 안전장치 없이 토지 비중을 “인위적으로 최대화”하는 것은 권하지 않습니다.

- 실무상 안전한 배분 방법(외부감정 없이 가는 경우)
- “취득일 현재의 기준시가 비율”로 총액을 배분합니다.
- 토지: 개별공시지가 × 대지권면적(지분율 반영)
- 건물: 시가표준액(주택/오피스텔 건물 과세표준)
- 질문에 주신 수치(건물 48,858,390원, 토지 15,097,500원)를 기준으로 하면 대략 건물 약 76.4%, 토지 약 23.6% 비율. 실제 매매총액에 이 비율을 곱해 배분하는 것이 가장 분쟁 가능성이 낮습니다.
- 이보다 의미 있게 다른 비율을 원한다면, 같은 시점의 외부 감정평가서(감정가액)를 확보해야 합니다. 감정 없이 자의로 비율을 높이면 세무상 재배분될 가능성이 큽니다. “얼마까지 허용” 같은 정해진 퍼센트 세이프하버는 없습니다.

- 계약서 및 증빙 작성 팁
- 매매총액을 명시하고, “토지·건물 가액은 취득일 현재의 기준시가 비율에 따라 배분한다”는 문구를 넣습니다.
- 부속서류로 다음을 첨부: 취득일 기준 개별공시지가 자료(대지권면적 계산 근거 포함), 건물 시가표준액 산출내역, 비율 계산표.
- 이사회 의사록(특수관계자와의 거래 승인), 거래의 필요성과 조건(시가성) 설명자료를 준비하십시오.
- 부동산 등기, 취득세 신고서의 과세표준 배분과도 일치시키세요(지방세 측 클레임 예방).

추가 체크리스트
- 감가상각 정책
- 세법상 허용된 방법·내용연수 범위 내에서 가장 긴 내용연수·정액법을 선택해 연 상각액을 최소화(회계기준 충족 + 매각 시 장부가 방어).
- 최초 적용 연도에 회계정책서에 명시하고 일관되게 적용.

- 자본적 지출
- 교체·개량 지출은 영수증·세금계산서 등 증빙을 보관하고 자본적 지출로 처리해 취득원가(장부가)에 가산하세요. 매각 시 과세표준을 줄입니다.

- 임대주택 등록 요건
- 장기임대주택 세제(지방세 감면 등) 사후관리 요건(임대기간, 임대료 증액 제한 등)을 엄수해 추징 리스크를 차단하십시오.

- 특수관계자 과세이슈
- 임대료가 시가보다 과도하게 낮으면 부당행위·상여처분(대표에 대한 인정상여) 위험이 있습니다. 주변 시세 근거를 보관하세요.

정리
- 법인은 감가상각을 안 했다고 해서 양도 시 의제감가상각으로 법인세 폭탄을 맞지 않습니다. 다만 회계기준 상 상각 자체는 요구되므로, “세법상 허용 범위 내에서 상각액을 최소화”하는 방향이 안전합니다.
- 토지/건물 배분은 특수관계자 거래일수록 기준시가 비율(또는 감정가액)에 따르는 것이 가장 안전합니다. 인위적 토지 비중 확대는 세무상 재배분 위험이 큽니다.
- 실제 계약 전, 기준시가 비율 산출표와 계약서 문구, 회계정책서를 세무사와 함께 사전 점검하시길 권합니다.