세무 Q&A

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  • Q.

    제 2차 납부자 지정

    2020년도에 양도한 주식 및 법인 사업자에 건강보험료 체납액이 발생되어 제가 과점주주 100%로 되어 있어 제 2차 납부자로 지정되었습니다. 확인해 보니 20년도에 주식을 양도하고 양도 소득세 신고는 하였습니다.
    그런데 인수 후 사명과 본점을 변경한 법인사업자에서 법인세 신고시 주주변경을 안하셨는지 20년도 부터 현재까지 제가 계속 지분율 100%의 과점주주로 국세청에는 등록되어있다고 합니다.
    건강보험공단에는 주식양수도계약서와 양도소득세 접수증을 보내어 일단 소명은 해서 보류는 한 상태인데, 국세청 신고를 정정하지 않으면 건강보험에서는 매년 제가 2차납부자로 지정이 될꺼라고 하시네요..

    현재 사명과 본점 주소가 변경된 법인사업자 관할 세무서에 연락을 하니 세무서입장에서는 법인회사에서 주주변경 신고를 하지 않으면 세무서에서 자체적으로 할 수 있는 건 없다고 하시면서 일단 내용을 확인을 해보고 연락을 준다고 합니다.

    현재 사업자 인수한 대표와는 제가 전혀 알지 못하는 사이라 연락을 취할 방법도 없는 상태입니다

    이럴떄는 어떻게 처리해야 하나요?
    g**l 님
    조회 : 200건 답변 : 2건 26.01.05
  • 세무사 프로필 이미지

    박잠득 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    26.01.06

    안녕하세요.
    스머프 세무사 박잠득입니다.
    질문에 답변드리겠습니다.

    2020년 주식 양도가 실질적으로 완료되었다면,
    이후 발생한 체납에 대하여 과점주주 제2차 납부의무를 반복 부과하는 것은 위법 소지가 크며,
    국세청 전산상 오류는 납세자에게 귀속될 수 없습니다.

    자세한 내용은 추가 상담을 통해서 정리가 되어야 하겠습니다.

    감사합니다.

  • 세무사 프로필 이미지

    신경석 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    26.02.04

    실제 주식양도 계약서와 이체내역을 가지고 세무서에 소명해야 될것으로 보입니다

찾아줘 AI

참조만 부탁드립니다.

요약
- 지금 상황은 국세청 자료상 귀하가 여전히 해당 법인의 100% 과점주주로 남아 있어, 건강보험공단이 그 자료를 근거로 매년 제2차 납부의무자로 자동 지정하는 구조입니다.
- NHIS에는 양도 사실을 소명해 일단 보류가 되었지만, 국세청의 주주정보가 바뀌지 않으면 반복 지정 가능성이 큽니다.
- 회사가 주주변경을 신고하지 않아도, 귀하가 보유한 자료로 국세청/NHIS에 “직권정정·제외관리” 요청을 추진하고, 필요시 회사에 대해 주주명부 정정 요구 및 법적 조치로 정리하는 방식으로 접근하셔야 합니다.

바로 하실 일(우선순위)
1) 건강보험공단(징수부서)에게 “지정제외” 처리 요청
- 이미 제출한 자료: 주식양수도계약서, 양도소득세 신고·접수증, 대금수령 내역(가능하면), 주식·명의개서 서류 등.
- 요청 내용: “양도일 이후 기간에 대해서는 제2차 납부의무 지정 제외” 등록을 공식 요청. 매년 자동 재지정 방지를 위해 제외 관리(내부 시스템상 제외 플래그) 설정을 요구.
- 지정 통지서가 다시 오면, 즉시 이의신청(통지 받은 날부터 90일 이내)로 동일 자료 제출. 필요시 본부 징수부에 민원·재심사 요청.

2) 국세청에 주주변경 ‘직권 반영’ 민원 제기
- 방법: 관할세무서 방문 또는 홈택스 > 민원 신청(일반민원) + 납세자보호담당관(세무서 내) 병행 상담.
- 취지: “법인이 주식등변동상황명세서를 미제출/오신고하여 과점주주로 오인되고 있다. 양도 사실이 명백하므로 과점주주 해당기간을 정정·종료로 내부 자료를 직권 정리해 달라.”
- 첨부:
- 주식양수도계약서(날인본), 양도대금 이체증빙, 주권 뒷면 배서 또는 명의개서 요청/완료 서류(있는 경우), 양도소득세 신고서·접수증, 인감증명·신분증 사본 등 신빙성 있는 자료.
- 법인 등기부등본(명칭/본점 변경 이력 확인용), 사업자등록증 사본(있는 경우).
- 포인트: “법인 신고를 기다리면 장기간 피해가 누적된다. 과점주주 판정자료는 세무서가 보유한 타 과세자료(양도소득세 신고, 금융거래 등)로도 충분히 직권 보완 가능”하므로, 내부 판단자료 정정(또는 귀하에 대한 과점주주 해당기간 종료 등록)을 요구하세요.
- 세무서에서 소극적일 경우: 납세자보호담당관을 통해 고충민원 또는 국민신문고 병행 제기.

3) 법인 현재 정보 파악 및 내용증명 발송
- 법인 등기사항전부증명서 발급(대법원 인터넷등기소)로 현 대표자/본점 확인.
- 내용증명 취지:
- “귀사 주주명부에 당사자 지분 0%, 양도일 ○○○○-○○-○○로 정정할 것”
- “국세청에 주식등변동상황명세서 경정(정정) 제출할 것”
- “미이행 시 손해 및 제반 비용 책임, 주주명부정정 청구소송 제기 예정”
- 상대가 반송·무응답이어도 송달 증거가 남습니다.

4) 최후수단: 주주명부정정 청구(민사)
- 회사가 끝내 정정하지 않으면 법원에 “주주명부정정청구”로 양도일 기준 주주가 아님을 확인받을 수 있습니다. 확정판결은 국세청/NHIS에 강력한 정정 근거가 됩니다.
- 변호사 상담을 권합니다. 소송 전 ‘가처분(임시처분)’으로 신속한 주주지위 부존재 확인을 구하는 방안도 검토.

알아두면 좋은 핵심
- 제2차 납부의무는 “귀하가 과점주주였던 기간에 발생한 보험료 등”에 한정됩니다. 양도일 이후의 체납분에 대해선 원칙적으로 책임이 없습니다.
- NHIS는 통상 국세청 과점주주 자료를 연계하지만, 별도 입증자료가 명확하면 공단 자체적으로 지정 제외 처리(사안별 내부 관리)가 가능합니다.
- 국세청의 “주식등변동상황명세서”는 원칙적으로 법인이 제출·정정하나, 제3자의 명백한 입증자료가 있을 때 세무서가 내부 판정자료를 직권 보완해 주는 사례가 있습니다. 납세자보호담당관을 적극 활용하세요.

제출서류 체크리스트
- 주식양수도계약서 원본 사본
- 양도대금 입금증/영수증 등 자금거래 증빙
- 주권 배서/명의개서 신청 및 처리 확인(가능한 경우)
- 양도소득세 신고서, 접수증, 납부영수증
- 법인 등기사항전부증명서(명칭/본점 변경 이력 포함)
- 귀하 신분증 사본, 인감증명서(필요시)
- 기존 NHIS 지정 통지서(있으면)

연락·진행 팁
- 건강보험공단: 관할 지사 징수팀장과 통화하여 “지정제외” 등록 여부와 유효기간을 꼭 확인하시고, 서면 회신을 요청하세요.
- 국세청: 관할세무서 법인세과 + 납세자보호담당관 동시 접촉. “민원 접수번호”를 받아 두고 처리기한(통상 14일~30일) 확인.
- 기록 관리: 통화 일지, 접수증, 반송봉투, 내용증명 등 모든 증빙을 파일로 정리. 추후 분쟁 시 유리합니다.

원하시면
- 세무서/공단 제출용 간단한 요청서(사실관계 요약+요청 취지) 서식 초안을 만들어 드릴 수 있습니다.
- 법인 등기부 열람 방법과 내용증명 문안도 같이 드리겠습니다.

해당 답변은 제휴 세무사의 개인적인 의견이므로 참고용으로 활용하시기 바라오며, 답변에 대한 저작권은 찾아줘세무사에 귀속됨을 알려드립니다. 복사 및 변경, 배포시에는 반드시 출처 표기를 해주시기 바랍니다.

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