안녕하세요. 이직 시 연말정산은 아래 기준으로 판단하시면 됩니다.

원칙
- 12월에 재직 중인 회사(B)가 전년도 근로소득 전체를 합산해 연말정산합니다. 이를 위해서는 A회사의 근로소득원천징수영수증을 B사에 제출해야 합니다.
- A사 자료를 제때 제출하지 못하면, B사는 본인 회사 급여분만으로 정산하거나(부분 정산), 아예 연말정산 대상에서 제외할 수 있습니다. 이 경우 5월에 본인이 A+B 소득을 합산해 종합소득세 확정신고를 하면 됩니다.

질문하신 두 방법 비교
1) B회사 소득(12월분)만으로 연말정산 후, 5월에 A소득 합산해 종소세 신고
- 장점: B 부분 환급이 있으면 먼저 받을 수 있음.
- 단점: 5월에 다시 합산 정산해야 하므로 번거롭고, 최종 합산 결과 추가납부가 생기면 5월에 일부 환급을 반납하듯 납부할 수 있음.

2) 이번에 B회사 연말정산을 제외(미실시)하고, 5월에 A+B 한꺼번에 신고
- 장점: 절차가 단순(한 번에 최종 정산). 환급/추가납부가 한 번에 확정됨.
- 단점: 환급이 있다면 5월까지 기다려야 함.

무엇이 더 적절한가
- A사 원천징수영수증을 B사 연말정산 마감(통상 1월 말 전후, 회사마다 내부 마감 상이)까지 받을 수 있으면, B사에 제출해 합산 정산하는 것이 가장 깔끔합니다(5월 신고 불필요).
- 그게 어렵다면 2번(연말정산 제외 후 5월 일괄 신고)을 권합니다. 실무에서 이직자의 서류가 늦는 경우 흔히 선택하는 방법입니다.
- 이미 B사가 12월분만으로 연말정산을 진행해도 문제는 없습니다. 다만 5월에 반드시 A+B 합산 확정신고를 하셔야 하고, 그 결과에 따라 추가납부나 환급이 생길 수 있습니다.

불이익 여부
- B사 소득만으로 연말정산을 진행해도 법적 불이익은 없습니다. 5월 신고·납부기한 내 합산 신고만 하면 가산세나 이자는 없습니다.
- 다만 합산 결과 추가납부가 생길 수 있고(특히 연간 소득구간이 올라가는 경우), 환급은 5월 이후로 미뤄질 수 있습니다. 5월 기한을 넘기면 가산세가 부과될 수 있으니 기한 준수가 중요합니다.

지금 하실 일
- A사에 원천징수영수증 발급을 요청하세요(통상 1~2월에 발급 가능, 요청 시 앞당겨 주는 곳도 많습니다).
- B사 급여/세무담당에게 내부 마감일을 확인하세요.
- 마감 전까지 A사 영수증 제출 가능 → B사가 합산 연말정산 진행(다른 소득 없으면 5월 신고 불필요).
- 제출이 어려움 → 연말정산 제외로 처리 요청 후, 5월에 홈택스에서 A+B 합산 신고.
- 5월 신고 시: 홈택스에서 근로소득자 간편신고를 이용하면 두 회사의 급여·원천세 자료가 대부분 자동 반영됩니다. 의료비/보험료/주택자금 등 공제자료도 간소화에서 확인·반영하세요.

참고
- 중도퇴사 시 A사가 임시 정산을 하는 경우가 많지만, 최종 세액은 연말에 A+B 합산으로 다시 확정됩니다. 퇴사 시 환급을 받았더라도 5월 합산 결과에 따라 추가납부가 나올 수 있습니다.
- 문의: 국번없이 126(국세청).

정리: A사 영수증을 제때 받을 수 있으면 B사에서 합산 정산, 어렵다면 B사 연말정산 제외 후 5월에 한 번에 신고하시는 것이 가장 수월합니다. B사 소득만으로 일단 정산해도 불이익은 없으나, 5월에 반드시 합산 신고를 해주세요.