결론부터 말씀드리면,
- 배송비는 원칙적으로 상품과 동일한 과세구분을 따릅니다. 즉 판매하신 상품이 과세라면 배송비도 과세입니다.
- 따라서 면세품목을 전혀 판매하지 않았는데 정산에서 “면세매출”이 잡혔다면, 설정·분류상의 문제일 가능성이 큽니다. 부가세 신고는 과세로 잡는 것이 맞습니다.

왜 면세매출로 뜰 수 있나(점검 포인트)
- 상품 과세설정 오류: 스마트스토어 상품관리에서 해당 상품이 “면세”로 설정되어 있거나 면세 카테고리(도서, 신문·잡지, 일부 농·축·수산물 원재료 등)로 잘못 분류된 경우.
- 혼합주문에 따른 배송비 배분: 같은 주문에 면세상품과 과세상품이 섞여 있으면, 네이버가 배송비를 면세/과세로 안분 처리합니다. 본인이 모르게 면세로 설정된 상품이 포함되었을 수 있습니다.
- 착오 표기: 정산리포트의 집계 로직이나 옵션별 세팅 불일치로 면세로 표시되는 경우가 드물게 있습니다.

무엇을 하면 좋나
1) 정산 상세내역 다운로드(주문별/상품별) → 면세로 잡힌 주문번호와 상품을 확인.
2) 스마트스토어 > 상품관리에서 해당 상품들의 과세설정(과세/면세/영세) 및 카테고리 재확인·수정.
3) 면세로 표시된 항목이 실제로는 과세상품이었다면, 이번 부가세 신고 시 그 금액을 면세매출에 넣지 말고 과세표준에 합산해 신고.
4) 혼합주문 안분 등으로 진짜 면세가 맞는 사유가 없는지 주문단위로 검증. 필요 시 네이버 고객센터에 정산표시 정정 가능 여부 문의.

참고
- 부가가치세법상 포장·운송비 등 부수비용은 공급가액에 포함되며(상품이 과세면 부수비용도 과세), 우체국 등 운송사업자의 면세 여부와는 판매자 매출 과세여부와 무관합니다.
- 착불로 고객이 택배사에 직접 지불한 배송비는 판매자 매출이 아니므로 매출에 잡지 않습니다.

정산 내역 중 면세로 잡힌 품목/주문번호를 알려주시면, 어떤 설정에서 발생했는지 함께 짚어드릴게요.