중도퇴사자 연말정산

요점 먼저
- 퇴사자 연말정산은 원칙상 “퇴사 시 마지막 급여 지급 때” 회사가 해주는 것이 맞습니다. 그때 누락했다면,
1) 같은 연도에 다른 회사로 이직했다면: 우리 회사가 다시 정산하지 않습니다(이중정산 방지). 원천징수영수증만 발급.
2) 이직하지 않았다면: 지금 진행 중인 2025년 귀속 연말정산에 퇴사자를 포함해 처리해도 됩니다. 다만 환급/추가징수 금액을 실제로 정산(지급/회수)할 수 있어야 합니다. 어려우면 5월 종합소득세 신고로 안내하세요.

홈택스에 ‘중도퇴사자 연말정산’ 별도 메뉴가 없는 이유
- 퇴사자 정산은 별도 메뉴가 아니라, 현재 진행하는 연말정산 화면에서 “퇴사자”로 등록해 함께 처리합니다.
- 또는 퇴사 시점에 월별 원천세 신고에 반영하는 방식이었는데, 그걸 놓치신 경우 지금 연말정산으로 보완 신고하시면 됩니다.

처리 순서(권장)
1) 우선 확인
- 각 퇴사자별로 2025년에 타 사업장 이직 여부를 확인하세요.
- 이직 O: 우리 회사는 연말정산 하지 않음. 우리 회사 근무분 원천징수영수증만 발급(제공)하면 됩니다.
- 이직 X: 우리 회사에서 이번 연말정산에 포함하여 정산하거나, 본인 5월 신고로 안내.

2) 홈택스에서 퇴사자 포함해 연말정산 하는 방법
- 경로: 홈택스(사업자) > 신고/납부 > 원천세 > 연말정산
- 대상자 등록: 근로자(퇴사자) 추가 등록 후 퇴사일 입력. “퇴사자 포함” 필터로 보이게 설정.
- 자료 반영:
- 간소화자료 일괄제공을 쓰는 경우: 퇴사자도 대상자로 올려 자료를 불러오고, 동의나 매칭이 안 되면 증빙을 수기로 입력.
- 간소화가 어렵다면: 직원이 제출한 공제증빙을 바탕으로 수기 입력.
- 계산/정산: 정산세액을 확인하여 환급 또는 추가징수 금액을 확정.
- 환급/추가징수 처리: 실제로 퇴사자에게 환급(계좌이체 등)하거나 추가징수액을 회수할 수 있어야 합니다.
- 실지급/실회수가 어렵다면 회사가 임의로 환급을 잡거나 미수로 둘 수 없습니다. 이런 경우엔 해당 인원은 회사 정산에서 제외하고 5월 종합소득세 신고로 안내하세요.
- 신고/제출:
- 2025년 귀속 연말정산 원천세 신고: 2026년 3월 10일까지
- 근로소득 지급명세서 제출: 2026년 3월 10일까지
- 퇴사자에게 근로소득 원천징수영수증을 발급하여 전달

3) 이직자가 있는 경우
- 우리 회사는 연말정산 하지 않습니다. 우리 회사 근무분만 정확히 지급명세서에 반영하고, 퇴사자에게 원천징수영수증을 발급하세요.
- 새 회사가 전·현 직 소득을 합산해 연말정산합니다(이미 했을 가능성 큼).

유의사항
- 이중정산 금지: 이직자가 있는데 우리 회사가 또 정산하면 과소·과다 환급 및 불성실 신고로 이어질 수 있습니다.
- 환급/추가징수의 실처리: 실제로 돈을 주고받을 수 없으면 회사 정산에 포함하지 말고 5월 종합소득세 신고로 안내하는 것이 안전합니다.
- 마감 후라도 오류가 발견되면 원천세 신고 및 지급명세서는 수정신고로 보정 가능합니다.

도움이 필요하면 국세청 126(연말정산/원천세)로 문의하시면 케이스별로 화면 경로를 안내받을 수 있습니다.