요점만 답변드립니다.

- 종합소득세 신고 시 4대보험(국민연금, 건강/장기요양, 고용보험) 공제는 “실제 납부한 금액”을 기준으로 합니다. 홈택스는 각 공단(NPS·NHIS·고용보험)에서 넘어온 납부자료를 자동 반영하므로, 회사에서 연말정산에 잘못 반영했더라도 귀하가 5월에 합산 신고할 때 실제 납부액 기준으로 공제받으면 됩니다. 이 때문에 신고 자체에 문제되지는 않습니다.

- 회사의 연말정산(원천징수영수증)에 오류가 있어 과다/과소로 세금을 정산했더라도, 5월 종합소득세 신고에서 총세액을 다시 계산하면서 기납부세액(회사에서 원천징수·정산된 세액)을 차감해 최종적으로 정산됩니다.

- 따라서 “반드시” 회사에 수정요청을 해야만 종합소득세 신고가 가능한 것은 아닙니다. 다만 다음의 경우에는 회사에 정정(연말정산 경정, 지급명세서 정정) 요청을 권장합니다.
- 총급여, 비과세, 소득 귀속연도 등 핵심 항목이 잘못된 경우
- 회사 제출자료와 실제 납부자료 간 차이가 커 사후 안내문 가능성이 염려되는 경우
- 올해 5월 신고를 하지 않는 다른 직원들의 연말정산에도 오류 영향이 있는 경우

신고 시 실무 팁
- 홈택스에서 “보험료 자료”를 조회해 자동반영된 금액(국민연금, 건강/장기요양, 고용보험)을 확인하세요. 자동자료가 정답(실제 납부액)입니다.
- 사업자 자격으로 납부한 지역건강보험/장기요양, 지역가입자 국민연금 납부분도 공제대상입니다. 누락 시 수기로 입력하고 납부확인서를 보관하세요.
- 원천징수영수증의 보험료 금액은 참고만 하세요. 신고서는 실제 납부액 기준으로 작성합니다.
- 만약 회사가 4대보험을 공제하고도 미납했다면(공단 납부내역에 없는 경우) 해당 금액은 공제받을 수 없습니다. 공단 납부 여부를 먼저 확인하세요.

결론
- 회사에 수정요청은 권장사항이지 필수는 아닙니다. 종합소득세 신고에서 공단 자료 기준(실제 납부액)으로 공제 반영하면 대체로 문제 없습니다. 다만 급여·비과세·귀속연도 등 핵심 금액이 틀렸다면 회사에 정정을 요청해 두는 것이 안전합니다.

추가 확인이 필요하시면 국세청 126 또는 세무사와 상담하시기 바랍니다.