연말정산 신청 안하고 종소세신고해도 될까요??

결론부터 말씀드리면,
- 가장 깔끔한 방법은 B기관에서 2025년 귀속 연말정산을 하면서 A기관 소득을 “종전근무지”로 합산 처리하는 것입니다.
- 그게 어렵다면 5월에 본인이 A+B를 합쳐 종합소득세(근로소득 합산) 확정신고를 해도 됩니다. 법적으로 문제 없습니다.

왜냐하면
- 2025년에 두 곳에서 근무했고 12월 말 현재 근무지가 없다면(12월에 퇴사), 마지막 근무지였던 B기관이 “중도퇴사자 연말정산”으로 연말정산을 해줄 수 있습니다. 이때 A기관 소득을 종전근무지로 반영해야 정확합니다.
- 홈택스 화면에 A, B가 모두 현근무지로 보이는 것은 표기/전산 이슈일 가능성이 크며, B기관 급여시스템에서 A기관 자료를 “종전근무지”로 수기로 반영하면 됩니다. 이는 회사(원천징수의무자)가 처리할 영역이지, 본인이 홈택스에서 직접 바꾸는 사항이 아닙니다.

질문별 답변
1) 일단 B 것만 제출하고, 5월에 A 포함해서 신고?
- 권장하지 않습니다. B만으로 정산하면 누진세 때문에 5월에 추가납부가 생길 가능성이 높고, 같은 건을 두 번 처리하게 됩니다.
- 다만 A기관 원천징수영수증을 제때 확보/제출하기 어렵다면, 차선으로 이렇게 해도 됩니다.

2) 아예 제출하지 않고 5월에 A+B로 종합소득세 신고?
- 법적으로 가능하고, 12월 말 현재 무직이라면 본인이 5월에 합산 신고해서 끝낼 수 있습니다.
- 단점: 환급이 늦고(연말정산 환급보다 한참 뒤), 신고·납부를 본인이 직접 해야 합니다. 장점: 회사 전산 이슈를 피하고 한 번에 정확히 끝낼 수 있습니다.
- 제때(5/1~5/31) 신고하면 가산세는 없습니다.

지금 하실 일(권장 경로)
- A기관에 2025년 귀속 근로소득 원천징수영수증(중도퇴사자용)을 요청해 받으세요.
- B기관에 공제신고서를 제출하면서, A기관 원천징수영수증을 함께 전달하고 “종전근무지로 합산 정산” 요청하세요.
- 홈택스 간소화자료(의료비/보험료/신용카드 등)는 평소처럼 제출하시면 됩니다.
- 만약 B기관이 전산상 곤란하다고 하면, 3월 추가정산(회사 수정 정산) 가능 여부를 물어보세요. 그래도 어렵다면 5월에 본인이 A+B 합산 확정신고를 하면 됩니다.

참고
- 5월 확정신고를 선택할 경우, A·B 두 회사의 원천징수영수증만 있으면 홈택스에서 근로소득 합산 간편신고로 처리 가능합니다.
- 2월 중 B기관 재입사는 2025년 정산과 무관합니다(2026년 귀속분에만 영향).

정리: B기관에 A기관 원천징수영수증을 제출해 합산 연말정산을 끝내는 것이 가장 깔끔합니다. 부득이하면 5월에 A+B 합산 확정신고로 처리하시면 됩니다.