중도퇴사자 근로소득지급명세서 추가징수세액 관련 문의

요지
- 고용보험 환급으로 사회보험료 공제액이 줄어 중도정산 세액이 모자라면, 해당 근로자에 대해 “재정산(추가징수)”을 하시면 됩니다.
- 실무 처리 순서: (1) 재정산으로 추가징수세액 확정 → (2) 근로자에게서 해당 금액을 징수(가능하면 환급금에서 상계) → (3) 실제로 징수한 금액만큼 원천세 신고·납부.
- 원천세 신고 귀속월: 실제 추가징수를 한 달(이번 건이면 8월)에 “연말정산분 추가징수세액”으로 반영하여 8월 귀속 원천세를 신고(이미 신고했다면 8월분 수정신고). 굳이 퇴사월(6월)로 소급 수정할 필요는 없습니다.
- 만약 추가징수액을 실제로 징수하지 못했다면, 원천세를 회사가 대신 납부할 의무는 원칙적으로 없고(추가징수 불능), 근로자가 다음해 5월(2026.5.) 종합소득세 신고 때 본인이 납부하게 됩니다. 이 경우 귀사의 원천세 신고를 수정할 필요는 없습니다.

세부 안내
1) 재정산과 징수
- 2025년 8월에 근로자 본인부담 고용보험료가 환급되었으므로, 2025년 사회보험료 공제액을 그만큼 줄여 중도정산을 재계산합니다.
- 추가징수세액이 나오면, 가능하면 8월에 지급한 환급금에서 상계(차감)하여 징수하세요. 이미 전액을 지급했다면 근로자에게 추가징수세액 납부를 요청하면 됩니다.

2) 원천세 신고·납부
- 실제로 추가로 징수한 금액이 있으면 그 금액은 “추가징수한 달”의 원천세 신고서에 연말정산분(중도정산) 추가징수세액으로 반영합니다. 즉, 8월 귀속분으로 신고·납부(법정기한: 9월 10일). 이미 8월분을 신고했다면 8월 귀속분 수정신고로 처리하십시오.
- 굳이 퇴사월(6월) 신고서를 수정할 필요는 없습니다. 다만 내부적으로 6월 중도정산 내역은 보관하고, 8월에 재정산분이 발생했다는 근거(고용보험 환급내역, 재정산 계산서)를 함께 보관하세요.
- 수정신고·추가납부 시에는 납부불성실가산세가 발생할 수 있으니 가급적 빠르게 신고·납부하세요.

3) 징수 실패 시 처리
- 환급금으로 상계하지 못했고, 전 근로자로부터도 회수(징수)하지 못한 경우:
- 회사가 대신 납부할 의무까지는 일반적으로 요구되지 않습니다. 지급명세서는 재정산 결과(차감징수세액 포함)대로 제출하시고, 해당 부족세액은 근로자가 2025년 귀속 종합소득세 신고(2026년 5월)에서 직접 납부하게 됩니다.
- 이 경우에는 원천세 수정신고를 하지 않습니다(실제로 징수·납부한 금액이 없으므로).

주의사항
- 회사가 근로자 대신 세금을 ‘대납’하면 그 대납액이 근로자의 추가 과세소득(현물급여)으로 볼 여지가 있어 과세가 더 복잡해질 수 있습니다. 가능하면 환급금 상계 또는 근로자에게서 회수 후 원천징수·납부하시기 바랍니다.
- 홈택스 지급명세서의 ‘차감징수세액’은 정산상 계산된 추가징수 필요액을 의미하며, 원천세 신고서는 ‘실제 징수·납부한 금액’ 기준으로 맞추시면 됩니다. 둘의 불일치는 향후 근로자 종합소득세 신고에서 정리됩니다.

요약 답변
- 네, 재정산으로 발생한 차감징수세액을 근로자로부터 징수(가능하면 8월 환급금에서 상계)하시고, 실제 징수한 금액만큼을 8월 귀속 원천세(연말정산분 추가징수세액)로 신고·납부(이미 신고했다면 8월분 수정신고)하시면 됩니다.
- 만약 실제로 징수하지 못했다면 원천세 수정신고는 하지 말고, 지급명세서는 재정산 결과대로 제출하시고, 부족분은 근로자가 다음해 5월에 직접 납부하도록 두시면 됩니다.