양도세, 권리금 과세 관련 절세 방안 문의드립니다

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Q.

양도세, 권리금 과세 관련 절세 방안 문의드립니다

안녕하세요.
간단히 상황 정리하여 작성해보았습니다.

■ 상황
* 임차인으로 건물 전체를 숙박업 운영하며 리모델링·비품 등에 비용 다수 투자
* 기존 소유자 채무로 경매 개시 (임차인 대항력X)
* 보증금·권리금 보호 위해 부득이하게 임차인이 직접 건물 매입
* 매입 직후 [부동산+사업] 일괄 포괄양수도 단기(1년 미만) 매도 계획

■ 문제
* 현재 [소유자=사업자] 동일 상태로 소득세법 제94조에 의해
👉 권리금(영업권)이 양도가액에 포함되는 구조

* 결과적으로
👉 비품·시설·권리금 모두 양도소득세로 과세
👉 단기보유로 약 50% 세율 적용 상황

■ 검토한 사항
1. 매매계약서 이외 별도로 포괄양수도(권리금)계약서 분리 작성
→ 실질과세로 결국 권리금은 영업권이고 양도가액에 포함 (세율 50% 적용)

2. '건물 부속 시설물'이나 '무형의 영업권'이 아닌,
실체 있는 중고 거래 가능한 비품 '동산' (냉장고, 벽걸이 에어컨, 컴퓨터, 제습기, 침대, 쇼파 등) 별도 분리 매각
→ 장부가액에 비품 금액만큼만 사업소득으로 인정되는 사항
👉 하지만 현재 상황은 장부가액 비품 0원 → 사업소득 인정 어려움, 인정돼도 종소세 약40% 구간 예상

■ 질문
임차인 상태였다면 권리금은 기타소득(8.8%)으로 과세되지만,
부득이한 건물 매입으로 동일 거래가 양도소득세(약 50%)로 과세되는 상황입니다.
부동산은 취득가 수준으로 매도하고 권리금만 회수할 계획이나,
장기보유(2년 이상)가 어려워 단기 매도를 고려 중입니다.
👉 현재 구조에서
-권리금 또는 비품 일부라도 양도소득이 아닌 다른 소득으로 분리 과세 가능한지
-실무상 인정 가능한 계약 구조 또는 절세 방안이 있는지
도움 부탁드립니다.

김*하 님
조회 : 218건 답변 : 1건 26.04.22
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김소중 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

26.04.22

안녕하세요. 현재 구조상 양도소득으로 보는 것이 원칙이기 때문에, 소득 분리에는 한계가 있는 케이스입니다.
국세청 기준에서는 부동산과 함께 사업을 양도하는 경우 권리금은 양도가액에 포함되어 양도소득세 과세 대상이 됩니다.
임차인 시절의 기타소득 구조와는 달리, 현재는 소유자이기 때문에 분리 과세가 어렵습니다.
실무적으로 비품 등 동산을 별도 매각하는 것은 가능하나, 장부가액이 없거나 실제 거래가액 입증이 어려운 경우 인정 범위가 제한될 수 있으며,
일부 인정되더라도 사업소득으로 과세될 가능성이 높습니다.
현재 구조에서는 권리금만 별도로 낮은 세율로 분리하는 것은 어렵고, 취득가 및 필요경비 최대 반영, 자본적 지출 입증거래가액 합리적 배분 등을 통해 양도차익 자체를 줄이는 방식이 가장 현실적인 대응입니다.
단기보유 상태에서는 고율 과세를 피하기 어려운 구조이므로, 소득 분리보다는 비용·가액 배분을 통한 과세표준 감소 전략이 핵심입니다.
하단 블로그를 참고하여 답변드렸습니다.
https://goodtax.co.kr/blog/burden-gift-tax-depth-analysis

찾아줘 AI

참조만 부탁드립니다.

현행 소득세법상 소유자와 사업자가 동일한 상태에서 부동산과 영업권(권리금)을 동일인에게 동시에 양도하면 영업권은 양도소득세 과세 대상에 포함됩니다. 이를 분리하여 과세받기 위한 실무적 절세 방안은 다음과 같습니다.

1. 거래 시기 및 계약의 분리 (영업권의 기타소득화)
부동산 매매와 사업양수도를 동시에 진행하지 않고 시차를 두는 방식입니다. 매수자와 먼저 '건물 임대차 계약' 및 '사업양수도(권리금) 계약'을 체결하여 매수자가 사업자등록을 내고 영업을 시작하도록 합니다. 이때 수취한 권리금은 기타소득으로 신고하여 60%의 필요경비를 인정받을 수 있습니다. 이후 일정 기간이 경과한 뒤 '부동산 매매계약'을 별도로 체결하여 소유권을 이전하면, 권리금이 부동산 양도가액에 포함되는 것을 방지할 수 있습니다.

2. 비품 등 동산의 명확한 분리 매각 (사업소득화)
실체가 있고 개별 거래가 가능한 중고 비품(가전, 가구 등)은 부동산에 부합되지 않은 독립된 동산이므로 분리 거래가 가능합니다. 부동산 매매계약과 완전히 분리된 '비품 매매계약서'를 작성하고, 객관적인 중고 시가로 감정 또는 평가하여 해당 금액만큼 매수자에게 세금계산서를 발행해야 합니다. 장부가액이 0원이므로 매각 대금 전액이 사업소득(종합소득세)으로 합산되지만, 양도소득세 단기세율(50%)보다는 낮은 종합소득세 누진세율을 적용받을 수 있습니다.

3. 과거 리모델링 비용의 필요경비 산입 (양도차익 최소화)
임차인 시절 투자한 리모델링 비용 중 자산 가치를 실질적으로 증가시킨 '자본적 지출(샤시, 난방, 바닥 공사 등)'에 해당하는 항목은 세금계산서, 현금영수증 등 적격증빙이나 금융거래 내역을 통해 부동산 양도소득세 계산 시 필요경비로 인정받아 전체 양도차익을 줄일 수 있습니다.