부동산매매업자는 원칙적으로 부동산을 팔아 생긴 소득을 사업소득으로 보아 종합소득세율(6%~45%)을 적용합니다.
그런데 소득세법 제64조에서는 예외를 두고 있습니다. 매매업자가 양도한 자산이 ‘양도세에서 중과세율을 두고 있는 자산’에 해당하면,
해당 자산에 대해서는 양도소득세율(소득세법 제104조)을 한 번 더 적용해 계산한 뒤, 종합소득세로 계산한 금액과 비교해서 더 큰 금액으로 과세하도록 한 것입니다.
즉 매매업자라 하더라도, 어떤 자산을 팔았느냐에 따라 종합소득세율만 적용해서 끝나는 경우와
양도세율(단기세율·중과세율 포함)과 다시 비교하는 경우로 나뉩니다.
비교과세 적용 대상
비교과세는 모든 자산에 적용되는 것이 아니며, 양도세 중과대상 자산에만 적용됩니다.
(1) 비사업용 토지
실제 영업에 사용되지 않은 토지, 기본세율 + 10%p
(2) 조정대상지역 내 다주택자 주택
2주택: 기본세율 + 20%p
3주택 이상: 기본세율 + 30%p
보유기간 1년 미만: 70%, 2년 미만: 60%
이 규정이 가장 많이 물어보시는 질의입니다. 중과세는 2026.5.9까지 유예되어 있기 때문에 아직은 괜찮으나,
단기세율인 70%, 60%가 적용되는지에 대한 부분인데 이번 질의 회신을 통해 적용되는 것으로 보입니다.
(3) 분양권·미등기양도자산 등
미등기: 70% 단일세율
참고로 분양권 양도 시에는 예정신고 의무는 없습니다.(토지 또는 건물로만 명시되어 있기 때문입니다.)
비교과세가 적용되지 않는 경우
(1) 비조정대상지역 내 주택
즉 아래 사진에 있는 조정대상지역이 아닌 주택을 매도하는 경우에는 비교과세가 적용되지 않습니다.
조정대상지역 및 투기과열지구 지정
구분
조정대상지역
투기과열지구
현행
✓ (서울) 강남구, 서초구, 송파구, 용산구(4개 자치구)
✓ (서울) 강남구, 서초구, 송파구, 용산구(4개 자치구)
개선
✓ (서울) 全 지역(25개 자치구)
✓ (경기) 과천시, 광명시, 성남시 분당구·수정구·중원구, 수원시 영통구·장안구·팔달구, 안양시 동안구, 용인시 수지구, 의왕시, 하남시(12개 지역)
✓ (서울) 全 지역(25개 자치구)
✓ (경기) 과천시, 광명시, 성남시 분당구·수정구·중원구, 수원시 영통구·장안구·팔달구, 안양시 동안구, 용인시 수지구, 의왕시, 하남시(12개 지역)
(2) 1세대 1주택
다주택자에 한정해서 비교과세를 하는 것이기 때문에 1주택일 때 단기로 부동산매매업자로서 양도하는 경우에는 비교과세가 적용되지 않고 기존대로 종합소득세율로 적용됩니다.
물론, 2년 보유/거주 요건을 만족한 경우 개인으로 비과세 적용 받으실 수도 있습니다.
(3) 사업용 토지
실제 사업에 사용됐음을 입증할 수 있으면 비사업용 토지가 적용되지 않아 비교과세 대상이 아닙니다.
국세청 질의회신 참고 : 2025.10.17
아래 비교과세 단기세율 적용에 관한 질의회신에 대한 답변이 나왔습니다.
“부동산매매업자의 비사업용 토지나 조정지역 내 다주택자 양도 시에는
단기세율(70%·60%)을 포함한 제104조 세율로 비교과세를 해야 한다.”
즉, 예정신고 시에는 기본세율로 신고한 후
확정신고 시에는 단기세율·중과세율을 포함하여 비교과세 한다는 것입니다.
따라서 부동산매매업자는 단기보유라도 ‘비사업용 토지’나 ‘조정지역 주택’을 매도했다면
양도세율 70% 또는 60%가 반영된 비교과세 계산이 적용됩니다.
부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부 세율적용에 대한 문의
종전 질의에 대한 답변이 불분명하여 재확인차 질의합니다.
[ 소득세법 제69조제3항의 단서규정을 적용하지 않고 ] 라고 기재하셨는데, 그러면 단기세율을 적용해야한다는 내용이 아닌지 혼동됩니다.
아래의 내용으로 다시 질의드립니다.
다주택을 보유한 부동산매매업자가 조정대상지역내 1년 미만 보유 주택을 처분하는 경우
Q1. 종합소득세 확정신고 시
소득세법 104조 7항 > ... 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
갑설
104조 1항 3호에 의해 70%를 적용해야하는 것이다.
을설
104조 7항에 따라 기본세율 +30%해야하는 것이다.
Q2. 이와 별개로 예정신고 시에는
갑설
104조 1항 3호에 의해 70%적용해야하는 것이다.
을설
기본세율에 +10% 혹은 +20%만 적용한다
안녕하십니까? 항상 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드립니다.
(이전 답변드린 내용에 오류가 있어 다시 재질의드립니다.)
이전에 안내드린 해석사례에서 매매차익예정신고 대상인 부동산을 단기양도(2년 미만)하는 경우에는 소득세법 제69조 제3항의 단서규정을 적용하지 않는 것으로 해석함에 따라, 제104조에 따라 계산하는 것이라는 해석사례에 따라 확정신고시에는 제64조에 따른 부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례에 따라 계산하는 것입니다.
또한 귀 질의의 제104조 제7항의 단서규정은 1년 미만 보유 주택에 대하여 기본세율에 중과세율을 가산한 세율을 적용하여 계산한 산출세액과 제2호 또는 제3호에 세율을 계산하여 계산한 산출세액 중 큰 금액을 적용한다는 비교과세 규정으로 제3호에 20%를 가산하여 적용하다는 의미는 아닙니다.
상기 내용이 방금 드린 답변이며, 관련 법령 다시 검토한 바, 귀 질의의 경우에는 기본세율에 중과세율을 적용하여 계산한 산출세액과 제3호에 따른 1년 미만 단기보유주택 70%로 계산한 산출세액 중 큰 금액으로 한다는 제104조 제7항 단서규정에 따라 적용하는 것이므로,
따라서 귀 질의의 경우에는 확정신고와 예정신고시 모두 을설에 따라 계산하는 것입니다.
이전에 안내드린 해석사례에서 예정신고시 제104조를 따른다고 해석하고 있으며, 제64조에서 확정신고시에는 제104조에 따라 계산하는 것으로 규정하고 있고 별도의 예외규정이 확인되지 않으므로
을설에 의하는 것이 아니라, 기본세율에 중과세율을 적용하여 계산한 세액과 제3호에 따른 70%를 적용한 세율 중 큰 금액으로 적용하는 것이 적절할 것으로 판단됩니다.
답변에 혼동이 있었던 점 양해부탁드립니다.
원활한 업무처리 되시기 바라며 오늘도 좋은 하루 보내시길 바랍니다.
부동산매매업자는 거래 전에 최소한 조정대상지역 여부, 주택 수, 보유기간, 토지의 사업용 여부는 먼저 체크하셔야 하고,
2026.5.9. 이후에는 조정대상지역 다주택 중과가 다시 살아나므로 이 비교과세 규정의 실효성이 지금보다 커질 수 있습니다.
이 부분은 실제 양도 시점, 보유형태, 다른 사업소득과의 합산까지 함께 봐야 하므로 부동산업을 이해하는 세무대리인과 구조를 먼저 짜신 뒤 진행하시는 것이 안전합니다.
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