과세전적부심사 기회 누락 후 절차를 보완한 재처분 ( 대법원-2026-두-30542 )

안녕하세요. 태성세무회계 이태성 세무사 입니다. 부과처분을 하기 전에 처분의 내용을 미리 납세자에게 통지하고 이의가 있는 납세자는 이에 대한 주장을 할 수 있는 것으로 매우 큰 보호 제도입니다. 하지만 세무조사 결과통지를 받으신 분들을 상담을 하면 대부분 이에 대해 모르시는 경우가 많아서 오늘은 이에 대해서 알아 보겠습니다. ※ 과세전적부심사란? 과세관청이 조세의 부과처분을 하기 전에 처분의 내용을 납세자에게 미리 통지하고, 이의가 있는 납세자에게 의견 진술 및 반증 제시의 기회를 주어 납세자의 주장이 정당한 경우 사전에 권리를 구제하려는 제도입니다. 1. 청구 요건 및 대상 요건을 충족한 자는 해당 통지를 한 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관하여 심사를 청구할 수 있습니다. (1) 청구인 적격 ① 과세전적부심사청구 대상 통지를 받은 자 ② 세무조사 결과에 대한 서면 통지 ③ 업무감사 결과에 따른 과세예고통지 (2) 청구 배제 사유 ① 납부기한 전 징수, 수시부과 사유가 있는 경우 ( 청구 후 사유가 발생해도 배제 ) ② 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우 ( 단, 고발·통고처분과 무관한 세목 및 세액은 제외 ) ③ 제척기간 임박 세무조사 결과통지·과세예고통지일부터 국세부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 ④ 조세조약 체결 상대국이 상호합의 절차 개시를 요청한 경우 ⑤ 불복청구 인용결정 및 과세전적부심사 채택결정 중 ‘재조사 결정’에 따라 조사를 하는 경우 (3) 청구 기한 과세전적부심사 청구 대상 통지를 받은 날부터 30일 이내 청구 3. 청구 기관 구분 구분 세무서장·지방국세청장에게 청구 국세청장에게 청구 청 구 대 상 ① 세무조사 결과 서면 통지 ② 일정 기준 이상의 과세예고통지 등 ① 법령 관련 국세청장 유권해석 변경·새로운 해석 필요 ② 국세청장 훈령·예규·고시 등 새로운 해석 필요 ③ 국세청장 업무감사에 따른 과세예고통지 ④ 청구금액이 10억 원 이상인 것 ⑤ 감사원 시정요구이나 소명안내를 못 받은 경우 4. 청구의 효과 (1) 결정 및 통지 청구를 받은 기관은 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정한 뒤, 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지해야 합니다. ① 심사거부: 형식적 부적법 청구 (청구기간 도과, 보정 기간 내 미보정 등) ② 불채택: 청구 이유가 없는 경우 (전부·일부 불채택) ③ 채택: 청구 이유가 있는 경우 (전부·일부 채택, 혹은 사실관계 확인을 위한 ‘재조사 결정’) (2) 결정·경정결정의 유보 청구 부분을에 대해 적부심사 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정·경정결정이 유보됩니다. ( 단, 청구 대상 제외 사유에 해당하면 유보되지 않음 ) (3) 조기경정신청 통지를 받고 적부심사를 청구하지 않은 채, 세무서장 등에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대해 과세표준과 세액을 조기 결정·경정해 줄 것을 신청할 수 있습니다. 신청을 받은 세무서장 등은 내용대로 즉시 결정 또는 경정결정을 해야 합니다. ※ 세무조사 결과통지의 원칙 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때, 납세자의 방어권(과세전적부심사 등)을 보장하기 위해 정해진 기한 내에 조사결과를 설명하고 서면으로 통지해야 합니다. 1. 통지 기한 조사를 마친 날부터 20일 이내 (단, 공시송달 사유가 있는 경우에는 40일 이내) 2. 서면 통지서 필수 기재 사항 ① 세무조사 내용 ② 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 그 산출근거 ③ 세무조사 대상 세목 및 과세기간 ④ 과세표준 및 세액을 결정·경정하는 경우 그 사유 (근거 법령 및 조항, 구체적 사실관계 포함) ⑤ 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거 ⑥ 관할세무서장이 국세를 결정·경정하여 통지하기 전까지 수정신고가 가능하다는 사실 ⑦ 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실 3. 세무조사 결과 불통지 사유 다음의 예외적인 사유에 해당하는 경우에는 세무조사 결과를 통지하지 않아도 됩니다. ① 납세관리인을 정하지 않고 국내에 주소나 거소를 두지 않은 경우 ② 불복청구의 인용결정 또는 과세전적부심사청구 채택결정 중 ‘재조사 결정’에 의한 조사를 마친 경우 ③ 세무조사 결과통지서의 수령을 회피하거나 거부하는 경우 4. 예외: 부분통지 제도 납세자가 동의하는 경우에 한정하여, 통지할 수 없는 부분을 제외한 나머지 조사결과만 먼저 설명하고 서면으로 통지할 수 있습니다. 부분통지 가능 사유는 다음과 같습니다. ① 법률 및 조세조약에 따른 국외자료의 수집·제출 또는 상호합의절차 개시, 외국 과세기관과의 협의가 진행 중인 경우 ② 해당 세무조사와 관련하여 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위해 기획재정부장관이나 국세청장에 대한 질의 절차가 진행 중인 경우 ※ 과세전적부심사 기회 누락 후 절차를 보완한 재처분은 적법하다 ( 대법원-2026-두-30542 ) 1. 사건의 배경: 세무조사와 절차적 하자 원고(납세자)는 오피스텔을 신축·분양한 후 폐업하면서 부가가치세를 신고하지 않았습니다. 이에 과세관청은 세무조사를 거쳐 부가가치세를 부과(당초 처분)했습니다. 문제는 과세전적부심사 청구 기회를 부여하지 않았다는 점이었습니다. (1) 이의신청 인용 납세자가 이의신청을 제기하자 과세관청은 절차적 하자가 있음을 인정하고 당초 처분을 취소했습니다. (2) 절차 보완 및 재처분 이후 과세관청은 세무조사 결과를 다시 통지했고, 납세자가 과세전적부심사를 청구했으나 '불채택' 결정이 나자 최종적으로 부가가치세를 부과(이 사건 처분)했습니다. 이에 원고는 "세무조사 결과 통지기한을 넘겼고, 과세전적부심사 결정이 송달되기도 전에 처분이 이루어졌다"며 소송을 제기했습니다. 2. 대법원 판단 (1) 세무조사 결과 통지기한을 넘겼더라도 재처분이 가능한가? 대법원 판단 : yes!! 국세기본법상 세무조사 결과는 정해진 기한 내에 통지해야 하는 것이 원칙입니다. 그러나 이 사건의 경우, 이전에 누락되었던 과세전적부심사 기회를 납세자에게 실질적으로 보장하기 위해 다시 통지 절차를 밟은 것입니다. 비록 통지기한이 다소 지났더라도, 납세자가 이를 통해 충분히 과세전적부심사를 청구하고 방어권을 행사했다면 재처분의 정당성을 해칠 정도의 위법은 아니다라고 보았습니다. (2) 과세전적부심사 '결정'과 '송달' 중 어느 시점까지 처분이 유보되어야 하는가? 대법원 판단 : 결정 시점 관련 법령에 따르면, 과세전적부심사 청구가 있으면 그에 대한 '결정'이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정을 유보해야 합니다. 대법원은 문언 그대로 '결정'이 이루어진 시점까지만 유보하면 충분하며, 그 결정이 납세자에게 현실적으로 송달될 때까지 기다려야 하는 것은 아니다라고 명확히 선을 그었습니다. 따라서 결정일 이후에 이루어진 처분과 송달 시점의 차이는 처분의 위법 사유가 되지 않습니다. 3. 시사점 이번 판결은 과세관청이 절차적 하자를 이유로 처분을 취소해야 할 때, 적법한 절차(과세전적부심사 등)를 다시 거쳐 동일한 내용으로 재처분하는 것이 원칙적으로 허용된다는 점을 재확인해 준 사례입니다. 납세자의 권익 보호를 위한 사전구제절차의 취지를 살리면서도, 사소한 절차적 흠결이나 송달 시점의 차이만으로 과세권 자체가 무력화되지 않는다는 기준을 세워주었습니다. 이상으로 세무조사 결과통지, 과세전적부심사 이와 관련 판례에 대해서 간단하게 알아 보았습니다. 이 글이 현재 세무조사 결과통지를 받으셔서 고민하시는 많은 분들에게 도움이 되었으면 합니다. 위 내용에 더 궁금한 점이 있으시다면 하단의 안양(평촌) 세무사 태성세무회계나 찾아줘 세무사로 문의 주시길 바랍니다. 감사합니다.

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