2026 병의원 세무 가이드

치과 의원 세무 주의사항과 절세방법

주요 키워드

  • 과세·면세 구분
  • 현금영수증
  • 성실신고
  • 세액공제

개원부터 폐업까지, 놓치기 쉬운 세무 포인트 정리

강사
절세도사 김주성 세무사
소속
자연세무회계컨설팅 (Jayeon Tax & Accounting Consulting)
기장-의료업

법인및개인 기장관련 문의사항( : 네이버 엑스퍼트

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[강서구마곡 치과 병의원 전문세무사][강서구마곡 병의원 전문세무사] 치과 병의원 세무 주의사항 과 절세방법 (자연세무회계컨설팅)

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안녕하세요 머털도사 절세도사 김주성 세무사입니다^^

 

오늘은 치과 의원을 운영하시는 원장님들이 가장 많이 놓치시는 세무 주의사항과, 지금 바로 챙기실 수 있는 절세방법에 대해서 설명드리겠습니다.

 

치과는 "면세사업자니까 부가세 신고는 없다"고 생각하고 시작하시는 경우가 많습니다. 그런데 실제로는 미용 목적 진료 하나 때문에 겸업사업자가 되고, 현금영수증 한 건 때문에 수백만 원 가산세가 나오기도 합니다. 순서대로 정리해 드리겠습니다.

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■ 치과는 면세사업자? 미용 진료가 있으면 달라집니다


핵심 포인트 ① 치과 진료용역 부가가치세 구분

치과는 대부분 면세지만, 미용 목적 진료는 과세입니다

구분항목비고
면세 (부가세 없음)충치·신경치료·발치 등 일반 진료, 스케일링, 잇몸(치주) 치료, 임플란트, 크라운, 보철, 저작기능 개선 목적 치아교정, 충치치료 목적의 라미네이트, 치아교정이 선행된 악안면 교정술→ 세금계산서 아닌 계산서 발급
과세 (부가세 10%)치아미백 (미백 목적), 라미네이트 (미용 목적), 잇몸성형술, 악안면 교정술 (교정치료 미선행), 그 밖의 미용 목적 성형※ 판단 기준은 '치료 목적' 여부 / → 세금계산서 발급 + 부가세 신고

과세·면세가 함께 있으면 '겸업사업자'입니다

과세 진료가 있으면 면세사업자가 아니라 과세·면세 겸업사업자로 사업자등록을 해야 합니다. 이때 재료비·임차료 등 공통매입세액은 과세·면세 공급가액 비율로 안분계산해 매입세액을 공제합니다.

부가가치세법 시행령 제81조 (공통매입세액 안분계산)

관련 법령

  • 부가가치세법 제26조 제1항 제5호 (의료보건 용역의 면세)
  • 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 가목 (치아성형 등 과세 진료용역)

자연세무회계컨설팅 | Jayeon Tax & Accounting Consulting

- 의료보건 용역은 원칙적으로 부가가치세가 면세됩니다. 충치 치료, 신경치료, 발치, 스케일링, 잇몸 치료, 임플란트, 보철 같은 일반적인 치과 진료는 모두 면세입니다.

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- 근거는 부가가치세법 제26조 제1항 제5호와 같은 법 시행령 제35조 제1호입니다.

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- 문제는 '단서'입니다. 시행령 제35조 제1호 가목은 국민건강보험법상 요양급여 대상에서 제외되는 미용 목적 진료를 면세에서 빼놓았습니다. 치과에서는 치아미백, 라미네이트, 잇몸성형술이 여기에 해당합니다.

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- 다만 목적에 따라 결론이 갈립니다.충치 치료를 위한 라미네이트는 면세이고, 미용 목적 라미네이트는 과세입니다. 저작기능 개선을 위한 치아교정도 면세이며, 치아교정 치료가 선행된 악안면 교정술 역시 과세 대상에서 제외됩니다.

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- 즉, 같은 시술이라도 '치료 목적인가, 미용 목적인가'가 판단 기준입니다. 차트와 진료기록에 그 목적이 남아 있어야 나중에 다툼이 없습니다.

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- 과세 진료가 하나라도 있으면 그 치과는 면세사업자가 아니라 과세·면세 겸업사업자가 됩니다. 사업자등록 정정이 필요하고, 부가가치세 신고 의무도 생깁니다.

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- 이때 임차료, 관리비, 공통으로 쓰는 재료비처럼 과세·면세에 함께 쓰이는 매입세액은 과세·면세 공급가액 비율로 안분계산해서 공제합니다. 근거는 부가가치세법 시행령 제81조입니다.

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- 실무에서는 미백·미용 라미네이트 매출을 별도 코드로 관리하지 않아, 나중에 과세 매출을 소급해 찾아내느라 고생하는 경우가 많습니다. 처음부터 진료 코드 단위로 과세·면세를 나눠두시는 것이 가장 안전합니다.

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■ 면세사업자도 신고는 합니다 — 연간 세무 일정


핵심 포인트 ② 치과 개원의 연간 세무 일정

면세사업자라도 신고 의무는 그대로 있습니다

날짜항목상세내용
1/25부가가치세 확정신고 (제2기)미용 목적 과세 진료가 있는 겸업사업자만 해당
2/10사업장현황신고면세 수입금액·시설현황 신고 / 무신고 시 수입금액 0.5% 가산세
3/10지급명세서 제출페이닥터·위생사 근로소득, 사업소득 지급명세서
5/31종합소득세 확정신고일반 개원의 신고 기한
6/30성실신고확인대상자 종소세 신고직전연도 수입금액 5억원 이상 치과의원
7/25부가가치세 확정신고 (제1기)겸업사업자만 해당
매월 10원천세 신고·납부상시 20인 이하이면 반기별 납부 신청 가능

관련 법령

  • 소득세법 제78조 (사업장 현황신고)
  • 소득세법 제81조의3 (사업장 현황신고 불성실 가산세, 수입금액의 0.5%)
  • 소득세법 제70조의2 · 시행령 제133조 (성실신고확인, 보건업 5억원)

자연세무회계컨설팅 | Jayeon Tax & Accounting Consulting

- 부가가치세 신고가 없다고 해서 신고 의무가 없는 것이 아닙니다. 면세사업자에게는 ​'사업장현황신고'라는 별도의 의무가 있습니다.

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- 매년 2월 10일까지 직전 연도의 면세 수입금액, 시설 현황, 인력 현황 등을 신고해야 합니다. 근거는 소득세법 제78조입니다.

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- 신고하지 않거나 수입금액을 적게 신고하면 소득세법 제81조의3에 따라 무신고·과소신고 수입금액의 0.5%가 가산세로 부과됩니다. 매출 5억원 규모의 치과라면 250만원입니다.

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- 종합소득세는 5월 31일까지가 원칙이지만, 성실신고확인대상이 되면 6월 30일까지로 한 달 연장됩니다.

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- 치과의원은 보건업으로 분류되어 직전 과세기간 수입금액 5억원 이상이면 성실신고확인대상이 됩니다. 근거는 소득세법 제70조의2와 같은 법 시행령 제133조입니다.

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- 수입금액이 4억원 후반대로 올라오고 있다면 미리 준비하셔야 합니다. 성실신고확인대상이 되면 장부와 증빙의 검증 수준이 확연히 높아지기 때문입니다.

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■ 현금영수증, 치과에서 가장 자주 터지는 가산세


핵심 포인트 ③ 현금영수증 의무발행과 수입금액 관리

치과의원은 '현금영수증 의무발행업종'입니다

미발급 가산세
미발급 금액의 20%
번호제목상세내용
1건당 10만원 이상부가가치세 포함 금액 기준. 환자가 요청하지 않아도 반드시 발급해야 합니다.
2계좌이체도 '현금'카드 외 계좌이체·무통장입금으로 받은 진료비도 현금영수증 발급 대상입니다.
3인적사항 몰라도 발급환자 정보를 모르면 거래일부터 5일 이내에 국세청 지정번호(010-000-1234)로 자진발급합니다.
4분할 결제도 합산임플란트·교정처럼 총액을 미리 정하고 나눠 받는 경우 총 거래금액 기준으로 판단합니다.

예시

임플란트 진료비 300만원을 현금으로 받고 현금영수증을 발급하지 않은 경우 → 가산세 60만원. 여기에 수입금액 누락이 확인되면 소득세 본세와 과소신고가산세가 별도로 추가됩니다.

관련 법령

  • 소득세법 제162조의3 (현금영수증가맹점 가입·발급의무 등)
  • 소득세법 제81조의9 (현금영수증 발급 불성실 가산세 20%)

자연세무회계컨설팅 | Jayeon Tax & Accounting Consulting

- 치과의원은 현금영수증 의무발행업종입니다. 소득세법 제162조의3에 따라 건당 10만원 이상(부가가치세 포함) 진료비를 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 반드시 발급해야 합니다.

- 실무에서 자주 틀리는 부분을 정리하면 이렇습니다.

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① 계좌이체도 '현금'입니다. 카드가 아니면 무통장입금, 계좌이체 모두 현금영수증 대상입니다.

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② 환자 인적사항을 모르더라도 거래일부터 5일 이내​에 국세청 지정번호(010-000-1234)로 자진발급해야 합니다.

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③ 임플란트나 교정처럼 총액을 정해놓고 나눠 받는 경우, 분할 지급액이 10만원 미만이더라도 총 거래금액 기준으로 판단합니다.

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④ 환자가 "현금영수증 안 해주면 깎아달라"고 해서 합의했더라도 발급의무 위반입니다.

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- 미발급 시 소득세법 제81조의9에 따라 미발급 금액의 20%가 가산세로 부과됩니다. 임플란트 300만원을 현금으로 받고 발급하지 않았다면 그 한 건만으로 60만원입니다.

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- 여기에 수입금액 누락까지 확인되면 소득세 본세와 과소신고가산세가 별도로 붙습니다. 부정한 방법으로 판단되면 국세기본법 제47조의3 제2항에 따라 과소신고가산세율이 40%까지 올라갑니다.

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■ 필요경비, 여기서 부인당합니다


핵심 포인트 ④ 치과 필요경비, 여기서 부인당합니다

증빙과 실질이 맞아야 경비로 인정됩니다

항목상세 내용
인건비페이닥터를 3.3% 사업소득으로 처리해도 지휘·감독을 받으면 근로소득으로 재분류될 수 있습니다. 4대보험·퇴직금 추징으로 이어집니다.
가족 인건비배우자·부모를 직원으로 등재했다면 실제 근무 사실, 급여 계좌이체, 근로계약서, 4대보험 가입까지 갖추어야 인정됩니다.
기공료치과기공소 용역은 면세이므로 세금계산서가 아닌 계산서를 받아야 합니다. 현금으로 지급하고 증빙을 놓치면 전액 부인될 수 있습니다.
의료장비·인테리어유니트체어, 파노라마, CAD/CAM, 인테리어는 즉시 비용이 아니라 감가상각 자산입니다. 내용연수에 따라 나누어 비용 처리합니다.
권리금기존 치과를 인수하며 지급한 권리금은 영업권으로 처리해 상각하고, 지급할 때 기타소득으로 원천징수해야 합니다.
가사 관련 비용가족 여행, 개인 차량 유지비, 자녀 학원비 등을 경비에 넣으면 부인은 물론 부당과소신고가산세(40%) 대상이 될 수 있습니다.

관련 법령

  • 소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비 계산)
  • 소득세법 제33조 제1항 제5호 (가사 관련 경비 필요경비 불산입)
  • 국세기본법 제47조의3 제2항 (부정 과소신고가산세 40%)

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- 치과는 인건비와 재료비 비중이 큰 업종입니다. 그만큼 경비 부인 리스크도 여기에 몰려 있습니다.

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- 인건비 : 페이닥터를 3.3% 사업소득으로 처리하시는 경우가 많지만, 근무 시간과 장소가 정해져 있고 원장의 지휘·감독을 받는다면 근로소득으로 재분류될 수 있습니다. 이 경우 4대보험과 퇴직금까지 함께 문제가 됩니다.

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- 가족 인건비 :배우자나 부모님을 직원으로 등재하셨다면 실제 근무 사실, 급여 계좌이체 내역, 근로계약서, 4대보험 가입까지 갖추어져야 인정됩니다. 급여만 장부에 올려두면 전액 부인됩니다.

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- 기공료 : 치과기공소가 제공하는 용역은 면세이므로 세금계산서가 아닌 계산서를 받으셔야 합니다. 현금으로 지급하고 증빙을 챙기지 않으면 큰 금액이 통째로 부인될 수 있습니다.

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- 의료장비·인테리어: 유니트체어, 파노라마, CT, CAD/CAM, 인테리어 공사비는 지출한 해에 전액 비용이 되는 것이 아니라 감가상각 자산입니다. 내용연수에 따라 나누어 비용 처리합니다.

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- 권리금 : 기존 치과를 인수하며 지급한 권리금은 영업권으로 계상해 상각하고, 지급할 때 양도자에게 기타소득으로 원천징수해야 합니다. 이 원천징수를 놓쳐서 나중에 문제가 되는 사례가 많습니다.

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- 가사 관련 비용​ : 가족 여행비, 개인 차량 유지비, 자녀 학원비 등은 소득세법 제33조 제1항 제5호에 따라 필요경비로 인정되지 않습니다.

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■ 치과 개원의가 챙겨야 할 절세 카드


핵심 포인트 ⑤ 치과 개원의가 챙겨야 할 절세 카드

요건만 맞으면 세금이 바로 줄어드는 항목들입니다

번호항목명주요 혜택상세 내용관련 법령
01노란우산공제최대 600만원 소득공제사업소득금액 4천만원 이하 600만원, 4천만~6천만원 500만원, 6천만~1억원 400만원, 1억원 초과 200만원 한도. 폐업·노령 시 목돈으로 돌려받고 압류도 금지됩니다.조세특례제한법 제86조의3
02연금계좌 세액공제최대 900만원 납입액 공제연금저축 600만원 + IRP 합산 900만원까지 납입액의 12%(지방세 포함 13.2%)를 세액공제받습니다. 소득이 큰 개원의에게 가장 안정적인 공제 수단입니다.소득세법 제59조의3
03통합고용세액공제직원 1인 증가당 공제위생사·코디네이터 등 상시근로자가 전년보다 늘면 증가 인원당 세액공제를 받고, 고용을 유지하면 이후 과세연도까지 이어서 공제받습니다.조세특례제한법 제29조의8
04통합투자세액공제중소기업 투자액의 10%유니트체어, 파노라마·CT, CAD/CAM 등 사업용 유형자산 투자액에 대해 중소기업 기본공제율 10%를 적용합니다. 장비 교체 시기를 조정할 실익이 있습니다.조세특례제한법 제24조
05성실신고확인비용 세액공제확인비용의 60%, 120만원 한도성실신고확인대상 치과의원은 확인비용을 전액 필요경비로 넣고, 그 60%를 세액공제받습니다. 의료비·교육비 세액공제도 함께 적용됩니다.조세특례제한법 제126조의6
06중소기업 특별세액감면요건 충족 시 세액 감면치과의원은 수입금액 중 요양급여비용 비율 80% 이상, 종합소득금액 1억원 이하일 때만 감면 대상입니다. 비보험 비중이 큰 치과는 대부분 요건에서 탈락합니다.조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목

실무 한마디

치과의원은 중소기업 특별세액감면 요건을 갖추기 어려운 대신, 노란우산·연금계좌·고용·투자 공제를 층층이 쌓는 전략이 효과적입니다.

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- 이제 줄일 수 있는 부분입니다. 요건만 맞으면 바로 효과가 나는 항목들을 정리했습니다.

① 노란우산공제 — 조세특례제한법 제86조의3

사업소득금액 4천만원 이하는 600만원, 4천만원 초과 6천만원 이하는 500만원, 6천만원 초과 1억원 이하는 400만원, 1억원 초과는 200만원까지 소득공제됩니다. 폐업이나 노령 시 목돈으로 돌려받고 법적으로 압류가 금지된다는 점도 장점입니다.

② 연금계좌 세액공제 — 소득세법 제59조의3

연금저축 600만원을 포함해 IRP 합산 900만원까지 납입액의 12%(지방소득세 포함 13.2%)를 세액공제받습니다. 소득이 큰 개원의에게 가장 안정적인 공제 수단입니다.

③ 통합고용세액공제 — 조세특례제한법 제29조의8

위생사, 코디네이터, 데스크 인력 등 상시근로자가 전년보다 늘면 증가 인원당 세액공제를 받습니다. 고용을 유지하면 이후 과세연도까지 이어서 공제됩니다.

④ 통합투자세액공제 — 조세특례제한법 제24조

유니트체어, 파노라마·CT, CAD/CAM 등 사업용 유형자산 투자액에 대해 중소기업 기본공제율 10%가 적용됩니다. 장비 교체 시기를 조정하는 것만으로도 실익이 생깁니다.

⑤ 성실신고확인비용 세액공제 — 조세특례제한법 제126조의6

성실신고확인대상 치과의원은 확인비용을 전액 필요경비로 처리하고, 그 60%를 120만원 한도로 세액공제받습니다. 성실신고확인 대상자는 근로자처럼 의료비·교육비 세액공제도 적용받을 수 있습니다.

⑥ 중소기업 특별세액감면 — 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목

여기는 주의가 필요합니다. 의료업도 감면 업종에 들어 있지만, 의원·치과의원·한의원은 해당 과세연도 수입금액에서 국민건강보험법 제47조에 따른 요양급여비용이 차지하는 비율이 80% 이상이고, 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에만 감면 대상입니다. 임플란트·교정 등 비보험 매출 비중이 큰 치과는 대부분 이 요건을 충족하지 못합니다.

- 그래서 치과는 감면 하나에 기대기보다, 노란우산·연금계좌·고용·투자 공제를 ​층층이 쌓는 전략이 훨씬 효과적입니다.

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■ 실무에서 꼭 체크해야 할 포인트


핵심 포인트 ⑥ 세무조사 신호와 실무 체크리스트

국세청이 먼저 보는 신호

  • 카드·현금영수증 매출 대비 신고 수입금액이 작을 때
  • 임플란트·교정 등 비보험 매출 비중이 갑자기 줄었을 때
  • 동일 지역·비슷한 규모 치과보다 소득률이 크게 낮을 때
  • 재료비·기공료가 매출 규모에 비해 지나치게 클 때
  • 직원 수 대비 신고 인건비가 맞지 않을 때
  • 원장 개인 계좌로 진료비를 받은 내역이 확인될 때

개원의 세무 체크리스트

  • 미용 목적 진료가 있으면 겸업사업자로 등록했는가
  • 10만원 이상 현금 진료비에 현금영수증을 모두 발급했는가
  • 기공소·재료상에서 계산서를 빠짐없이 수령했는가
  • 가족 직원의 근로계약서와 급여 이체 내역이 있는가
  • 장비·인테리어를 감가상각 자산으로 관리하고 있는가
  • 노란우산·연금계좌 납입액을 연말 전에 채웠는가
  • 수입금액 5억원 접근 시 성실신고 대비를 하고 있는가

자연세무회계컨설팅

개원 준비 단계부터 사업자등록 유형, 장비 투자 시점, 인건비 구조까지 함께 설계하면 매년 반복되는 세금 부담을 크게 줄일 수 있습니다.

자연세무회계컨설팅 | Jayeon Tax & Accounting Consulting

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1. 진료 코드 단위로 과세·면세를 구분해 두십시오. 미용 목적 진료가 하나라도 있으면 겸업사업자 등록과 부가세 신고가 필요합니다.

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2. 10만원 이상 현금 진료비는 예외 없이 현금영수증을 발급하십시오. 계좌이체도 현금입니다. 이 항목 하나가 가장 큰 금액의 가산세로 이어집니다.

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3. 기공소와 재료상 거래는 반드시 계산서로 받으십시오. 면세 거래라 세금계산서가 아니라는 점을 기억하시면 됩니다.

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4. 원장 개인 계좌로 진료비를 받지 마십시오. 사업용 계좌로 일원화하는 것이 세무조사 대응의 기본입니다.

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5. 수입금액이 5억원에 가까워지면 성실신고 대비를 시작하십시오. 갑자기 대상이 되면 그해 장부 정리에 큰 부담이 생깁니다.

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6. 장비 투자와 인력 채용 시점을 연말 전에 검토하십시오. 통합투자세액공제와 통합고용세액공제는 시점 조정만으로도 세부담이 달라집니다.

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■ 치과 세무, 개원 전 설계가 가장 큰 절세입니다


자연세무회계컨설팅은 치과를 포함한 병의원 개원의와 자산가·법인 오너를 대상으로 사업자등록 유형 설계, 과세·면세 매출 구분, 성실신고 대응, 공제·감면 적용 검토를 상담해 드리고 있습니다.

개원을 준비 중이시거나, 이미 운영 중인데 세금이 과하게 나온다고 느끼신다면 언제든 문의해 주세요.

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참고 법령 및 판단 기준

부가가치세법 제26조 제1항 제5호 (의료보건 용역의 면세)

부가가치세법 시행령 제35조 제1호 가목 (치아성형 등 과세되는 진료용역의 범위)

부가가치세법 시행령 제81조 (공통매입세액의 안분계산)

소득세법 제78조 (사업장 현황신고)

소득세법 제81조의3 (사업장 현황신고 불성실 가산세, 수입금액의 0.5%)

소득세법 제162조의3 (현금영수증가맹점 가입·발급의무 등)

소득세법 제81조의9 (현금영수증 발급 불성실 가산세, 미발급금액의 20%)

소득세법 제70조의2 및 같은 법 시행령 제133조 (성실신고확인, 보건업 5억원)

소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비 계산)

소득세법 제33조 제1항 제5호 (가사 관련 경비의 필요경비 불산입)

소득세법 제59조의3 (연금계좌세액공제)

국세기본법 제47조의3 제2항 (부정 과소신고가산세 40%)

조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목 (중소기업 특별세액감면 대상 의료업 요건)

조세특례제한법 제24조 (통합투자세액공제)

조세특례제한법 제29조의8 (통합고용세액공제)

조세특례제한법 제86조의3 (소기업·소상공인 공제부금 소득공제)

조세특례제한법 제126조의6 (성실신고확인비용 세액공제)

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