[양도세] 8년 장기일반임대주택 '자동말소', 양도세 중과배제는 무조건 될까? (18.9.14 전후취득)

최근 2018년에 주택임대사업자를 등록하셨던 고객님들의 문의가 부쩍 늘었습니다. 8년이라는 의무임대기간이 끝나고 '자동말소'되는 시기가 다가왔기 때문인듯한데요~

"세무사님, 나라에서 강제로 말소시키는 거니까, 이제 팔면 무조건 일반과세(중과배제) 적용되는 거 맞죠?"

의뢰인님들의 이 질문, 반은 맞고 반은 틀립니다.

오늘은 제가 실무에서 직접 겪은 사례를 분석해보겠습니다.

Ⅰ. 사례 타임라인 분석



질의해주신 분의 상황은 이렇습니다. 현재 총 3주택 소유자로 추가 1주택까지 취득예정에 있습니다.

• A 아파트 (거주주택, 조정대상지역): 2026년 9월 비과세 특례 적용 양도 예정 (2년 이상 거주)
• B 빌라 & C 아파트 (등록임대, 조정대상지역): 8년 장기임대 후 2026년 7월 자동말소 예정 (의무 준수)
• D 아파트 (신규, 비조정지역): 2026년 11월 비규제지역 취득 예정



※ 매도 순서

2026.09.30 A 아파트 양도 -> 2026.11.25. C아파트 양도 -> 2026.11.30. D아파트 취득 -> 이후 B빌라 양도



위 경우에서, A주택은 거주주택 비과세규정을 통해 비과세를 받고, 조정대상지역에 소재한 임대주택 B,C주택을 양도하면 양도소득세 중과배제 혜택을 볼 수있을까요?

Ⅱ. 질의 내용



의뢰인께서 질의한 내용은 총 3가지입니다.

1. A 거주주택 비과세, 사후 추징 가능성?

가장 먼저 걱정하시는 부분이죠. "A 거주주택을 비과세로 팔고 나서, 남아있는 B나 C 임대주택을 팔거나 새로운 D 주택을 사면 혹시 받았던 비과세를 토해내야(추징) 하는 것 아닌지 입니다.

2. C 양도 시 일반과세(중과 배제) 적용 여부

자동말소된 임대주택을 팔면 당연히 일반세율(중과배제)이 적용될 것이라 믿는 분들이 많습니다. 원칙적으로는 맞지만 가장 주의 깊게 검토할 내용이 여기있습니다. 바로 취득 시점에 따른 '예외' 규정입니다.

3. B 양도 시 일반과세 유지 및 매도 기한 제한 있는지 여부

C 주택을 양도하고 새로운 D 주택을 취득한 후, 마지막으로 B 주택을 팔 때의 문제입니다. "자동말소 후 특정 기한 이내에 팔아야만 혜택이 유지되는 것 아니냐" 라는 내용입니다.

Ⅲ. 법리 검토 및 판단





1. A 거주주택 비과세, 사후 추징 가능성?

일시적 2주택 특례를 규정한 소득세법 시행령 155조에는 20항에 거주주택 비과세 특례를 규정하고 있습니다.

이는 거주주택과 + 장기임대주택이 있는경우에 장기임대주택은 주택수에서 제외되므로 1세대 1주택의 양도로 인정해주는 특례입니다.

요건은 다음과 같습니다(①~④는 장기임대주택의 요건이고 ⑤는 거주주택 요건입니다).

① 지자체 임대사업자 등록(단기임대 or 장기일반민간임대) + 세무서 주택임대 사업자등록

② 임대개시 당시 기준시가 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하

③ 임대료 증액제한 준수(2019.2.12. 이후부터)

④ 임대의무기간 준수

⑤ 거주주택에서 2년이상 거주할것

사안으로 돌아오면,

현재 B와 C 주택이 의무 임대기간과 임대료 상한(5%) 등 세법상 장기임대주택 요건을 온전히 충족한 상태에서 자동말소되는 것이라면, A 주택 양도 이후에 C를 양도하거나 신규 주택 D를 취득한다고 해서 이미 적용받은 A 주택의 비과세가 사후에 부인되거나 추징될 가능성은 매우 낮습니다.

세법상 사후 추징은 장기임대주택이 임대기간 요건을 채우지 못한 상태에서 거주주택 비과세를 먼저 적용받고 나중에 임대기간 요건을 깨뜨렸을 때 발생하는 제재인데, 의뢰인님의 사안은 이미 적법하게 의무기간을 모두 채운 뒤 자동말소되는 구조이기 때문에 해당사항이 없습니다.



2. C 양도 시 일반과세(중과 배제) 적용 여부

앞서 말씀드린 소득세법상 장기임대주택은 혜택이 거주주택 비과세만 있는것이 아닙니다. 1가지가 더있는데요. 바로 양도소득세 중과배제 혜택입니다.

1 거주주택 양도시에도 주택수에 포함하지 아니하고, 2 해당 임대주택을 양도하는 경우에는 중과대상 주택으로 보지않는 혜택입니다.

위 1에서 설명한 세법상 요건을 충족한 장기임대주택이라면, 자동말소된 이후에 양도하더라도 양도기한에 제한없이 다주택자 중과에서 배제되는 장기임대주택으로 보아 일반세율이 적용됩니다.

하지만 여기서 가장 중요하게 점검해야 할 핵심 예외가 있습니다.

만약 C 주택을 취득한 시점이 2018년 9월 14일 이후이고, 취득 당시 1주택 이상을 보유한 상태에서 해당 주택이 '조정대상지역'에 위치해 있었다면 중과배제 혜택을 받으실 수 없습니다. 2018년 9.13 대책에 따라 이러한 요건의 주택은 애초부터 양도세 중과배제 및 종부세 합산배제 적용 대상에서 원천적으로 제외하도록 법이 개정되었기 때문입니다.

폐지유형 자동말소 특례는 기존에 이미 중과배제 혜택을 충족한 임대주택에 대해 그 세제혜택을 박탈하지 않고 일정 범위에서 유지해 주는 보완 조치입니다. 따라서 취득 시점 규정에 걸려 처음부터 중과배제 대상이 아니었던 물건에 대하여, 나중에 임대의무기간을 채우고 자동말소가 되었다는 이유만으로 새롭게 중과배제 혜택이 소급되어 충족되지는 않으므로 확인이 필요합니다.



3. B 양도 시 일반과세 유지 및 매도 기한 제한 있는지 여부



B 주택 역시 C 주택과 동일한 논리가 적용됩니다. 만약 B 주택이 2018년 9월 14일 이전 취득분 등 요건을 충족하였고, 본래 중과배제 대상에 해당하는 정상적인 장기임대주택이라면, 거주주택 비과세 특례처럼 '자동말소 후 5년 이내 양도'와 같은 매도 기한 제한은 규정되어 있지 않습니다!!

cf. 거주주택 비과세 특례는 임대주택의 최초 자동말소일로부터 5년내 양도해야 비과세를 해주는 규정이 있습니다.

따라서 신규 주택 D를 취득한 상태에서 나중에 B를 양도하더라도 자동말소 후 양도 시기에 상관없이 일반과세가 유지됩니다. 그러나 2번 항목에서 설명해 드린 바와 같이 B 주택 취득 시점이 18.09.14. 이후이고 당시 조정대상지역이었다면 처음부터 중과배제 적용 범위를 벗어나므로, 자동말소 특례와 무관하게 양도 시 다주택자 중과세율이 적용됩니다.



관련 법령 및 예규

- 소득세법 시행령 제167조의3 (1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

- 소득세법 집행기준 104-167의 3-13

- 서면-2023-법규재산-3596 (2025.04.28)

- 서면-2021-법규재산-3777 (2022.11.14)

- 서면-2022-법규재산-0208 (2022.03.30)



Ⅳ. 결론



임대주택 자동말소 후 거주주택 비과세 유지 및 중과배제 혜택을 가져가기 위해서는 다음 4가지 요건을 모두 충족해야합니다.

• 임대기간: 8년(또는 2020.08.18.이후 10년) 이상 적법하게 임대하였는가?
• 기준시가: 임대개시일 당시 기준시가 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하인가?
• 임대료 제한: 임대 기간 내내 증액률 5% 상한(2019.02.12.이후부터)을 준수하였는가?
• 취득 시점(현재 실무상 가장 중요): 18.09.14. 이후 유주택 상태에서 조정대상지역에서 취득한 장기임대주택이 아닐 것. (단, 이전에 계약 및 계약금 지급이 입증되거나 무주택 상태에서 취득한 경우는 예외 인정)

2025.10.16.부터 서울전역 및 경기도 일부가 조정대상지역으로 재지정되고,  26.05.09.양도소득세 중과유예가 폐지 되면서,

양도소득세가 다시 많이 어려워졌습니다.

임대주택 관련 세법은 그당시 잦은 정부대책 발표에 따라 취득 시점, 등록 시점별로 규정이 복잡하게 얽혀 있습니다.

매매 계약서에 작성하기 전에 반드시 전문가를 통한 면밀한 사전 검토를 거치시기를 강력히 권고 드립니다.