채무의 자본전환은 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에 해당하지 않음 ( 대법원-2026-두-30280 )



안녕하세요. 태성세무회계 이태성 세무사 입니다.

벤처기업 등의 경우 나라에서 많은 과세특례 등을 지원해 줍니다.

또한 벤처기업이 아닌 벤처기업에 투자를 하는 경우에도 많은 지원이 있습니다.

하지만 나라에서도 이러한 특례 등을 남발하는 것이 아니라 요건을 충족한 기업들에게 해줍니다.

이러한 특례를 놓치기에는 매우 큰 혜택이므로 요건을 잘 살펴보아야 합니다.

오늘은 내국법인이 벤처기업 등에 출자한 경우에 대한 과세특례에 대해서 알아보겠습니다.

※ 내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례

이 제도는 일정한 내국법인이 창업기업·신기술사업자·벤처기업·신기술창업전문회사 등에 출자하여

주식 또는 출자지분을 취득하는 경우, 일정 금액을 법인세에서 세액공제해 주는 제도입니다.

다만 단순히 벤처기업의 주식을 취득했다고 해서 모두 공제되는 것은 아닙니다.

투자하는 법인, 투자대상기업, 투자방법, 주식 취득방법, 투자구조 및 사후관리까지 확인해야 합니다.

1. 세제혜택

일정한 내국법인이 2028년 12월 31일까지 법에서 정한 대상 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우,

원칙적으로

주식 또는 출자지분의 취득가액의 5%에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제합니다.

다만 모든 투자에 동일한 계산방법이 적용되는 것은 아닙니다.

2. 세액공제 대상자

해당 특례는 대통령령으로 정하는 내국법인을 적용대상으로 합니다.

또한 다음에 해당하는 법인을 적용대상에서 제외하고 있습니다.

● 벤처투자회사 및 창업기획자

● 신기술사업금융업자

● 벤처기업출자유한회사

● 기금운용법인등 시행령 제12조제3항에 해당하는 법인

따라서 일반적인 사업을 영위하는 내국법인이 벤처기업 등에 투자하는 경우에는

투자자의 법적 성격에 따라 적용대상에서 제외될 수 있다는 점을 먼저 확인해야 합니다.

3. 투자대상 기업

주요 투자대상은 다음과 같습니다.

● 창업기업

● 신기술사업자

● 벤처기업

● 신기술창업전문회사

즉 일반적인 기업의 주식을 취득했다고 해서 이 세액공제가 적용되는 것은 아닙니다.

먼저 투자대상기업이 법에서 정한 창업기업·신기술사업자·벤처기업·신기술창업전문회사에

해당하는지를 확인해야 합니다.

4. 직접 투자하는 경우

가장 기본적인 형태는

내국법인이 대상기업에 직접 출자하여 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우입니다.

예를 들어 A법인이 벤처기업 B의 유상증자에 참여하여 발행하는 신주를 취득한다고 가정해 보겠습니다.

A법인이 B기업에 출자하고, B기업은 그 대가로 신주를 발행하는 구조입니다.

이 경우에도 단순히 신주를 취득했다는 사실이 아니라, 출자의 방법을 충족해야 합니다.

  (1) 출자의 방법

① 기업 설립 시 자본금으로 납입

대상기업이 설립될 때 자본금으로 납입하여 주식 또는 출자지분을 취득하는 방법입니다.

즉, 기업 설립 → 자본금 납입 → 주식 취득의 구조입니다.

② 설립 후 7년 이내 유상증자 시 증자대금 납입

대상기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우 증자대금을 납입하여

주식 또는 출자지분을 취득하는 방법입니다.

즉, 기업 설립 → 7년 이내 유상증자 → 증자대금 납입 → 신주 취득의 구조입니다.

(2) 기존 주식을 매입

신주 취득과 기존 주식 매입은 다릅니다.

예를 들어 벤처기업 B의 기존 주주가 보유하고 있던 주식을 A법인이 매입했다고 하겠습니다.

A법인은 B기업의 주식을 취득했지만, 주식 매매대금은 기존 주주에게 지급됩니다.

이러한 타인 소유 주식 또는 출자지분의 매입 취득을 출자에서 제외하고 있습니다.

따라서 검토할 때에는 단순히 “벤처기업 주식을 샀는가?”가 아니라,

“법에서 정한 출자방법으로 주식 또는 출자지분을 취득했는가?”를 확인해야 합니다.

(3) 세액공제 대상금액

내국법인이 취득한 대상기업 주식 또는 출자지분 취득가액의 5% 세액공제

5. 간접투자하는 경우

직접 출자뿐만 아니라 일정한 간접투자도 과세특례의 대상이 됩니다.

내국법인이 창업·벤처전문 사모집합투자기구·벤처투자조합등을 통해

대상기업에 출자하여 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우를 말합니다.

다만 민간재간접벤처투자조합은 별도로 구분하여 제외하고 있습니다.

따라서 간접투자는 모두 같은 방식으로 계산하는 것이 아니라

어떤 투자기구를 이용했는지를 먼저 확인해야 합니다.

(1) 벤처투자목적회사 등을 통한 투자

투자구조는 다음과 같이 이해하면 쉽습니다.

즉 내국법인이 벤처투자조합을 통해 벤처투자목적회사에 출자하고,

그 벤처투자목적회사가 다시 창업기업·신기술사업자·벤처기업·신기술창업전문회사에 출자하여

해당 기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우로 다음의 세액공제가 적용됩니다.

따라서 벤처투자목적회사를 통한 투자는

내국법인의 출자금액과 벤처투자목적회사의 자산규모를 함께 고려해야 합니다.

(2) 민간재간접벤처투자조합을 통한 투자

이 경우 세액공제액은 크게 두 부분으로 구성됩니다.

6. 특수관계인

일반적인 직접·간접투자에서는

대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우

그 금액에 대해서는 세액공제를 하지 않습니다.

7. 사후관리

내국법인이 해당 특례에 따라 법인세를 공제받은 후

주식 또는 출자지분을 취득한 날부터 5년 이내에 피출자법인의 지배주주등에 해당하게 되는 경우,

사후관리 규정이 적용됩니다.

이 경우 지배주주등이 되는 날이 속하는 사업연도의 법인세 신고를 할 때,

세액공제액 상당액과 이자상당가산액을 법인세로 납부해야 합니다.

8. 마무리

내국법인의 벤처기업 등에 대한 투자를 지원하기 위한 법인세 세액공제 제도입니다.

하지만 단순히 “벤처기업 주식을 취득했으니 취득가액의 5%를 공제받는다.”

투자일 현재의 법령과 대상기업의 요건, 투자구조 및 사후관리 요건을 함께 확인해야 합니다.

※ 채무의 자본전환은 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에

해당하는 증자대금의 납입 방법에 해당하지 않음

( 대법원-2026-두-30280 )

1. 사건의 발단

원고(내국법인)는 벤처기업인 주식회사에 자신 소유의 토지를 매도했습니다.

대금 지급 방식은 현금, 근저당권 인수 외에도 벤처기업이 발행하는 보통주를 받는 것으로 정했습니다.

이후 원고는 벤처기업이 발행한 신주 대금에 대해 "벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제"를 적용해

달라고 법인세 경정청구를 하였습니다.

하지만 과세관청(피고)은

"세액공제 요건은 충족하지만, 원고가 피출자법인의 지배주주에 해당하여 추가납부세액이 발생한다"는

이유 등으로 이를 거부했고, 이에 불복한 원고가 법원에 소송을 제기했습니다.

2. 핵심 쟁점

● 피고는 이 사건 거래는 현금 등 증자대금의 납입이 아니라 토지 매매대금 채권(미지급금 등)을

자본으로 전환한 것뿐이므로, 조세특례제한법상 '출자'에 해당하지 않는다고 주장했습니다.

● 원고는 토지 매매대금을 주식으로 받았으므로 실질적인 출자에 해당하며,

법인세 공제 대상이 맞다고 주장했습니다.

3. 법원의 판단

(1) 엄격한 조세법 해석의 원칙

조세감면요건 규정은 명백한 특혜규정이므로 엄격하게 해석해야 합니다.

(2) '출자'의 의미 한계

관련 세법에서 말하는 벤처기업 등에의 출자는

법인의 설립 시 또는 설립 후 7년 이내에 '증자대금을 납입'으로 주식을 취득하는 것을 의미합니다.

(3) 실제 금전 지출 수반 여부

이 사건은 원고가 토지를 매도하면서 그 매매대금을 받기 위해 외형상 출자 형태를 갖추고

채무를 자본으로 전환한 것에 불과합니다.

실제로 금전 등의 지출을 수반하는 '새로운 출자'로 볼 수 없기 때문에

벤처기업 출자에 따른 법인세 세액공제 대상이 될 수 없습니다.

4. 시사점

기업 간 자산 양수도 과정에서 매매대금을 주식(신주)으로 갈음하는 방식은 종종 활용됩니다.

하지만 세법상 벤처기업 출자에 대한 세액공제나 감면 혜택을 노릴 때는 단순한 주식 인수 형태를 넘어,

법에서 정한 엄격한 요건(실제 증자대금의 금전 납입 등)을 충족하는지 면밀히 따져봐야 합니다.

외형상 주식을 취득했더라도 채무의 자본전환 성격이라면 세제 혜택에서 배제될 수 있으므로,

대규모 자산 거래 및 주식 인수 전 세무 전문가의 정밀한 사전 검토가 필수적입니다.

이상으로 내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례와 이와 관련된 판례에 대해서

간단하게 알아 보았습니다.

이 글이 벤처기업 투자에 관심이 있는 내국법인에게 도움이 되었으면 합니다.

위 내용에 더 궁금한 점이 있으시다면

하단의 안양(평촌) 세무사 태성세무회계나 찾아줘 세무사로 문의 주시길 바랍니다. 감사합니다.



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