특수관계법인 간 시공용역 및 시행용역 거래와 증여세 부과처분 ( 대법원-2026-두-30878 )



안녕하세요. 태성세무회계 이태성 세무사 입니다.

법인의 경우 개인 또는 법인과의 거래는 매우 자연스러운 흐름입니다.

하지만 이러한 거래에 특수관계인이 포함되면 증여의 문제가 발생하지만 매우 헷갈려 하십니다.

따라서 오늘은 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제에 대해서 알아 보겠습니다.

※ 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제

개인이 회사에 재산을 무상으로 증여하는 경우 재산은 일단 법인에 들어가고,

법인은 그 재산을 보유하게 됩니다.

그런데 그 법인의 주주가 자녀라면 법인의 재산이 증가하면

결국 자녀가 보유한 주식의 가치도 증가하여 결과적으로는 부모의 재산이 법인을 거쳐

자녀에게 이전된 것과 비슷한 경제적 효과가 발생할 수 있습니다.

즉, 특정법인과의 거래를 통하여 그 법인의 주주가 얻는 경제적 이익을 증여받은 것으로 보아

증여세를 과세하는 제도라고 이해하면 됩니다.

1. 특정법인

현행 상속세 및 증여세법 제45조의5는

지배주주등의 주식보유비율이 30% 이상인 법인을 특정법인으로 규정하고 있습니다.

여기서 주식보유비율은 지배주주등이

직접 보유하는 부분뿐만 아니라 간접적으로 보유하는 부분도 고려해야 합니다.

따라서 기본적인 구조는 다음과 같다.

지배주주등의 직접·간접 주식보유비율 ≥ 30%이라면 특정법인으로 봅니다.

여기서 말하는 지배주주의 판정은 단순히 주식 수만 보고 결정하는 것이 아니라 시행령에서 정한

지배주주 판정방법에 따라 이루어진다.

시행령은 지배주주를 내국법인 또는 외국법인의 주식등을 직접 또는 간접 보유하는 자 중

일정 요건을 갖춘 자로 규정하고 있다.

따라서 실무에서는 단순히 "최대주주가 누구인가"만 보는 것이 아니라

직접·간접 보유관계와 특수관계인 관계를 함께 확인해야 한다.

2. 과세대상

특정법인이 지배주주 및 그 특수관계인과 일정한 거래를 하면 문제가 됩니다.

현행 법에서는 크게 다음과 같은 거래를 규정하고 있습니다.

(1) 재산 또는 용역을 무상으로 제공받는 경우

예를 들어 특수관계인이 특정법인에 현금이나 부동산을 무상으로 증여하는 경우입니다.

법인은 재산을 무상으로 받았으므로 그만큼 경제적 이익을 얻습니다.

(2) 재산 또는 용역을 현저히 낮은 대가로 양도·제공받는 경우

예를 들어 시가 10억 원의 부동산을 특정법인이 특수관계인으로부터 5억 원에 매입했다면

특정법인의 입장에서는 5억 원이라는 경제적 이익을 얻은 것으로 볼 수 있습니다.

시행령에서는 현저히 낮은 대가의 기준을

시가와 대가의 차액이 시가의 30% 이상이거나 그 차액이 3억 원 이상인 경우로 규정하고 있습니다.

즉, 시가와 대가의 차액 ≥ 시가의 30% 또는 3억 원이면 현저히 낮은 대가에 해당할 수 있습니다.

(3) 재산 또는 용역을 현저히 높은 대가로 양도·제공하는 경우

반대로 특정법인이 특수관계인에게

재산이나 용역을 지나치게 비싼 가격으로 제공하는 경우도 규제합니다.

예를 들어 시가 5억 원인 자산을 특정법인이 특수관계인에게 10억 원에 팔았다면

특정법인에는 대가와 시가의 차액만큼 경제적 이익이 감소한다고 보기 때문입니다.

따라서 이 역시 시행령상 현저히 높은 대가의 판단기준은

시가와 대가의 차액이 시가의 30% 이상 또는 3억 원 이상입니다.

(4) 자본거래를 통한 이익 분여

현행법은 불균등 감자 등 대통령령으로 정하는 자본거래를 특정법인 규정에 포함하고 있습니다.

시행령에서는 다음과 같은 자본거래를 규정하고 있다.

불공정한 비율의 합병, 신주를 시가보다 높거나 낮은 가액으로 발행하는 거래, 불균등한 감자,

현물출자에 의해 주식 등을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 인수하는 거래, 전환사채 등의 거래,

불균등한 배당, 주식의 포괄적 교환·이전, 그 밖에 이에 준하는 자본거래 등 입니다.

따라서 기존에 "현물출자를 낮은 대가로 받은 경우"라고만 정리하기보다는,

현물출자를 포함한 자본거래 자체가 별도 규정체계로 확대되어 있다는 점을 이해하는 것이 좋습니다.

(5) 채무를 면제·인수·변제받는 경우

특정법인의 채무를 특수관계인이 대신 갚아주거나, 채무를 면제해 주거나,

채무를 인수해 주는 경우도 포함됩니다.

시행령은 법에서 위임한 유사거래로

특정법인의 채무를 면제·인수 또는 변제하는 것을 명시하고 있습니다.

3. ‘1억 원’ 기준

거래 자체의 이익이 1억 원 이상이어야 하는 것이 아니라,

지배주주등이 증여받은 것으로 보는 증여의제이익이 1억 원 이상인 경우에만 증여의제를 적용합니다.

따라서 구조를 구분할 수 있습니다.

4. 다수 거래 존재

특정법인과의 거래를 여러 번 나누어 진행하는 경우도 생각해 볼 수 있습니다.

이런 방식으로 과세를 회피하는 것을 막기 위해 상속세 및 증여세법 제43조 제2항은

증여일부터 소급하여 1년 이내에 동일한 거래 등이 있는 경우 각각의 거래에 따른 이익을

해당 이익별로 합산하여 계산하도록 하고 있습니다.

따라서 특정법인 규정을 검토할 때에는 단일 거래만 볼 것이 아니라

과거 1년 동안 동일·유사 거래가 있었는지도 함께 살펴볼 필요가 있습니다.

5. 특정법인의 이익

특정법인이 얻은 이익을 그대로 주주의 증여재산가액으로 보는 것은 아닙니다.

현행 시행령은 먼저 ‘특정법인의 이익’을 계산하도록 하고 있습니다.

시행령 제34조의5 제4항에 따르면 특정법인의 이익은 원칙적으로 다음과 같이 계산합니다.

구체적으로는 거래 유형에 따라 먼저 이익을 계산하고,

그 이익이 특정법인의 각 사업연도 소득금액에서 차지하는 비율을 이용하여

해당 이익에 대응하는 법인세 상당액을 계산합니다.

6. 증여의제이익

이제 법인 단계에서 계산한 이익을 주주에게 배분합니다.

특정법인의 이익에 특정법인 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 지배주주등이

증여받은 것으로 본다고 규정하고 있다.

그리고 이 금액이 1억 원 이상인 경우 해당 증여의제 규정이 적용될 수 있습니다.

7. 증여세액 한도

특정법인을 통한 거래가 직접 증여보다 더 많은 증여세를 발생시키는 결과가 되어서는

안 된다는 점도 중요합니다.

그래서 법 제45조의5 제2항은 다음과 같은 별도의 증여세액 한도를 두고 있습니다.

8. 증여시기

법 제45조의5 제1항은

특정법인이 해당 거래를 하는 경우 거래한 날을 증여일로 본다고 규정하고 있습니다.

예를 들어 특정법인이 2025년 5월 10일 특수관계인으로부터 부동산을 무상으로 제공받았다면

원칙적으로 그 거래일인 2025년 5월 10일이 증여일이 된다.

9. 증여세 신고기한

일반적인 증여세는 증여받은 날이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고하는 것이 원칙입니다.

그런데 특정법인 거래는 일반적인 증여세 신고기한과 다릅니다.

특정법인의 이익과 이에 대응하는 법인세 상당액을 계산해야 하기 때문입니다.

그래서 상속세 및 증여세법 제68조는 제45조의5에 따른 증여세 과세표준 신고기한을

특정법인의 법인세 과세표준 신고기한이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날로 정하고 있습니다.

즉, 특정법인 거래의 증여세 신고는 거래일만 가지고 바로 증여재산가액을 확정하는 것이 아니라

법인세 신고와 연결하여 최종적인 증여의제이익을 계산하는 구조라고 입니다.

10. 마무리

특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제는 한마디로 말하면,

지배주주등이 30% 이상 지배하는 특정법인에 특수관계인을 통해 경제적 이익을 이전하고,

그 결과 특정법인의 주주가 경제적 이익을 얻는 경우 그 이익을 주주가 증여받은 것으로 보아

증여세를 과세하는 제도라고 할 수 있습니다.

여기서 중요한 것은 단순히 "법인이 이익을 얻었다"는 사실이 아닙니다.

누가 특정법인을 지배하고 있는지, 어떤 거래가 있었는지, 특정법인이 얼마의 이익을 얻었는지,

그 이익에 대응하는 법인세를 어떻게 반영하는지, 주주별로 얼마의 이익이 귀속되는지,

1억 원 기준과 증여세액 한도를 어떻게 적용하는지를 순서대로 확인해야 합니다.

그리고 이 제도의 특징 중 하나는 증여시기는 거래한 날이지만,

증여세 신고기한은 특정법인의 법인세 신고와 연결되어 있다는 것입니다.

결국 특정법인 규정은 '법인을 이용하면 증여세를 피할 수 있다'는 생각을 방지하면서도,

법인 단계에서 이미 부담한 법인세와 직접 증여했을 경우의 세부담을 함께 고려하여

증여세를 계산하도록 만든 제도라고 이해할 수 있습니다.

※ 특수관계법인 간 시공용역 및 시행용역 거래와

증여세 부과처분 취소소송 판결 분석 ( 대법원-2026-두-30878 )

1. 사건의 발단

(1) 계열사 간 거래 및 그룹 편입

화장품 제조·판매업체인 주식회사(원고가 지배주주)와

외항화물운송·건설업체인 A는 모두 같은 그룹의 계열사입니다.

(2) 시공 및 시행 계약 체결

B는 2015년경 공동주택 신축·분양 사업(이 사건 사업)을 추진하면서,

계열사인 A를 시공사로 선정하여 공사도급계약을 체결하였습니다.

(3) 과세관청의 세무조사 및 과세

① A가 B에 시공용역을 저가로 공급하고,

② A의 사업팀·분양팀이 시행업무의 일부를 무상으로 대신 수행하여

B의 주주(원고들)가 이익을 획득했다고 보았습니다.

피고(세무서장)는 원고들에게 증여세를 부과·고지하였고

이에 불복하여 원고들이 증여세 부과처분 취소소송을 제기하였습니다.

2. 쟁점

(1) 시공용역 관련

A가 B에 제공한 시공용역이 통상적인 거래 관행에 비추어

‘현저히 낮은 대가(저가 거래)’로 제공된 경제적 합리성이 결여된 거래인지 여부

(2) 시행용역 관련

A의 사업팀 및 분양팀이 B의 시행업무를 무상으로 대행하였는지 여부 및 그 가액 산정 방식의 적법성

(3) 일부 위법 시 처분의 범위

과세처분 중 일부(시공용역 부분)가 위법하고 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우,

처분 전부를 취소해야 하는지 여부

3. 법원의 판단

(1) 시공용역 부분 (원고 승소)

법원은 과세관청이 시공용역의 시가를 산정하면서 적용한 ‘통상 수익률 15%’에 대해,

이는 그룹 내부의 경영목표나 임의로 작성된 내부 검토용 수치에 불과할 뿐,

B이 특수관계인이 아닌 제3자에게 제공한 유사 용역의 통상 수익률이라고 인정하기에

부족하다고 보았습니다.

따라서 시가를 산정할 수 없는 이상 이 사건 도급계약이 ‘현저히 낮은 대가’로 체결되어

경제적 합리성을 결여하였다고 볼 수 없으므로,

시공용역과 관련된 증여세 부과처분은 위법하다고 판단했습니다.

(2) 시행용역 부분 (피고 승소)

시행용역 무상 제공에 대하여는

A가 대규모 아파트 분양사업을 수행할 인적·물적 자원을 갖추지 못한 상태에서

B의 사업팀과 분양팀이 사업수지 분석, 부지 매입, 인허가, 분양 승인 및 관리 등의 업무를

실제로 대신 수행한 사실이 인정된다고 보았습니다.

또한, B의 대표이사가 이를 확인하는 확인서를 제출한 점 등에 비추어 볼 때,

B가 시행용역을 무상으로 제공한 것으로 볼 수 있으며,

분양금액을 기준으로 인건비 및 간접비를 안분하여 시행용역 가액을 산정한 것도 합리성이 있다고

판단했습니다.

(3) 결론 (원고 승소 - 전부 취소)

시공용역 부과처분은 위법하나 시행용역 부과처분은 적법하지만,

소송 변론종결 시까지 시행용역 무상 제공 부분에 대한 객관적인 세액을 산출할 수 있는 자료가

제출되지 않았습니다.

이처럼 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으므로,

결국 피고가 한 증여세 부과처분은 모두 취소되어야 한다고 판결하였고

이후 대법원 상고심에서도 상고기각되어 원고 승소 판결이 확정되었습니다.

4. 시사점

(1) 엄격한 ‘시가’ 입증의 중요성

특수관계인 간 거래에서 저가·고가 거래를 이유로 과세를 하려면,

과세관청이 관련 법령에 따라 객관적인 통상 수익률이나 시가를 엄격하게 입증해야 합니다.

단순한 내부 경영목표나 추정치만으로는 정당한 시가 산정의 근거로 인정받기 어렵습니다.

(2) 계열사 간 인력 지원(업무 대행)

본래 시행사가 수행해야 할 개발·분양 등의 실무 업무를 시공사 등 타 계열사 직원이 대신 수행하고

대가를 받지 않는 경우, 이는 ‘용역의 무상 제공’으로 평가되어 증여세 과세 대상이 될 수 있음을

재확인시켜 주었습니다.

따라서 그룹 내 계열사 간 업무 지원 시에는 적정한 대가(용역비) 산정과 정산이 필수적입니다.

(3) 과세처분 전부 취소의 법리

하나의 부과처분 중 일부에 위법이 있고,

납세의무자가 정당한 세액을 산출할 수 있는 자료를 제출하지 못하는 경우

법원은 직권으로 세액을 계산해주지 않고 처분 전부를 취소하게 됩니다.

과세처분 취소소송에서 입증 책임과 청구 범위 설계의 중요성을 보여주는 대목입니다.

이상으로 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제와 이와 관련된 판례에 대해서

간단하게 알아 보았습니다.

이 글이 자녀의 법인에 증여를 고민하시는 분들에게 도움이 되었으면 합니다.

위 내용에 더 궁금한 점이 있으시다면

하단의 안양(평촌) 세무사 태성세무회계나 찾아줘 세무사로 문의 주시길 바랍니다. 감사합니다.