판매지원사가 수입한 반도체 부품, 수입부가가치세 매입세액 공제 여부 ( 대법원-2026-두-30644 )



안녕하세요. 태성세무회계 이태성 세무사 입니다.

수출과 수입을 하시는 사업자 분들의 경우 수입세금계산서와 그에 따른 매입세액공제를

일반 거래와 달리 어려워 하십니다.

따라서 오늘은 수입세금계산서에 대해서 알아 보겠습니다.

※ 수입세금계산서와 매입세액공제

수입거래에서 다음과 같은 두 가지 궁금증이 발생합니다.

첫 번째는 “수입세금계산서는 누구에게 발급되어야 하는가?”이고,

두 번째는 “그 수입세금계산서에 기재된 부가가치세는 누가 매입세액으로 공제받을 수 있는가?”입니다.

이 두 질문은 서로 별개의 문제가 아니고 하나의 흐름으로 연결됩니다.

누가 실제로 수입하는 자인가 해당 수입하는 자에게 수입세금계산서가 발급되어야 합니다

또한 그 수입이 자기의 과세사업과 관련된다면 매입세액공제 문제가 발생하며

수입세금계산서의 명의가 실제 거래관계와 다르면 제39조에 따라 공제가 제한될 수 있습니다.

1. 수입세금계산서

부가가치세는 기본적으로 전단계세액공제 방식으로 운영됩니다.

사업자가 물건을 판매하면서 발생시킨 매출세액에서,

사업자가 자신의 사업을 위해 물건이나 용역을 구입하면서 부담한 매입세액을 공제하여

최종적으로 납부할 세액을 계산하는 구조입니다.

수입거래도 마찬가지입니다.

사업자가 외국에서 재화를 수입하면 수입 단계에서 부가가치세를 부담하게 됩니다.

이 부가가치세 역시 그 사업자가 자기의 과세사업을 위해 수입한 것이라면

원칙적으로 매입세액공제의 대상이 될 수 있습니다.

실제로 부가가치세법에서는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로

수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액을 공제하는 매입세액으로 규정하고 있습니다.

그리고 그 공제시기는 해당 재화의 수입시기가 속하는 과세기간입니다.

2. 수입하는 자

부가가치세법은 세관장이 수입되는 재화에 대해 부가가치세를 징수할 때

‘수입하는 자’에게 수입세금계산서를 발급하도록 규정하고 있습니다.

여기서 중요한 것은 단순히 “수입신고서에 이름이 누구로 되어 있는가?”만 가지고

문제를 끝내서는 안 된다는 점입니다.

세금계산서 제도의 기본적인 취지는 실제 거래관계를 정확하게 나타내는 데 있습니다.

최근 대법원도 세금계산서의 필요적 기재사항이 실제 거래의 주체와 일치해야 한다는 취지에서,

형식적인 계약서나 명의만 볼 것이 아니라 실제로 재화를 공급하거나 공급받은 주체가 누구인지를

살펴야 한다고 판시하였습니다.

따라서 수입거래에서 명의와 실질이 문제되는 경우에는 다음과 같은 사실관계를 종합적으로 살펴볼

필요가 있습니다.

● 누가 외국의 공급자와 실제 거래를 했는지

● 누가 수입대금을 부담했는지

● 수입한 재화의 소유권이나 처분권이 누구에게 귀속되는지

● 수입 후 해당 재화를 누가 자신의 사업에 사용하는지

● 수입 과정에서 발생하는 위험과 권리·의무를 누가 부담하는지

즉, 수입신고 명의만으로 모든 것을 결정하는 것이 아니라 실제 거래관계를 파악하는 것이 중요합니다.

다만 “실질귀속자”라는 말을 지나치게 추상적으로 이해해서는 안 됩니다.

단순히 경제적으로 이익을 얻었다는 이유만으로 무조건 그 사람이 수입자라고 하는 것이 아니라,

해당 재화의 실제 수입거래에서 누가 공급받는 주체인지를 구체적인 사실관계에 따라 판단해야 합니다.

3. 실제 수입자가 아닌 사람 명의

부가가치세법 제39조의 경우 원칙적으로 공제대상이 되는 매입세액이라 하더라도 일정한 경우에는

공제하지 않는 매입세액을 규정하고 있습니다.

그중 제39조 제1항 제2호는 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 않았거나,

발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우

그 매입세액을 원칙적으로 공제하지 않도록 하고 있습니다.

여기서 부가가치세법 제35조와 제39조가 하나로 연결됩니다.

제35조에서는 “누가 수입하는 자인가?”

이후 제39조에서는 “그 수입세금계산서가 실제 거래관계를 제대로 나타내고 있는가?”

따라서 실제 수입거래의 주체와 수입세금계산서상의 명의가 다르다면,

단순히 “부가가치세를 실제로 내가 부담했다”는 이유로 매입세액공제가 당연히 인정되는 것은 아닙니다.

세금계산서 제도는 단순한 영수증 제도가 아니라

실제 거래관계를 확인하고 과세관계를 연결하는 기능을 하기 때문입니다.

대법원 역시 세금계산서 제도가 거래 당사자 사이의 거래를 노출시켜 과세자료를 확보하고

상호검증 기능을 수행한다고 설명하고 있습니다.

4. 매입세액공제

결국 수입세금계산서 문제도 일반적인 매입세액공제와 같은 구조 안에서 이해할 수 있습니다.

매입세액공제를 생각할 때 먼저 보는 것은 “자기의 사업과 관련된 매입인가?”입니다.

사업자가 자기 사업을 위해 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역에 대한 부가가치세액과, 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액을

공제하는 매입세액으로 규정하고 있습니다.

따라서 수입재화의 경우에는 다음과 같은 순서로 생각하면 됩니다.

5. 수입세금계산서 명의

수입세금계산서를 단순히 “수입하면서 부가가치세를 냈다는 증빙” 정도로 생각하는 것입니다.

물론 수입세금계산서는 수입 단계에서 부담한 부가가치세와 관련된 중요한 증빙입니다.

하지만 증빙 그 이상의 의미를 가집니다.

수입세금계산서는 누가 해당 수입거래의 주체인지를 나타내고,

그 결과 누가 해당 수입에 대한 매입세액공제를 주장할 수 있는지를 연결하는 역할을 합니다.

6. 매입세액공제 불가

매입세액공제 제도의 목적은 사업자가 과세사업을 위해 부담한 부가가치세를 전단계에서 공제하여

부가가치세가 거래단계마다 누적되는 것을 방지하는 데 있습니다.

그렇다고 해서 실제로 세금을 부담했다는 사실만으로 언제나 공제가 허용되는 것은 아닙니다.

왜냐하면 부가가치세는 거래관계를 전제로 하는 세금이고,

매입세액공제 역시 실제 거래관계와 연결되어 있기 때문입니다.

예를 들어 A가 실제 수입자인데 B의 명의로 수입세금계산서를 발급받았다면,

“누가 돈을 냈는가?”라는 문제뿐 아니라 “누가 실제로 수입한 것인가?”

“수입세금계산서의 명의가 실제 거래관계를 반영하고 있는가?”를 함께 확인해야 합니다.

대법원 역시 실제 거래의 주체가 아닌 제3자 명의로 세금계산서를 발급·수취한 경우에는

원칙적으로 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하여 매입세액공제가 부인될 수 있다고 판시하였습니다.

다만 구체적인 사건에서는 법령상 예외나 거래사실 확인 여부 등을 함께 살펴야 합니다.

따라서 “명의가 다르면 무조건 공제 불가”라고 단순화하기보다는,

실제 거래주체와 세금계산서의 기재가 일치하는지를 중심으로 판단한다고 이해하는 것이 정확합니다.

7. 마무리

수입세금계산서와 매입세액공제는 따로 떨어져 있는 주제가 아닙니다.

수입거래에서 가장 먼저 확인할 것은 실제 수입거래의 주체가 누구인지입니다.

그 주체에게 수입세금계산서가 발급되어야 하고,

그 수입재화가 자기의 과세사업에 사용되거나 사용될 목적이라면 수입 과정에서 부담한 부가가치세는

원칙적으로 매입세액공제의 대상이 됩니다.

그러나 수입세금계산서의 필요적 기재사항이 실제 거래관계와 다르게 작성되어 있다면

매입세액공제가 제한될 수 있습니다.

따라서 수입세금계산서 문제에서 중요한 것은

단순히 “누가 관세를 냈는가” 또는 “누가 수입신고를 했는가”만 보는 것이 아닙니다.

그보다 중요한 것은 실제 거래관계와 수입세금계산서의 명의가 일치하는지,

그리고 그 수입이 그 사업자의 과세사업과 연결되는지를 함께 보는 것입니다.

이렇게 접근하면 수입세금계산서와 매입세액공제가 각각 따로 존재하는 복잡한 규정이 아니라,

하나의 거래를 앞뒤에서 규율하는 연속적인 제도라는 점을 이해할 수 있습니다.

※ 판매지원사가 수입한 반도체 부품,

수입부가가치세 매입세액 공제여부 ( 대법원-2026-두-30644 )

1. 사건의 발단

(1) 계약 구조

미국의 반도체 장비 제조업체(A사)가 국내 대기업 등에 반도체 제조장비를 판매합니다.

국내 관계회사인 원고(A사의 한국 법인 또는 지원사)는 A사와 판매지원 서비스 계약을 맺고,

장비 설치 및 하자 보증, 판매지원 등의 업무를 맡고 있었습니다.

(2) 부품 수입과 신고

장비 공급 과정에서 누락·오장착된 부품을 무상으로 들여올 때,

원고가 수입신고인이 되어 부가가치세를 신고·납부했습니다.

그리고 세관장으로부터 수입세금계산서를 받아 자사의 매출세액에서 매입세액으로 공제받았습니다.

(3) 과세당국의 처분

과세관청(피고)은 "이 부품 수입의 실질적 당사자는 원고가 아니라 A사와 국내 고객사"라며,

원고가 공제받은 매입세액을 부인하고 수십억 원의 부가가치세를 경정·고지했습니다.

이에 원고가 불복하여 소송을 제기했습니다.

2. 핵심 쟁점

(1) 사업 관련성 여부

무상 반입된 부품의 수입이 원고의 '자기 사업'을 위한 것으로 인정되어

부가가치세 매입세액 공제 요건을 충족하는지 여부

(2) 사실과 다른 세금계산서 여부

형식상 수입신고인인 원고를 수입자로 기재하여 발급받은 수입세금계산서가 '실질귀속자' 기준에

비추어 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

3. 법원의 판단

대법원은 원고의 상고를 모두 기각하고, 과세관청의 처분이 정당하다고 본 원심판결을 확정했습니다.

(1) 실질귀속자와 사업 관련성 부인

부품 대금은 이미 장비 구매대금에 포함되어 고객사가 A사에 지급했고,

원고는 관세 등의 비용을 지출한 뒤 A사로부터 그대로 상환받았습니다.

또한 원고는 판매 관련 의사결정 권한이 없고 중개자·의사전달 창구 역할에 불과했습니다.

(2) 경제적 손익의 귀속

부품 수입에 따른 경제적 손익이 A사에 귀속되므로,

원고는 독립된 사업자로서 자기 계산과 책임으로 이를 영위한 것이 아니라

A사의 채무 이행을 보조하는 지위에 불과합니다.

따라서 원고의 사업과 직접 관련이 있다고 볼 수 없습니다.

(3) 수입세금계산서의 적법성

부가가치세법상 수입세금계산서를 발급받아야 할 ‘수입자’란

실질적으로 수입의 효과가 귀속되는 자를 의미합니다.

형식상 수입신고 명의인이라는 이유만으로 원고를 수입자로 하여 발급받은 세금계산서는

‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하므로 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.

4. 시사점

대행사나 판매지원사가 해외 본사 장비의 부속품 등을 무상 수입하면서

명의상 수입자로 이름을 올렸더라도,

실질적인 거래 당사자가 아니거나 경제적 손익이 귀속되지 않는다면

수입부가가치세 매입세액을 공제받을 수 없습니다.

(1) 계약 및 거래 실질의 중요성

세무상 매입세액 공제 여부를 판단할 때는 형식적인 명의(수입신고인 등)보다

'누가 실질적인 비용을 부담하고 경제적 위험을 지는가'가 절대적인 기준이 됩니다.

(2) 관계회사 간 역할 정립

본사와 국내 지사(또는 판매지원사) 간의 계약을 체결할 때,

수입 통관 및 부가세 납부 업무를 누가 어떤 자격(대행 vs 당사자)으로 수행하는지

명확히 검토해야 추후 예상치 못한 거액의 추징금을 방지할 수 있습니다.

이상으로 수입세금계산서와 매입세액공제의 내용과 이와 관련된 판례에 대해서

간단하게 알아 보았습니다.

이 글이 수입으로 인한 매입세액공제를 고민하시는 분들에게 도움이 되었으면 합니다.

위 내용에 더 궁금한 점이 있으시다면

하단의 안양(평촌) 세무사 태성세무회계나 찾아줘 세무사로 문의 주시길 바랍니다. 감사합니다.