공익법인이 기부금을 특수관계법인에게 대여 ( 대법원-2026-두-31094 )



안녕하세요. 태성세무회계 이태성 세무사 입니다.

상담하시는 분들 중에서 본인의 재산 등을 공익법인에 출연을 원하시는 분들이 가끔 계십니다.

해당 공익법인의 출연의 경우 무조건 상속세나 증여세가 없다고 알고계십니다.

하지만 경우에 따라 상속세나 증여세가 과세됩니다.

따라서 오늘은 공익법인 출연에 따른 과세가액 불산입에 대해서 알아보겠습니다.

※ 공익법인 출연재산의 과세가액 불산입

공익법인에 대한 과세가액 불산입은 공익사업을 장려하기 위한 세제상 혜택인 동시에,

이를 이용하여 재산을 편법적으로 이전하거나 기업의 지배권을 승계하는 것을 막기 위한

엄격한 사후관리 제도이기도 합니다.

1. 공익법인

공익법인이란 종교·자선·학술 등 사회 일반의 이익을 목적으로 하는

사업을 수행하는 법인 등을 말합니다.

세법에서는 이러한 법인에 재산을 출연하는 경우

일정한 요건을 충족하면 출연재산에 대해 상속세나 증여세를 과세하지 않는 제도를 두고 있습니다.

2. 과세가액 불산입 취지

일반적으로 개인이 다른 사람에게 재산을 무상으로 이전하면 증여세가 문제되고,

사망하면서 재산을 이전하면 상속세가 문제됩니다.

그런데 공익법인에 재산을 출연하는 경우에는 조금 다릅니다.

공익법인은 출연받은 재산을 출연자 개인의 재산으로 사용하는 것이 아니라,

정관 등에 따른 공익목적사업에 사용하게 됩니다.

결국 이러한 재산 출연은 단순히 개인에게 부를 이전하는 것과 달리

사회 전체의 이익을 위해 재산을 사용하는 효과가 있습니다.

따라서 국가가 직접 수행·지원해야 할 공익적 기능의 일부를 민간이 대신 수행한다는 점을 고려하여,

일정한 요건을 충족하는 출연재산에 대해서는 상속세·증여세의 과세가액에 산입하지 않는 것입니다.

현행 「상속세 및 증여세법」도 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 공익법인등에 출연한 재산에 대해

일정 요건을 충족하면 상속세 과세가액에 산입하지 않도록 규정하고 있습니다.

3. 과세가액 불산입

공익법인에 재산을 출연했다는 사실만으로 상속세·증여세가 무조건 면제되는 것은 아닙니다.

공익법인이 출연받은 재산을 공익목적사업과 무관하게 사용하거나,

출연자 또는 그 특수관계인에게 사실상 이익이 돌아가도록 사용한다면 과세가 이루어질 수 있습니다.

즉, 제도의 기본적인 구조는 다음과 같습니다.

이러한 이유로 상속세 및 증여세법에는 공익법인이 출연받은 재산을 어떻게 사용해야 하는지에 관한

다양한 사후관리 규정이 마련되어 있습니다.

4. 주식을 공익법인에 출연하는 경우

공익법인에 현금이나 부동산을 출연하는 것과 달리

주식을 출연하는 경우에는 훨씬 복잡한 규제가 적용됩니다.

이는 주식에는 단순한 재산적 가치뿐만 아니라 기업의 의결권과 지배권이 포함되어 있기 때문입니다.

예를 들어 대기업의 지배주주가 자신이 보유한 회사 주식의 상당 부분을 공익법인에 출연한다고

생각해 보겠습니다.

형식적으로는 공익법인에 재산을 기부한 것이지만,

공익법인이 그 주식을 보유하면서 의결권을 행사한다면 결과적으로 해당 기업의 지배력에 영향을

미칠 수 있습니다.

또한 상속인이 지배하는 공익법인에 주식을 출연하는 방법으로 상속세 부담을 줄이고

기업 지배권을 우회적으로 이전하는 것도 가능할 수 있습니다.

바로 이러한 문제를 막기 위해 공익법인의 주식 보유에 대해서는 별도의 제한을 두고 있습니다.

(1) 과세가액 불산입 한도

현행 상속세 및 증여세법에서는 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 공익법인등에 출연하는 경우,

다음의 일정한 주식보유 한도를 초과하는 부분에 대해서는

원칙적으로 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하도록 하고 있습니다.

● 기본 한도는 10%

● 일정한 공익법인이면서 출연받은 주식의 의결권을 행사하지 않고,

자선·장학 또는 사회복지를 목적으로 하는 등의 요건을 갖춘 경우에는 20%

● 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있는 공익법인이나

일정한 요건을 충족하지 못하는 공익법인의 경우에는 5%

따라서 기존에 흔히 정리되는 “10%·20%·5%”라는 숫자 자체는 현재도 중요하지만,

각각 어떤 공익법인에 적용되는지를 함께 이해해야 합니다.

(2) 한도 계산시 주의 사항

“공익법인에 이번에 5%의 주식을 출연했으니 5%만 계산하면 되는 것 아닌가?”

라고 생각할 수 있지만 그렇지 않습니다.

주식보유 한도를 계산할 때에는 단순히 이번에 출연하는 주식만 보는 것이 아니라,

법에서 정하는 관련 주식을 합산하여 판단합니다.

예를 들어 출연자가 주식을 출연할 당시 공익법인이 이미 동일한 회사의 주식을 보유하고 있다면

그 주식도 계산에 포함될 수 있습니다.

또한 출연자 및 그의 특수관계인이 다른 공익법인에 출연한 동일 내국법인의 주식 등도

일정한 범위에서 합산됩니다.

상속의 경우에는 상속인 및 그 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인이 보유하는

동일 법인의 주식 등이 고려되는 경우도 있습니다.

결국 주식 출연의 경우에는

“이번에 몇 %를 출연했는가?” 만 보는 것이 아니라

“관련 공익법인들이 해당 회사의 주식을 전체적으로 얼마나 보유하고 있는가?” 를 함께 봐야 합니다.

(3) 한도를 초과한 경우

한도를 초과한 부분에 대해서 무조건 과세를 하는 것은 아닙니다.

법에서는 공익사업의 원활한 수행을 위해 주식보유 한도를 초과할 필요가 있는

일정한 경우에 대해서는 예외를 인정하고 있습니다.

예를 들어 상호출자제한기업집단과 특수관계가 없는 공익법인등에 주식을 출연하는 경우로서,

출연자와 특수관계가 없는 내국법인의 주식이고 주무관청이 공익법인의 목적사업을 효율적으로

수행하기 위해 필요하다고 인정하는 경우 등이 그 예입니다.

또한 공익법인의 설립·운영에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 주식을 출연하거나 취득하는 경우 등

에도 일정한 예외가 인정됩니다.

즉, 주식보유 한도 규정은 모든 주식 출연을 일률적으로 막기 위한 규정이라기보다는

공익사업을 위한 정상적인 주식 출연과 기업 지배권 승계를 위한 편법적인 주식 출연을

구분하기 위한 장치라고 이해하는 것이 좋습니다.

(3) 사후관리

특정한 예외에 해당하여 주식보유 한도를 초과한 출연이 허용되는 경우에도 끝나는 것이 아닙니다.

대표적으로 상호출자제한기업집단과 특수관계가 없는 공익법인이 일정한 요건에 따라

한도를 초과하여 주식을 출연받은 경우에는,

초과보유일부터 3년 이내에 그 초과분을 주식 출연자 및 그의 특수관계인 외의 자에게 매각해야 하며

이를 이행하지 않으면 초과하여 출연받은 주식의 가액이 상속세 과세가액에 산입되는 문제가

발생할 수 있습니다. 현행법은 이와 같은 사후관리 규정을 명시하고 있습니다.

따라서 주식 출연은 출연 → 한도 판단 → 예외 해당 여부 확인 → 사후관리 라는 순서로

살펴보는 것이 중요합니다.

5. 출연받은 재산의 활용

공익법인에 대한 세제 혜택은 재산을 출연받는 순간에만 끝나는 것이 아닙니다.

출연받은 재산을 실제 공익목적사업에 사용해야 합니다.

특히 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 소득이 발생하는 경우에는

그 운용소득을 공익목적사업에 일정 수준 이상 사용해야 합니다.

현행 시행령에서는 운용소득에 대해 80%에 상당하는 금액을 사용기준금액으로 정하고 있습니다.

따라서 공익법인이 출연받은 재산을 계속 보유하면서 아무런 공익사업도 하지 않는다면

과세가액 불산입의 취지에 맞지 않아 세법은 이러한 경우를 사후관리 대상으로 보고 있습니다.

6. 출연자와 특수관계인에게 이익의 분여

공익법인의 재산이 사실상 출연자 가족의 재산처럼 사용되는 것도 허용되지 않습니다.

예를 들어 출연자가 공익법인에 부동산을 출연한 뒤 그 부동산을 자신이나 친족이

무상 또는 저가로 사용한다면, 공익법인에 출연했다는 형식만으로 세제 혜택을 인정하기 어렵습니다.

상속세 및 증여세법은 출연받은 재산이나 그 운용소득 또는 매각대금을

출연자나 그 친족 등에게 사용·수익하게 하는 경우 일정한 가액을 공익법인이 증여받은 것으로 보아

즉시 증여세를 부과하도록 규정하고 있습니다.

이처럼 공익법인에 대한 과세가액 불산입은

“출연하면 끝”인 제도가 아니라 “출연 후 어떻게 사용했는지”까지 확인하는 제도입니다.

7. 공익법인의 이사회

공익법인이 출연자의 가족이나 특수관계인에 의해

사실상 지배되는 것을 방지하기 위한 규정도 있습니다.

대표적으로 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인의 이사 구성에 지나치게 영향력을 행사하는 경우 사후관리 규정에 따라 문제가 발생할 수 있습니다.

또한 공익법인이 특수관계에 있는 내국법인의 이익을 증가시키기 위해 정당한 대가 없이 광고·홍보를

하는 등의 행위도 제한됩니다.

8. 상속재산의 출연에 대한 사후관리

상속재산을 공익법인에 출연하여 상속세 과세가액에 산입하지 않은 경우에도 특별히 주의해야 합니다.

만약 과세가액에 산입하지 않은 재산이나 그 재산에서 발생한 이익의 전부 또는 일부가

상속인 또는 그 특수관계인에게 귀속된다면,

해당 재산가액 또는 이익 상당액이 다시 상속세 과세가액에 산입될 수 있습니다.

즉, 상속인이 공익법인을 이용하여 상속받은 재산을 사실상 계속 지배·향유한다면

과세가액 불산입을 인정하지 않겠다는 취지입니다.

또한 앞서 살펴본 것처럼 일정한 경우 주식보유 한도를 초과하여 출연받은 주식을 3년 이내에

매각하지 않는 경우에도 사후적으로 과세가액에 산입될 수 있습니다.

9. 마무리

공익법인에 대한 출연재산의 과세가액 불산입은 단순한 세금 감면제도가 아닙니다.

공익사업을 지원하기 위한 세제상 특례인 동시에, 공익법인을 이용한 재산의 변칙적인 이전을

막기 위한 사후관리 제도라고 보는 것이 정확합니다.

특히 주식 출연의 경우에는 단순히 “공익법인에 기부했으니 세금이 없다”고 생각해서는 안 됩니다.

결국 공익법인 과세가액 불산입의 핵심은

“공익을 위한 재산 출연인가, 아니면 공익법인을 이용한 사적 재산 이전인가”에 있다고 볼 수 있습니다.

따라서 공익법인에 재산, 특히 기업의 주식을 출연할 때에는 출연 당시의 세금 문제뿐만 아니라

출연 이후의 운용과 사후관리까지 함께 검토하는 것이 중요합니다.

※ 공익법인이 기부금을 특수관계법인에 대여했다면?

( 대법원-2026-두-31094 )

1. 사건의 발단

(1) 공익법인 설립과 기부

A는 공익법인인 원고(장학·연구·교육사업 목적)를 설립하였고,

이후 자녀 및 그 배우자가 운영하는 회사(B사)가 대학 인수를 위해 공매 절차를 통해

취득한 부동산과 현금을 원고에게 기부하기로 약정(이 사건 합의)하였습니다.

(2) 기부금의 유용 및 대여

원고는 합의에 따라 기부금을 교부받았으나,

대학 인수가 성사될 때까지 이를 공익목적사업에 바로 사용하지 않고,

A 측이 지정한 특수관계법인인 B사에 대여하여 운용하였습니다.

(3) 과세관청의 처분

이후 원고의 대학 인수가 무상으로 최종 무산되자

원고는 기부받은 부동산과 금전을 기부자 측에 반환했습니다.

그러나 과세관청(피고)은 원고가 출연받은 기부금 중 일부를 특수관계법인에 대여함으로써

‘출연재산을 공익목적사업 외의 용도에 사용했다’고 보고 원고에게 증여세를 부과했습니다.

(4) 소송 제기

원고는 "대학 인수 조건부 기부였고 나중에 기부금을 모두 반환했으므로 증여세 부과는 부당하다"며

과세처분 취소 소송을 제기했습니다.

2. 쟁점

(1) 출연재산성 여부

기부자의 의사가 순수한 공익 목적이 아니었고, 대학 인수 조건부로 일시적으로 제공된 것이므로

상증세법상 '공익법인이 출연받은 재산'으로 볼 수 없는지 여부

(2) 공익목적 외 사용 여부

정관상 수익사업에 포함되지 않고 주무관청의 승인도 받지 않은 채

특수관계법인에 기부금을 대여한 행위가 용도 외 사용에 해당하는지 여부

(3) 해제조건 성취 및 반환의 효력

대학 인수 무산으로 합의가 소급하여 효력을 잃었고 기부금을 반환했으므로

이미 성립한 증여세 납세의무가 소멸하는지 여부

3. 법원의 판단

제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각(과세처분 정당함)한 원심 및 대법원의 판단은

다음과 같습니다.

(1) 기부금은 확정적인 출연재산임

설령 대학 인수를 위한 조건부 약정이었다 하더라도 원고가 기부금을 교부받음으로써

소유권이 확정적으로 귀속되었으므로 이는 상증세법상 '출연재산'에 해당합니다.

또한 출연자의 의사나 목적에 따라 과세가액 불산입 여부가 달라지지 않습니다.

(2) 공익목적 외 사용(용도 외 사용) 인정

공익법인이 주무관청의 승인 없이 특수관계법인에 자금을 대여한 것은

출연재산을 본래의 공익목적사업 외의 용도로 사용한 것이 맞습니다.

이는 상증세법 제48조 제2항에 따른 증여세 부과 사유가 됩니다.

(3) 반환하더라도 증여세 납세의무 소멸 안 함

금전은 부동산과 달리 수증자의 현금자산과 혼입되어 동일성을 특정할 수 없습니다.

합의가 해제되어 나중에 돈을 돌려주었더라도,

이미 확정적으로 성립한 증여세 납세의무에는 영향을 미치지 않으며

이를 출연재산 자체의 반환으로 볼 수 없습니다.

4. 시사점

(1) 공익법인 출연재산의 엄격한 사후관리

상증세법상 공익법인이 출연받은 재산은 처음부터 끝까지 공익목적사업에만 사용되어야 합니다.

일시적인 차용이나 특수관계인에 대한 대여 등은 엄격한 제재 대상이 됩니다.

(2) 금전 출연재산 반환의 한계

조건 성취나 계약 해제를 이유로 금전을 돌려주더라도,

이미 발생한 과세 사유나 증여세 납세의무가 소급하여 사라지지 않으므로

재산 운용 시 각별한 주의가 필요합니다.

(3) 정관 및 주무관청 승인의 중요성

공익법인이 자금을 운용하거나 수익사업을 진행할 때는 반드시 관련 법령과 정관을 준수하고

주무관청의 승인 절차를 거쳐야 세무 리스크를 예방할 수 있습니다.

이상으로 공익법인 출연재산의 과세가액불산입과 이와 관련된 판례에 대해서 간단하게 알아 보았습니다.

이 글이 공익법인에 상속이나 증여를 고민하시는 분들에게 도움이 되었으면 합니다.

위 내용에 더 궁금한 점이 있으시다면

하단의 안양(평촌) 세무사 태성세무회계나 찾아줘 세무사로 문의 주시길 바랍니다. 감사합니다.