약국을 새로 여셨거나 기존 약국 인수를 앞둔 약사님을 위한 글입니다. 약국은 한 공간에서 면세인 조제와 과세인 판매가 함께 이뤄져 다른 소매점과 신고 방식이 꽤 다릅니다. 개국 상담에서 자주 받는 질문 열 개를 골라 답했고, 기준일은 2026년 10월입니다.
📌 이 글의 핵심 3가지
1. 면세는 약이라는 물건이 아니라 약사의 조제용역이라, 처방전 없이 파는 일반약·의약외품·건강기능식품은 과세입니다.
2. 공단이 보내는 요양급여비용은 약값 부분을 뺀 조제료 부분에서 3%가 원천징수되어 들어옵니다.
3. 약국은 개업 첫해부터 매출과 상관없이 복식부기의무자이고, 면세 수입금액을 적게 신고하면 0.5% 가산세가 붙습니다.
① 과세와 면세를 가르는 기준
Q1. 같은 감기약인데 왜 어떤 때는 면세이고 어떤 때는 과세인가요?
A. 처방전이 있느냐에 따라 갈립니다. 부가세 면세 목록에 들어 있는 것은 의약품이라는 재화가 아니라 약사가 제공하는 의약품의 조제용역입니다. 약사는 처방전에 따라 일반의약품도 조제하므로, 처방전에 들어간 일반약은 조제 매출로 면세가 됩니다. 부가령 35조 4호에 따라 처방전 조제는 면세이고, 같은 약을 처방전 없이 팔면 과세됩니다.
Q2. 비급여 조제나 생리대 판매는 어떻게 구분하나요?
A. 둘 다 면세 매출입니다. 비급여·비보험 조제도 조제용역이라 면세이고, 생리대는 어디서 팔든 면세 재화로 따로 정해져 있습니다. 반대로 의약외품·건강기능식품·화장품·동물용 의약품 판매는 과세입니다. 부가법 26조 1항 4호에 따라 생리대는 약국에서 팔아도 면세 매출로 신고합니다.
매출
부가세 과세
카드 발행세액공제
처방전 조제(보험·비보험)
X
X
처방전에 들어간 일반의약품
X
X
처방전 없이 파는 일반의약품
O
O
의약외품·건강기능식품·화장품
O
O
생리대
X
X
② 매입세액과 카드 매출
Q3. 임차료와 전기료에 붙은 부가세는 전부 돌려받을 수 있나요?
A. 전부는 아닙니다. 조제와 판매에 함께 쓰는 비용의 매입세액은 면세 매출 비율만큼 공제에서 빠집니다. 예를 들어 한 기간의 공통매입세액이 200만원이고 총공급가액 5억원 중 면세가 4억원이면 160만원은 불공제, 40만원만 공제됩니다. 도매상에서 사 온 의약품도 조제에 쓴 부분의 매입세액은 공제되지 않습니다. 부가령 81조에 따라 면세 매출을 정확히 잡아야 공제받을 매입세액도 정확해집니다.
Q4. 카드 매출을 면세로 넉넉히 잡아 두면 안 되나요?
A. 권하지 않습니다. 국세청이 카드 매출 중 면세분을 확정한 뒤, 면세 수입금액을 넘어 면세로 신고한 카드 매출을 과세 매출 누락으로 보고 약국에 부가세 수억원을 추징한 사례가 보도됐습니다. 본인부담금도 카드로 결제되므로, 카드·현금영수증 결제액에서 조제 본인부담금을 뺀 금액이 과세 매출의 최소치입니다. 결제액이 3,000만원이고 본인부담금이 1,800만원이면 과세 매출은 적어도 1,200만원이어야 합니다. 카드 단말기와 POS의 과세·면세 코드를 맞춰 두는 것이 가장 확실한 예방입니다.
Q5. 현금영수증과 카드 발행세액공제는 약국에 어떻게 적용되나요?
A. 약국은 2020년 1월 1일부터 현금영수증 의무발행업종입니다. 건당 10만원 이상 현금 거래는 손님이 요청하지 않아도 발급해야 하고, 빠뜨리면 20% 가산세가 붙습니다. 카드 발행세액공제는 과세 매출에만 적용되어 일반약 판매분 등만 1.3%, 연 1,000만원 한도(2026년까지)로 공제됩니다. 부가법 46조에 따라 면세인 조제 매출은 카드 발행세액공제 대상이 아닙니다.
③ 공단 입금과 장부
Q6. 공단에서 들어온 돈이 생각보다 적은 이유는 무엇인가요?
A. 조제료 부분에서 3%가 원천징수되기 때문입니다. 약값이 차지하는 비율만큼은 원천징수에서 빠지고, 그 비율은 의약품 구입가격을 약제비 총액으로 나눠 계산합니다. 이번 달 조제료 부분이 200만원이면 6만원을 떼고 들어옵니다. 뗀 세금은 5월 종합소득세에서 미리 낸 세금으로 빠집니다. 소득령 184조에 따라 원천징수되므로 수입금액은 입금액이 아니라 떼기 전 금액으로 맞춰야 합니다.
Q7. 첫해 매출이 크지 않아도 복식부기로 장부를 써야 하나요?
A. 그렇습니다. 다른 업종은 신규 개업자나 매출이 기준 미만이면 간편장부를 쓸 수 있지만, 약국은 의료업·수의업과 함께 이 대상에서 빠집니다. 재무상태표와 손익계산서 없이 종합소득세를 신고하면 신고하지 않은 것으로 봅니다. 사업용계좌는 개업과 동시에 복식부기의무자가 되면 다음 과세기간 개시일부터 6개월 안에 신고합니다. 소득령 208조 5항 단서에 따라 약국은 개업 첫해부터 복식부기의무자입니다.
Q8. 사업장현황신고는 따로 해야 하나요?
A. 부가세 신고 때 면세 수입금액을 신고했다면 따로 하지 않아도 됩니다. 다만 그 금액을 적게 적으면 종합소득산출세액이 없어도 미달 금액의 0.5%가 가산세로 붙어, 1억원을 적게 신고했다면 50만원입니다. 약국을 도매 및 소매업으로 보아 수입금액 15억원 이상이면 성실신고확인 대상입니다. 소득법 81조의3에 따라 조제 매출은 청구 프로그램 금액과 금연치료 약제비까지 빠짐없이 넣어야 합니다.
④ 인수와 근무약사
Q9. 약국을 인수하며 권리금 5,000만원을 주면 세금은 누가 처리하나요?
A. 주는 쪽인 양수인이 원천징수합니다. 점포와 별도로 받은 권리금은 받는 사람의 기타소득이고 필요경비 60%가 인정됩니다. 그래서 기타소득금액 2,000만원의 20%인 400만원과 지방소득세 40만원, 합계 440만원을 떼고 지급합니다. 사업장의 권리·의무를 모두 넘기는 포괄양수도라면 부가세는 없습니다. 소득법 21조와 129조에 따라 권리금의 8.8%를 원천징수하되, 사업용 건물과 함께 넘기면 양도소득이 됩니다.
Q10. 근무약사와 세후 500만원으로 계약해도 괜찮을까요?
A. 세전 금액으로 계약하시길 권합니다. 세후 계약 자체가 바로 위법은 아니지만, 퇴직금을 세후 금액으로 계산해 적게 주거나 공제 내역이 없는 임금명세서를 주는 문제가 자주 생깁니다. 세후 금액만 정해 두면 구성항목·계산방법·공제 내역을 적기 어렵습니다. 근로기준법 48조에 따라 공제 내역을 적은 임금명세서를 주려면 계약서부터 세전 금액으로 쓰는 편이 안전합니다.
