상장주식을 팔아도 세금이 없다고 알고 계신 분이 많지만, 대주주에 해당하는 해에 판 주식과 비상장주식은 다릅니다. 소득세법은 직전 연도 말 지분율이 코스피 1%·코스닥 2%·코넥스 4% 이상이거나 시가총액이 50억원 이상이면 대주주로 보아 20%(3억원 초과분 25%)로 과세합니다(제94조 제1항 제3호, 제104조 제1항 제11호, 시행령 제157조). 이 글에서는 주식 양도세가 붙는 범위, 대주주 판정 기준과 시점, 세율과 기본공제, 연말 매도 때 흔히 놓치는 결제일 문제, 신고기한까지 정리합니다.
핵심만 짚겠습니다. 주식을 팔아 번 돈은 소득세법 제94조 제1항 제3호가 정한 범위에서만 양도소득으로 과세합니다. 상장주식은 대주주가 양도하는 주식과 대주주가 아닌 사람이 증권시장 밖에서 양도하는 주식이 대상이고(가목), 비상장주식은 원칙적으로 모두 과세하되 대주주가 아닌 사람이 한국금융투자협회 장외시장(K-OTC)에서 파는 중소기업·중견기업 주식만 제외합니다(나목). 외국 주식은 다목이 따로 정하는데, 이는 해외주식 편에서 다룹니다.
그래서 코스피·코스닥 주식을 증권사 계좌로 사고파는 대부분의 개인은 과세 대상이 아니고, 대주주에 해당하는 해에 판 주식과 비상장주식이 과세 대상이 됩니다. 주식등에는 신주인수권과 증권예탁증권도 포함됩니다(제88조 제2호).
대주주는 시행령 제157조 제1항·제2항이 정합니다. 주식을 양도하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(보통 직전 연도 12월 31일) 현재 다음 어느 하나에 해당하면 그 해 전체가 대주주입니다.
세 가지를 함께 기억해 두면 좋습니다. 첫째, 가족 합산은 최대주주일 때만 합니다. 본인과 특수관계인의 지분 합계가 그 법인에서 가장 큰 경우에는 친족 등 기타주주의 지분·시가총액을 합쳐 판정하고, 최대주주가 아니면 본인 보유분만 봅니다(시행령 제157조 제1항 제1호 단서·제2호 단서). 둘째, 시가총액은 직전 사업연도 종료일의 최종시세가액으로 계산합니다(같은 조 제4항 제1호). 셋째, 직전 연도 말에는 지분율 기준에 미달했어도 그 뒤 주식을 사서 기준을 넘기면 그 취득일 이후부터 대주주로 봅니다(같은 조 제9항). 시가총액 기준에는 이런 연중 판정 조항이 없어 직전 연도 말 기준으로만 봅니다. 주식을 빌려준 기간에는 빌려준 사람의 주식으로 보고(제7항), 사모펀드를 통해 간접 보유한 주식도 본인 보유로 봅니다(제8항).
세율은 제104조 제1항 제11호에 있습니다. 대주주가 양도하는 주식은 과세표준 3억원 이하 20%, 3억원 초과분은 25%(6,000만원 + 초과액의 25%)이고, 중소기업이 아닌 법인의 주식을 1년 미만 보유하고 팔면 30%입니다. 대주주가 아닌 사람이 양도하는 비상장주식·장외양도 주식은 중소기업 주식 10%, 그 밖의 주식 20%입니다. 여기에 지방소득세가 소득세의 10분의 1 수준으로 따로 붙습니다(지방세법 제103조의3).
과세표준은 양도가액에서 취득가액과 증권거래세·수수료 같은 필요경비(시행령 제163조 제5항 제1호)를 뺀 양도차익에서, 연 250만원의 기본공제를 뺀 금액입니다(제103조 제1항 제2호). 기본공제는 국내 주식과 해외주식을 합쳐 한 해 한 번만 적용합니다. 주식의 양도차손은 같은 해 다른 주식의 양도소득에서 뺄 수 있고(제102조 제2항), 세율이 같은 자산의 소득에서 먼저, 그다음 다른 세율의 소득에서 안분해 공제합니다(시행령 제167조의2 제1항). 주식 양도차손을 부동산 양도소득에서 빼는 것은 안 됩니다(제102조 제1항).
양도시기는 대금을 청산한 날입니다(제98조). 12월 말에 매도 주문이 체결되어도 결제가 다음 해 1월에 이루어지면 다음 해 양도가 되고, 그러면 대주주 판정 기준일도 그 전해 12월 31일로 바뀝니다. 서울고등법원은 부부가 2014년 12월 29일과 30일에 상장주식을 매도했으나 대금 결제가 2015년 1월 2일과 5일에 이루어진 사안에서, 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이므로 대금을 수취한 날을 양도시기로 보아 2015년 대주주의 주식양도로 과세한 처분이 타당하다고 판단했습니다(서울고등법원 2020. 12. 11. 선고 2020누42653 판결, 대법원 2021. 4. 8. 선고 2020두58502 심리불속행 상고기각으로 확정, 구 소득세법 사건).
또 해외로 이주하는 대주주는 출국일에 보유 주식을 양도한 것으로 보아 과세하는 국외전출세가 있습니다(제118조의9). 출국 전 10년 중 5년 이상 국내 거주와 직전 연도 말 대주주 해당이 요건입니다. 조세특례제한법에는 창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례(제14조)처럼 특정 주식의 양도차익을 비과세하는 규정이 있으므로, 벤처기업 등에 직접 출자한 주식이라면 요건 해당 여부를 따로 확인해야 합니다.
판단이 필요합니다: 대주주 여부는 ‘누구와 합산하는가’, ‘직전 연도 말 시가총액이 얼마였는가’, ‘결제일이 어느 해인가’라는 세 가지 사실로 갈리고, 한 번 대주주가 되면 그 해 양도분 전체에 20~25% 세율이 붙습니다. 연말에 지분을 줄여 다음 해 대주주를 피하려면 12월 31일 기준 결제 완료 여부와 특수관계인 보유분까지 함께 보아야 합니다. 매도 시점과 수량은 거래 전에 검토받기를 권합니다.
직전 연도 말 코스피 상장 A사 주식을 60억원어치(지분율 0.5%) 보유해 시가총액 기준으로 대주주가 된 사람이, 그해 2년 이상 보유한 A사 주식을 팔아 양도차익 5억원(필요경비 차감 후)을 얻었다고 가정합니다. 같은 해 다른 주식 양도는 없습니다.
표. 대주주가 양도차익 5억원을 얻은 경우의 계산
위 계산은 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목 2)의 세율(3억원 이하 20%, 초과분 25%)과 제103조 제1항 제2호의 기본공제 250만원, 지방세법 제103조의3의 개인지방소득세를 적용했습니다. 주식은 장기보유특별공제 대상이 아닙니다(제95조 제2항은 토지·건물과 조합원입주권만 대상).
이는 이해를 돕기 위한 단순 예시입니다. 같은 해 다른 주식에서 양도차손이 있으면 통산되고, 1년 미만 보유한 대기업 주식은 30%, 대주주가 아닌 사람의 비상장주식은 10% 또는 20%가 적용됩니다. 취득가액은 매수 단가와 수수료 증빙으로 확인합니다.
주식을 양도하면 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월(상반기 양도분은 8월 31일, 하반기 양도분은 다음 해 2월 말일) 안에 예정신고와 납부를 마쳐야 합니다(소득세법 제105조 제1항, 제106조). 주식 양도분을 예정신고했으면 다음 해 5월 확정신고는 생략할 수 있지만, 같은 해에 누진세율이 적용되는 자산을 두 번 이상 양도해 합산하면 세액이 달라지는 경우 등에는 5월 1일부터 31일까지 확정신고를 해야 합니다(제110조 제4항 단서, 시행령 제173조 제5항).
주식 양도분의 신고 기한을 넘기면 무신고가산세 20%(부정행위 40%), 적게 신고하면 과소신고가산세 10%(부정행위 40%)가 붙고(국세기본법 제47조의2·제47조의3), 납부가 늦은 날수만큼 1일 10만분의 22의 납부지연가산세가 더해집니다(제47조의4, 같은 법 시행령 제27조의4 제1항). 주식 예정신고에는 증권사가 발급한 매매내역서, 양도비 명세서, 대주주 해당 시 주식거래내역서와 대주주신고서를 첨부합니다(시행령 제169조 제1항 제2호).
주식 양도분의 개인지방소득세는 양도소득세 신고기한에 2개월을 더한 날까지 주소지 지방자치단체에 따로 신고·납부합니다(지방세법 제103조의5 제1항, 제103조의7 제1항). 세율은 소득세율의 10분의 1 수준이어서(같은 법 제103조의3) 주식 양도소득세의 약 10%가 더 붙는 셈이고, 홈택스로 직접 전자신고하면 예정신고 1건당 2만원을 세액에서 뺍니다(조세특례제한법 제104조의8 제1항, 같은 법 시행령 제104조의5 제2항 제2호).
직전 연도 12월 31일 기준으로 종목별 지분율과 최종시세가액 기준 시가총액을 계산해 둔다. 최대주주라면 배우자·친족 등 특수관계인 보유분을 합산한다(시행령 제157조 제1항·제2항).
연말에 매도할 때는 체결일이 아니라 결제일이 어느 해인지 확인한다. 결제가 다음 해로 넘어가면 다음 해 양도가 된다(제98조).
연중에 주식을 추가로 사서 지분율 기준을 넘기면 그 취득일 이후 양도분부터 대주주 세율이 적용된다(시행령 제157조 제9항).
같은 해 손실이 난 주식이 있으면 양도차손 통산을 반영하고, 기본공제 250만원은 국내외 주식을 합쳐 한 번만 적용한다(제102조, 제103조).
반기 말일부터 2개월 안에 예정신고하고, 한 해 두 번 이상 예정신고했다면 5월 확정신고 대상인지 확인한다(제105조, 제110조 제4항).
Q1. 코스피 주식을 40억원어치 보유하고 있는데 주식 양도세를 내나요?
직전 연도 말 시가총액이 50억원 미만이고 지분율이 1% 미만이면 대주주가 아니므로 증권시장에서 파는 주식은 과세 대상이 아닙니다(제94조 제1항 제3호 가목, 시행령 제157조 제1항). 다만 장외에서 양도하면 소액주주라도 과세됩니다.
Q2. 배우자와 합쳐 50억원이 넘으면 대주주인가요?
본인과 특수관계인의 지분 합계가 그 법인에서 최대인 경우에만 합산합니다(시행령 제157조 제1항 제1호 단서·제2호 단서). 최대주주가 아니면 본인 보유분만으로 판정합니다.
Q3. 비상장 중소기업 주식을 소액주주가 팔면 세율이 얼마인가요?
대주주가 아닌 사람이 양도하는 중소기업 주식은 과세표준의 10%입니다(제104조 제1항 제11호 나목 1)). K-OTC에서 양도하는 중소·중견기업 주식은 아예 과세 대상에서 제외됩니다(제94조 제1항 제3호 나목 단서).
Q4. 주식 양도차손을 아파트 양도소득과 상계할 수 있나요?
안 됩니다. 양도소득금액은 부동산·주식·파생상품·신탁수익권별로 구분해 계산하고 결손금은 다른 구분의 소득과 합산하지 않습니다(제102조 제1항). 주식끼리는 같은 해 통산이 가능합니다.
✓ 오늘의 핵심 3줄
• 대주주는 직전 연도 말 지분율(1·2·4%)이나 시가총액(50억·비상장 10억)으로 정해지고, 최대주주면 가족 합산이다.
