오래 보유한 부동산을 팔 때 세금을 가장 크게 줄여 주는 것이 장기보유특별공제입니다. 소득세법 제95조 제2항은 3년 이상 보유한 토지·건물의 양도차익에서 연 2%(최대 30%)를 빼 주고, 2년 이상 거주한 1세대 1주택에는 보유·거주 각 연 4%, 최대 80%를 적용합니다. 이 글에서는 표1과 표2의 공제율, 공제가 없는 자산, 보유·거주기간을 세는 법, 고가주택 안분과 임대주택 특례, 거주기간별 세액 비교, 그리고 2026년 세제개편안의 공제 개편안을 정리합니다.
✓ 3줄 요약
• 표1: 3년 보유 6% → 15년 이상 30% (토지·건물·다주택) / 표2: 1세대 1주택 보유 연 4% + 거주 연 4% = 최대 80% (거주 2년 이상 필요)
“1주택이면 무조건 80%까지 받는다” — 표2는 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 1세대 1주택에만 적용됩니다(제95조 제2항 단서, 시행령 제159조의4). 거주 2년이 안 되면 표1(연 2%, 최대 30%)입니다.
“상속받은 집은 부모가 산 날부터 공제기간을 센다” — 장기보유특별공제의 보유기간은 상속개시일부터입니다(제95조 제4항). 피상속인 취득일부터 세는 것은 세율 적용 때의 보유기간(제104조 제2항 제1호)입니다.
“2009~2012년에 산 집은 중과돼도 공제를 받는다” — 그 기간 취득 자산의 세율 특례는 세율에만 미치고, 중과 대상 주택이면 공제는 배제된다고 본 판결이 있습니다(서울고등법원 2026. 1. 23. 선고 2025누8239 판결, 대법원 심리불속행 확정).
“임대주택 특례 두 가지를 겹쳐 받을 수 있다” — 조특법 제97조의3(70%)과 제97조의4(연 2% 추가)는 중복 적용되지 않습니다(제97조의3 제2항). 요건이 맞는 하나를 선택합니다.
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📌 목차
장기보유특별공제 — 두 개의 표
공제가 없는 경우
기간은 어떻게 세나
고가주택 안분과 임대주택 특례
양도소득세는 얼마나 나올까 — 사례로 계산
언제까지 신고하나 — 신고기한·납부·가산세
실무 체크포인트
자주 묻는 질문
핵심만 짚겠습니다. 장기보유특별공제는 토지·건물(제94조 제1항 제1호 자산)을 3년 이상 보유하고 양도할 때와 조합원입주권(조합원에게서 산 것은 제외, 관리처분계획인가 전 양도차익에 한정)을 양도할 때 양도차익의 일정 비율을 빼 주는 제도입니다(소득세법 제95조 제2항). 공제율은 표1이 보유 3년 6%에서 해마다 2%포인트씩 올라 15년 이상 30%이고, 거주기간 2년 이상인 1세대 1주택에 적용되는 표2는 보유기간 연 4%(10년 이상 40%)와 거주기간 연 4%(10년 이상 40%, 거주 2년은 보유 3년 이상일 때 8%)를 합쳐 최대 80%입니다. 표2의 ‘1세대 1주택’은 양도일 현재 국내 1주택(시행령 제155조 등에 따라 1주택으로 보는 주택 포함)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우이며, 공동상속주택은 거주기간이 가장 긴 상속인 기준으로 봅니다(시행령 제159조의4).
보유기간 3년 미만, 미등기양도자산, 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택(제104조 제7항)은 공제 대상이 아닙니다(제95조 제2항). 주식·파생상품·분양권처럼 토지·건물이 아닌 자산도 공제가 없고, 국외자산은 제118조의8 단서에 따라 공제하지 않습니다. 중과 대상 주택에 대해서는 2009~2012년 취득 자산의 세율 특례(법률 제9270호 부칙 제14조)가 적용되더라도 장기보유특별공제는 여전히 배제된다고 본 판결이 있습니다(서울고등법원 2026. 1. 23. 선고 2025누8239 판결, 대법원 2026. 6. 5. 선고 2026두30408 심리불속행 상고기각으로 확정). 1세대 1주택이라도 거주기간이 2년 미만이면 표2가 아니라 표1(연 2%)로 떨어지므로, 같은 10년 보유라도 공제율이 80%와 20%로 갈립니다.
보유기간은 취득일부터 양도일까지입니다(제95조 제4항). 상속받은 자산은 상속개시일부터 세고, 세율 적용 때의 보유기간(피상속인 취득일부터, 제104조 제2항 제1호)과 다르다는 점에 주의해야 합니다. 배우자·직계존비속에게 증여받아 이월과세(제97조의2 제1항)가 적용되는 자산은 증여자가 취득한 날부터, 가업상속공제가 적용된 자산은 피상속인이 취득한 날부터 기산합니다(제95조 제4항 단서). 거주기간은 주민등록표상 전입일부터 전출일까지이고(시행령 제154조 제6항), 주택이 아닌 건물을 주거용으로 바꾼 경우에는 주택으로 쓴 기간과 그 전 기간의 공제율을 각각 계산해 합산하되 보유기간 공제율은 40%를 넘지 못합니다(제95조 제5항·제6항).
12억원을 넘는 1세대 1주택은 양도차익과 장기보유특별공제액 모두에 (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액을 곱해 과세분만 계산합니다(제95조 제3항, 시행령 제160조 제1항). 조세특례제한법에는 임대주택에 대한 공제율 특례가 있습니다. 장기일반민간임대주택·공공지원민간임대주택으로 등록해 10년 이상 임대한 뒤 양도하면 임대기간 중 발생한 양도소득에 70%의 공제율을 적용하고(제97조의3 제1항), 요건을 갖춘 임대주택을 6년 이상 임대하면 임대기간에 따라 연 2%의 추가 공제율을 더합니다(제97조의4 제1항). 두 특례는 중복 적용되지 않고(제97조의3 제2항), 등록 기한·임대료 증액 제한 등 요건은 각 조문과 시행령으로 확인해야 합니다.
판단이 필요합니다: 공제율 한 단계 차이가 세액을 수천만원 바꿉니다. 거주 2년을 채우고 파는 것, 전입 기록이 끊긴 기간을 확인하는 것, 상속·증여 자산의 기산일을 바로 잡는 것이 핵심이고, 2028년 이후 양도를 계획한다면 정부안처럼 거주 중심으로 바뀔 가능성까지 고려해야 합니다. 매도 시점을 정하기 전에 보유·거주기간표를 만들어 검토받기를 권합니다.
1세대 1주택자가 고가주택을 10년 보유한 뒤 팔아, 12억원 초과분으로 안분한 과세 양도차익이 5억원이라고 가정합니다. 거주기간이 없을 때(표1 20%), 2년(48%), 5년(60%), 10년(80%)일 때 세액을 비교합니다.
표. 과세 양도차익 5억원·보유 10년 주택의 거주기간별 세액 (지방소득세 10% 별도)
위 계산은 소득세법 제95조 제2항 표1(10년 20%)과 표2(보유 10년 40% + 거주 2년 8%·5년 20%·10년 40%), 제103조의 기본공제 250만원, 제55조 제1항의 기본세율을 적용했습니다. 표2는 거주기간 2년 이상인 1세대 1주택에만 적용됩니다(시행령 제159조의4).
이는 이해를 돕기 위한 단순 예시입니다. 실제로는 양도가액 전체에서 12억원 초과 비율을 곱해 과세 양도차익을 먼저 구하고, 필요경비와 지방소득세를 반영해야 합니다. 조정대상지역 다주택 중과 주택은 공제 자체가 없습니다.
주택·토지을 양도하면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고와 납부를 마쳐야 합니다(소득세법 제105조 제1항, 제106조). 주택·토지 양도분을 예정신고했으면 다음 해 5월 확정신고는 생략할 수 있지만, 같은 해에 누진세율이 적용되는 자산을 두 번 이상 양도해 합산하면 세액이 달라지는 경우 등에는 5월 1일부터 31일까지 확정신고를 해야 합니다(제110조 제4항 단서, 시행령 제173조 제5항).
주택·토지 양도분의 신고 기한을 넘기면 무신고가산세 20%(부정행위 40%), 적게 신고하면 과소신고가산세 10%(부정행위 40%)가 붙고(국세기본법 제47조의2·제47조의3), 납부가 늦은 날수만큼 1일 10만분의 22의 납부지연가산세가 더해집니다(제47조의4, 같은 법 시행령 제27조의4 제1항). 공제율을 뒷받침하는 등기부(취득일), 주민등록 초본(전입·전출일), 상속·증여 자산의 기산일 자료를 신고서와 함께 보관합니다.
주택·토지 양도분의 개인지방소득세는 양도소득세 신고기한에 2개월을 더한 날까지 주소지 지방자치단체에 따로 신고·납부합니다(지방세법 제103조의5 제1항, 제103조의7 제1항). 세율은 소득세율의 10분의 1 수준이어서(같은 법 제103조의3) 주택·토지 양도소득세의 약 10%가 더 붙는 셈이고, 홈택스로 직접 전자신고하면 예정신고 1건당 2만원을 세액에서 뺍니다(조세특례제한법 제104조의8 제1항, 같은 법 시행령 제104조의5 제2항 제2호).
📌 2026 세제개편안 안내
정부안 · 국회 통과 전 · 현행 법령이 아닙니다
정부안은 보유 중심 공제를 거주 중심으로 바꾸는 내용입니다. 등록임대주택 임대기간과 재개발·재건축 공사기간의 50%를 거주기간으로 인정하는 보완안도 함께 있습니다. 통과 전까지는 본문의 현행 표1·표2로 계산합니다.
재정경제부 2026년 세제개편안(2026.8.3. 발표) 요약 기준이며, 국회 심의 과정에서 달라질 수 있고 통과되기 전까지 효력이 없습니다. 이 글의 본문과 계산은 모두 현행 법령 기준입니다. 시점 판단은 개별 사실관계에 따라 달라지므로 지수회계법인과 상담을 권합니다.
Q1. 장기보유특별공제는 몇 년부터 받나요?
보유기간 3년 이상부터입니다(제95조 제2항). 표1은 3년 6%, 표2는 3년 12%(거주 2년이면 8% 추가)에서 시작합니다.
Q2. 10년 보유했지만 거주한 적이 없는 1주택은 공제율이 얼마인가요?
거주기간 2년 미만이면 표2가 아니라 표1이 적용되어 10년 20%입니다. 10년 보유·10년 거주면 80%입니다(제95조 제2항).
Q3. 오피스텔을 사무실로 쓰다가 주거용으로 바꿔 1주택으로 팔면요?
주택으로 쓴 기간은 표2, 그 전 기간은 표1의 보유기간별 공제율을 합산하되 보유기간 공제율은 40%를 넘지 못하고, 거주기간 공제율은 주택으로 쓴 기간 중 거주한 기간으로 계산합니다(제95조 제5항·제6항).
Q4. 15억원에 판 1주택의 공제는 전체 차익에 적용되나요?
12억원 초과 비율만큼 안분한 과세 양도차익에 공제율을 곱합니다(제95조 제3항, 시행령 제160조 제1항). 15억원이면 양도차익의 5분의 1이 과세분이고, 그 과세분에 최대 80%를 적용합니다.
본 글은 현행 「소득세법」·시행령·시행규칙, 「조세특례제한법」, 「지방세법」 및 「국세기본법」을 토대로 작성되었으며, 세법은 개정될 수 있고 구체적 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 적용은 지수회계법인과 상담을 권합니다.
