오늘은 목동·여의도·잠실 등 대규모 재건축 단지에서 실제 상담이 쏟아지는 주제, 재건축 청산금(환급금)에 대한 양도소득세 과세 문제를 수령하는 경우와 납부하는 경우로 나눠서 상세하게 정리해 드리겠습니다.
종전부동산의 권리가액이 신축주택의 분양가액보다 커서 지급받는 청산금은 종전부동산 일부를 양도한 대가로 보아 양도소득세 과세대상이 됩니다. 다만 비과세·감면 요건을 충족하면 실제 납부세액이 없거나 줄어들 수 있습니다.
반면, 추가분담금을 납부한 뒤 사업비 감소나 권리가액 변동 등으로 초과납부한 분담금을 돌려받는 경우에는, 그 반환액 자체를 위와 같은 과세대상 청산금으로 보지 않습니다.
또한 새 아파트를 분양받지 않고 현금으로 정리하는 '현금청산'은 별도 유형이므로, 이 글에서 설명하는 조합원 차액청산금과 구별해야 합니다.
도시 및 주거환경정비법 제89조에 따라 대지 또는 건축물의 가격과 분양 대상 부동산의 가격 사이에 차이가 있는 때에는 사업시행자가 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액을 청산해야 합니다.
세법은 청산금을 수령하면 기존 부동산 일부를 양도한 것으로, 청산금을 납부하면 신축 아파트의 취득원가에 가산하는 것으로 각각 취급합니다. 그래서 수령 시에는 양도세를 내야 하고, 납부 시에는 나중에 그 아파트를 팔 때 취득가액에 반영됩니다.
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권리가액이 분양가액보다 큰 조합원은 정비사업 완료 후 차액을 돌려받게 됩니다. 이때 세법은 기존 부동산 중 청산금에 대응하는 부분만큼을 양도한 것으로 봅니다.
■ ① 양도시기 – 소유권이전고시일 다음날(분양을 받으면서 잔여분을 청산금으로 받는 경우, 즉 권리가액이 분양가액보다 더 커서 받는경우 한정)
재건축 청산금의 양도시기는 과거에는 실제 청산금 대금을 받은 날(대금청산일)로 보았습니다. 그런데 기획재정부가 2020년에 유권해석을 변경했습니다.
기획재정부 재산세제과-35 (2020.01.14.)에 따르면, 재건축·재개발 사업에서 청산금을 수령하는 경우의 양도시기는 소유권이전고시일의 다음날로 봅니다.
이 해석은 사전-2021-법령해석재산-0280 [법령해석과-1431] (2021.04.21.)에서도 재확인되었습니다. 청산금을 실제로 받은 날이 아니라 이전고시일 다음날이 양도시기이므로, 예정신고·납부기한은 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내입니다.
실무에서 주의할 점은, 실제 청산금을 수령하기도 전에 양도세 신고기한이 도래할 수 있다는 것입니다.
예를 들어 이전고시일이 2026년 6월 15일이면 양도일은 6월 16일이고, 신고기한은 8월 31일입니다. 반면 이전고시일이 6월 30일이면 양도일은 7월 1일이므로 신고기한은 9월 30일입니다. 이전고시일이 월말인지 여부에 따라 신고기한이 한 달 차이 나는 점을 주의해야 합니다.
-만약,분양을 받지 못하고 전액 현금청산하는 매도청구 행사에 의해서 청산금을 수령했다면 , 청산금 잔금을 모두 수령한날과 소유권이전등기일중 빠른날이 양도시기가 됩니다.
■ ② 취득시기 – 종전 부동산의 취득일
청산금 수령 시 양도차익을 계산하기 위한 취득시기는 종전 부동산(기존 아파트)을 취득한 날입니다.
소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호에 따라 환지처분으로 취득한 토지의 취득시기는 환지 전 토지의 취득일로 보는데, 재건축·재개발도 이와 동일한 법리가 적용됩니다.
만약 종전 아파트를 2005년 3월에 매수하고, 재건축 완료 후 이전고시일이 2026년 6월이라면, 보유기간은 2005년 3월부터 2026년 6월(이전고시일 다음날)까지 약 21년이 됩니다.
■ ③ 양도차익 계산 – 청산금에 대응하는 양도차익 산정
청산금에 대한 양도차익은 지급받는 청산금에서, 이에 대응하는 종전부동산의 취득가액과 필요경비를 차감하여 계산합니다.
여기서 종전부동산 평가액은 관리처분계획 등에 따라 정해진 가격을 의미합니다. 소득세법 시행령 제166조 제4항은 기존건물·부수토지의 평가액을 '관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격'으로 규정하며, 변경된 경우 변경된 가격을 적용합니다. 따라서 최초 감정평가액과 항상 같다고 볼 수 없고, 권리가액 산정내역과 관리처분계획 변경 여부를 확인해야 합니다.
서면-2016-부동산-4814에서도 재건축조합원이 청산금(환급금)을 수령하는 경우, 관리처분계획인가 전 양도차익을 기존건물 및 부수토지 평가액에 대한 청산금 비율로 안분하여 양도차익을 산정하는 것으로 확인한 바 있습니다.
1세대1주택 장기보유특별공제(보유·거주 각 연 4%, 최대 80%)를 적용할 때도 각 구간의 거주기간은 해당 보유기간 안에서의 실거주 기간만 인정됩니다.
따라서 재건축 후 바로 매도하면 청산금납부분과 증가 토지 부분은 장기보유특별공제를 거의 받을 수 없게 되므로, 절세를 위해서는 사용승인 후 충분한 기간 동안 거주한 뒤 양도하는 것이 유리합니다.
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■ 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면도 확인하세요
정비기반시설을 수반하는 정비구역의 토지 등을 사업시행자에게 양도하는 경우에는 조세특례제한법 제77조에 따른 감면 적용 여부를 검토할 수 있습니다.
2026년 11월 현재 일반 감면율은 15%이며, 법정 채권으로 받는 경우 등에는 별도의 감면율이 적용될 수 있습니다.
다만 모든 재건축 청산금에 자동 적용되는 것은 아닙니다. 정비구역과 사업시행자 요건, 사업인정고시일 등으로부터 소급한 취득시기 요건, 감면한도 및 적용기한을 확인해야 합니다. 현행 조문상 양도기한은 2026년 12월 31일까지이므로 이후 양도분은 개정 여부를 다시 확인해야 합니다.
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1. 청산금의 종류를 먼저 구분하세요. 권리가액 초과분인 차액청산금만 양도세 과세대상이고, 추가분담금 초과납부 반환은 과세대상이 아닙니다.
2. 양도시기를 혼동하지 마세요. 청산금 수령의 양도시기는 돈을 받은 날이 아니라 소유권이전고시일의 다음날입니다. 이전고시일이 월말이면 양도일이 다음 달이 되어 신고기한이 한 달 뒤로 밀립니다 (기획재정부 재산세제과-35, 2020.01.14.).
3. 종전부동산 평가액을 정확히 확인하세요. 관리처분계획 등에 따라 정해진 가격이며 최초 감정평가액과 다를 수 있습니다. 변경된 경우 변경된 가격을 적용합니다 (소득세법 시행령 제166조 제4항).
4. 비과세 보유·거주요건의 판단 시점에 주의하세요. 보유주택 수는 이전고시일 다음날 기준이지만, 종전주택의 보유·거주기간은 원칙적으로 관리처분계획인가일을 기준으로 판단합니다.
5. 청산금 납부 후 양도차익은 4단계로 구분하세요. 인가 전·후 양도차익 → 청산금납부분·기존건물분으로 재구분 → 각각의 보유기간에 따라 장특공제율 적용 (소득세법 시행령 제166조).
6. 신고기한을 꼭 지키세요. 양도일(이전고시일 다음날)이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고를 해야 합니다. 놓치면 무신고가산세(20%)와 납부지연가산세가 추가됩니다.
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소득세법 제89조 (비과세 양도소득)
소득세법 제95조 (양도소득금액)
소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기)
소득세법 시행령 제154조 (1세대1주택의 범위)
소득세법 시행령 제160조 (고가주택에 대한 양도차익 등의 계산)
소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기)
소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정)
도시 및 주거환경정비법 제89조 (청산금)
기획재정부 재산세제과-35 (2020.01.14.) — 청산금 수령 시 양도시기: 소유권이전고시일 다음날
