법인합병 이후의 세무실무(신고 스케줄)

안녕하세요, 청온세무회계 이승우 세무사입니다.

내가 다니는 회사가 다른 회사를 합병하는 경우, 혹은 내가 다니는 회사가 다른 회사에 합병되는 경우(피합병) 두가지 모두 회사 실무자 입장에서 자주 겪지는 않는 일이기 때문에 언제까지 무엇을 신고해야 할 지 막막하게 느껴지는 경우가 많습니다.

그래서 오늘은 법인 합병 이후 챙겨야 할 각종 세무신고사항들을 각 당사자 별로 요약해 보았습니다.

합병도 여러 구조가 있으나, 오늘 정리한 글은 가장 단순한 구조인 합병법인(존속법인/B법인)이 피합병법이(소멸법인/A법인)을 흡수합병하는 경우입니다.

*법인세법상 적격합병 가정

(1) A법인(피합병법인, 사라지는 법인)

•  합병으로 사라지는 법인은 부가세법에 따라 사업자 폐업신고를 하여야 하고, 다음달 25일까지 폐업 사업장에 대한 부가세를 마지막으로 신고납부 하게 됩니다. (폐업신고는 피합병법인 혹은 합병법인 누구나 해도 됩니다.)

   

• 법인세는 사업연도 시작일(보통1월1일)부터 합병등기일까지의 기간을 “의제사업연도”로 하여 마지막 법인세 신고를 하여야 하며, 법인이 해산하는 경우 원래는 청산소득에 대한 법인세 신고를 별도로 하여야 하나 합병으로 인한 해산은 예외 사유이기 때문에 청산소득 법인세는 신고하지 않아도 됩니다.

   

(2) B법인(합병법인, 남아있는 법인)

• 합병과정에서 신주발행이 있었다면 자본금이 증가한 것에 대해 법인등기를 하게 되고, 이 과정에서 자본증가에 따른 등록면허세를 납부합니다.

   

• 또한 A법인에서 승계해온 자산 중 취득세 과세대상 자산이 있다면 취득세를 납부해야 하며, 법인세법에 따른 적격합병인 경우 취득세는 지방세특례제한법에 따른 50%~60% 감면이 가능합니다. 합병뿐만 아니라, 실무를 하다보면 국세보다는 지방세 감면에 대한 사항을 놓쳐서 과다납부하는 경우가 많으니 이 부분은 꼭 전문가에게 문의를 해보는 것이 좋겠습니다.

   

• 지급명세서는 A법인의 합병등기일 이전까지의 지급분은 A법인 명의로 제출되면 되겠으나, B법인에게 고용이 승계된 기존 A법인 소속 인원 근로소득의 경우 A법인 명의로 별도 제출할 필요는 없고 B법인이 한번에 제출하시면 되겠습니다. 물론, A법인에서 B법인으로 승계되지 않고 중도퇴사한 직원은 A법인 명의로 폐업일이 속한 달or반기의 다음 다음달 말까지 제출하여야 합니다.

• 피합병법인(A법인)이 가지고 있던 이월결손금, 이월세액공제, 이월기부금, 유보사항 등은 적격합병의 경우 합병법인(B법인)에게 승계가 됩니다. 또한 적격합병에서 합병법인은 피합병법인의 자산과 부채를 피합병법인의 장부가액으로 승계해오게 되므로 회계처리상 공정가치 등 다른금액으로 승계해온 자산/부채가 있는 경우 이를 세무조정을 통해 자산조정계정으로 계상, 합병에 따른 손익이 발생하지 않게 하는 것이 중요합니다.

합병은 기업실무자 입장에서 많이 다뤄보지 않은 영역이기도 하고, 세무뿐만 아니라 상법 및 회계 등 신경써야하는 부분이 많다보니 작은 실수에도 제법 큰 세액효과가 생길 수 있습니다. 

세무업무처리는 언제나 정확해야 하겠지만 이런 특이사항이 있는 연도에는 평소보다 조금 더 주의를 기울여주시고, 업무처리가 맞게 된건지 또는 진행과정상 더 신경 써야할 것이 없는지 전문가의 조력을 꼭 받아보시는 것이 좋겠습니다.