조합원입주권 비과세 특례 핵심정



안녕하세요, 오양욱 세무사입니다.

오늘은 재개발·재건축 사업과정에서 발생하는 '조합원입주권' 양도 시 비과세 특례에 대해 핵심 내용을 정리해 드리겠습니다. 주택이 권리로 변하는 복잡한 과정인 만큼, 비과세 요건을 꼼꼼히 확인하는 것이 중요합니다.





1. 조합원입주권 양도시 비과세 요건

조합원입주권을 양도할 때 비과세를 받기 위해서는 다음의 요건을 모두 충족해야 합니다.

• 기본 요건: 양도일 현재 1세대가 1조합원 입주권만을 보유하고 있어야 합니다.(양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 조합원 입주권을 양도하는 경우에도 비과세 적용이 가능)

• 원조합원 기준(핵심 요건): 관리처분계획인가일 현재 기존 주택이 1세대 1주택 비과세 요건(보유 및 거주기간)을 갖추어야 합니다.

→ 원조합원은 관리처분계획인가일 전부터 주택을 보유해 온 분들로, 기존의 '주택'이 '입주권'으로 성격이 변한 것으로 보아 비과세 혜택이 유지됩니다. 반면, 승계조합원은 인가일 이후에 취득하여 처음부터 주택이 아닌 '권리'를 매수한 것이기 때문에, 입주권 상태로 양도할 때는 비과세 적용을 받을 수 없습니다.

• 보유 및 거주기간 계산(입주권 비과세 판단)

- 원칙: 기존 주택의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간을 기준으로 합니다.

- 예외: 관리처분계획인가일 이후에도 기존 주택이 철거되지 않고 실제로 거주한 경우, 철거일까지의 기간을 포함하여 계산할 수 있습니다.

• 고가 입주권: 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억 원을 초과하는 경우에는 그 초과분에 대해 양도소득세가 과세됩니다.



2. 적용대상 조합원 입주권

「소득세법」 상 조합원 입주권이란 「도시 및 주거환경정비법」 에 따른 관리처분계획인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말합니다.

즉, 모든 정비사업의 입주권이 비과세 대상은 아니며 법령에서 정한 사업에 해당하는 입주권에 한정하여 비과세를 적용받을 수 있습니다.

• 도시 및 주거환경정비법(도정법): 재건축 사업 또는 재개발 사업
• 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법(빈집정비법)

- 소규모 재건축 사업 (2018. 2. 9. 이후 취득분)

- 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모 재개발 사업 (2022. 1. 1. 이후 취득분)



3. 조합원입주권 전환시기 연혁

종전 부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리인 조합원입주권으로 변환되는 시기는 법 개정에 따라 다음과 같이 변화해 왔습니다.

재건축 사업의 경우, 법 개정에 따라 입주권 전환 기준일이 세 차례에 걸쳐 변천해 왔습니다.

- 2003년 6월 29일 이전: 「주택건설촉진법」에 따른 사업계획승인일

- 2003년 6월 30일 ~ 2005년 5월 30일: 「도시 및 주거환경정비법」 시행 이후 사업시행인가일

- 2005년 5월 31일 이후: 현재와 같이 관리처분계획인가일

재개발 사업은 재건축과 달리 제도 도입 시점부터 현재까지 관리처분계획인가일을 기준으로 입주권 전환 시점을 판단해 왔으며, 이는 과거 「도시재개발법」 시절부터 일관되게 유지되고 있는 기준입니다.



4. 토지거래허가구역 내 입주권도 토허제 대상일까?

「부동산 거래신고 등에 관한 법률」에 따르면 토지에 관한 소유권·지상권을 취득할 목적으로 권리를 이전하는 계약은 토지거래허가 대상입니다.

재개발·재건축 사업에서 관리처분계획 인가로 아파트 분양이 예정된 입주권은 종전 부동산이 멸실되었는지 여부와 상관없이 신축되는 아파트의 소유권을 취득할 수 있는 권리가 포함되어 있기 때문에 토지거래허가를 받아야 합니다.

입주권을 매수하려는 경우, 허가 관청은 매수인의 토지이용계획을 확인하여 '자기 거주 목적'이 분명한 경우에만 허가를 내줍니다. 매수자는 신축 아파트가 준공된 후 실제 입주 가능 시점부터 2년간 실거주하겠다는 확약을 해야 허가를 받을 수 있습니다.

허가 관청은 공사 일정(착공·준공일 등)과 매수인의 입주 계획을 종합적으로 고려하여 실거주 목적이 아니라고 판단될 경우 허가를 거부할 수 있습니다.





5. 상생임대주택 요건을 충족한 조합원입주권도 비과세가 가능할까?

상생임대주택 요건을 갖춘 주택이 재개발·재건축 등으로 인해 조합원입주권으로 전환된 후 양도하는 경우에도 양도소득세 비과세 혜택을 적용받을 수 있습니다.

상생임대주택 특례란 1세대가 1주택을 보유한 상태에서 임대료 증액 제한 등 일정 요건을 충족할 경우, 1세대 1주택 비과세 판정 시 거주기간 2년의 제한을 받지 않는 제도입니다. 이와 관련하여 입주권 전환 시의 구체적인 적용 기준은 다음과 같습니다.

• 입주권 상태 양도 시 비과세: 상생임대주택에 대한 1세대 1주택 특례 요건을 모두 충족한 주택이 관리처분계획인가에 따라 조합원입주권으로 전환된 후 해당 입주권을 양도하는 경우, 소득세법 제89조 제1항 제4호에 따라 비과세가 가능합니다.

• 관리처분인가 후 요건 충족 시: 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가일 이후라도 기존 주택이 철거되지 않은 상태에서 상생임대주택 요건을 모두 충족하게 된 경우라면, 소득세법 시행령 제154조 제1항에 따른 거주기간의 제한을 받지 않습니다.





6. 상속주택을 보유하고 있는 경우 조합원입주권 비과세가 적용될까?

소득세법 시행령 제 155조에 열거된 비과세 특례규정(상속주택, 소수지분 공동상속주택, 장기임대주택 등)은 조합원입주권 양도시에는 준용되지 않으므로 양도일 현재 해당 특례주택을 보유한 상태에서 조합원입주권을 양도하는 경우 비과세 특례가 적용되지 않습니다.

많은 분들이 "상속받은 주택은 주택 수에서 제외해주는 특례가 있지 않느냐"고 생각하시지만, 세법상의 상속주택 특례는 '일반주택'을 양도할 때만 적용되는 규정입니다.

국세청과 기획재정부는 상속주택 특례가 상속주택 외의 '일반 주택'을 양도할 때 적용되는 규정일 뿐, 상속주택 외의 '조합원입주권'을 양도하는 경우에는 적용되지 않는다고 명확히 해석하고 있습니다.





7. 1+1입주권을 양도할 경우 비과세를 적용받을 수 있을까?

재개발 또는 재건축 과정에서 관리처분계획인가에 따라 취득한 1+1 조합원입주권을 같은 날 동시에 양도할 경우 2개의 입주권을 동시에 양도하더라도 1개는 비과세 혜택을 받을 수 있지만, 다른 1개는 양도소득세가 과세됩니다.

• 양도 순서의 선택: 2개 이상의 주택이나 입주권을 같은 날에 양도하는 경우, 거주자가 선택하는 순서에 따라 양도한 것으로 봅니다.

• 먼저 양도하는 입주권 (과세): 납세자가 선택하여 먼저 양도하는 것으로 처리되는 조합원입주권 1개는 양도소득세가 정상적으로 과세됩니다.

• 나중에 양도하는 입주권 (비과세): 나중에 양도하는 것으로 처리되는 나머지 입주권 1개에 대해서는 1세대 1주택 비과세 특례가 적용됩니다.

요약하자면, 1+1 입주권을 양도할 때는 입주권 전체가 비과세되는 것이 아니라, 납세자의 선택에 따라 1개는 과세되고 남은 1개에 대해서만 비과세가 적용된다는 점이 핵심입니다. 따라서 양도차익이 적은 입주권을 먼저 양도하는 것으로 선택하여 세 부담을 줄이는 것이 유리할 수 있습니다.



긴글 읽어주셔서 감사합니다. 추가적으로 궁금하신 내용이나 문의사항이 있으신 경우 편하게 연락부탁드립니다.