자동말소 임대주택, 거주주택 비과세 기한 5년 맞나요?

거주주택 비과세는 말소일부터 5년이 맞습니다. 다만 그 5년을 언제부터 세는지에서 자주 어긋납니다.

"임대등록이 자동말소됐는데, 5년 안에만 팔면 지금 사는 집은 비과세된다던데요."

틀린 말은 아닌데요. 여기서 5년을 어느 날부터 세는지, 그 사이에 어떤 집을 파는지에 따라 결과가 달라집니다.

등록한 장기임대주택을 주택 수에서 빼고, 내가 2년 이상 거주한 집 한 채를 1세대 1주택으로 봐주는 특례입니다. 임대주택이 여러 채여도 거주주택 한 채는 비과세 대상에 해당할 수 있습니다 (2026년 기준).

2025년 2월 28일 이후 양도분부터는 평생 1회였던 횟수 제한도 없어졌습니다. 다만 임대주택 쪽은 임대를 시작한 날 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하, 임대료 증액 5% 이하 같은 요건을 지켜 왔어야 합니다.

그런데 임대의무기간이 끝나 등록이 자동으로 말소되면 어떻게 될까요?

제155조(1세대1주택의 특례) ㉓ … 장기임대주택 … 이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다.

(소득령 §155㉓)

여기서 말소는 임대의무기간이 끝나 자동으로 말소된 경우와, 의무기간의 절반 이상을 채우고 스스로 말소를 신청한 경우를 말합니다.

말소된 임대주택을 5년 동안은 임대기간을 채운 것으로 봐주는 구조입니다. 그래서 5년을 넘겨 거주주택을 팔면 임대주택이 다시 주택 수에 들어갑니다. 거주주택 비과세는 사라지고, 다주택 상태의 양도로 과세됩니다.

괄호 안도 중요합니다. 임대주택이 여러 채라면 마지막 말소일이 아니라 가장 먼저 말소된 날부터 5년을 셉니다. 양도일도 계약일이 아니라 잔금청산일 기준입니다.

재등록을 해도 처음 말소일부터 흘러간 5년은 늘어나지 않는다는 것이 과세관청의 해석입니다. 말소된 뒤에 새로 산 거주주택도 이 특례를 받지 못합니다.

지금 사는 집을 팔 계획이시라면 세 가지만 먼저 맞춰 보세요. 임대주택 중 가장 먼저 말소된 날, 지금 집을 말소 전에 샀는지, 예상 잔금일이 그 말소일부터 5년 안인지입니다.

그럼 이 5년 안에 거주주택을 두 번 파는 경우는 어떨까요? 두 번째 집도 같은 5년 안에 팔아야 하고, 비과세 범위도 줄어듭니다.

두 번째 거주주택은 직전 거주주택을 판 날 이후 오른 부분만 1주택으로 봅니다. 그 구간은 실거래가가 아니라 기준시가(공시가격)의 비율로 나눕니다. 횟수 제한이 풀렸다고 갈아탈 때마다 전부 비과세되는 것은 아닙니다.

그럼 임대주택 쪽은 어떨까요? 거주주택을 판 뒤에는 결국 임대주택도 팔게 되는데, 조정대상지역 주택이면 다주택자에게 세율을 더 얹는 중과 대상이 될 수 있습니다.

자동말소된 임대주택은 지금까지 양도 기한 없이 이 중과에서 빠졌습니다(중과배제). 그런데 2026년 10월 1일부터 시행된 시행령 개정으로 이 중과배제에 기한이 생겼습니다. 대상은 조정대상지역(정부가 지정한 부동산 규제지역)의 매입임대 아파트, 즉 기존 아파트를 사서 임대등록했다가 자동말소된 경우입니다. 이 경우 2027년 12월 31일까지 팔아야 중과배제가 적용됩니다.

다만 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후에 끝나는 집은 등록이 말소된 날부터 1년, 재건축 조합설립인가나 재개발 관리처분인가를 받은 집은 이전고시일(공사가 끝나 새 집 소유권이 조합원에게 넘어가는 날)부터 1년까지로 기한이 늦춰집니다. 2027년 12월 31일과 견줘 더 늦은 날이 기한입니다.

그렇다고 거주주택 비과세의 5년까지 줄어드는 것은 아닙니다. 거주주택 특례를 판정할 때는 이 2027년 말 양도기한 요건을 적용하지 않는다고 시행령이 따로 정해 두었습니다. 그래서 거주주택은 지금도 말소일부터 5년입니다.

거주주택은 최초 말소일부터 5년, 조정대상지역 임대 아파트 중과배제는 원칙적으로 2027년 말까지입니다. 두 기한이 서로 다르니 어느 집부터 팔지 정하기 전에 채팅상담으로 두 기한을 함께 확인해 보시기 바랍니다.

자동말소는 끝이 아니라 5년짜리 시계가 켜지는 날입니다. 임대주택이 여러 채라면 그 시계는 가장 먼저 말소된 집이 켭니다.

확인이 필요하시면 렌트홈에서 뽑은 임대주택별 등록말소일(또는 구청의 말소 통지 공문)과 거주주택 등기부등본만 챙겨 주세요. 

5년이 언제 끝나는지는 그 두 가지로 바로 나옵니다.

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📎 참고 자료

⚠️ 본 글은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별 사안에 대한 구체적인 세무 판단은 반드시 전문가 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.