통합고용·통합투자세액공제 경정청구, 5년은 언제부터 세나요?

가령 이런 경우입니다. "재작년(2024년)에 직원을 두 명 늘리고 장비도 들였는데, 그해 신고서에 세액공제가 한 줄도 없대요. 이미 끝난 신고인데 지금이라도 바로잡을 수 있나요? 언제까지 되는 건가요?"

이런 궁금증이 생기는 경우가 있습니다. 법정신고기한이 지나고 5년 안이라면 세액공제 경정청구 대상에 해당합니다.

다만 이 5년은 연도마다 따로 흐릅니다. 여기서 「2021년분」은 2021년에 번 소득, 곧 2021년 사업연도를 말합니다. 2026년 10월 지금 열려 있는 가장 오래된 해는 2021년분입니다. 그 기간은 내년 3월~6월 사이에 끝납니다(법인은 3월, 개인은 5월 기한이고 성실신고확인 대상은 한 달씩 늦음).

덜 적은 세액공제도 경정청구 대상입니다

경정청구란 이미 낸 신고서가 틀려 세금을 더 냈을 때, 세무서에 바로잡아 달라고 청구하는 절차라고 생각하시면 됩니다. 흔히 매출이나 경비를 잘못 적은 경우에만 쓰는 제도로 아시는데요. 국세기본법은 세액공제를 덜 적은 경우도 조문에 직접 적어 두었습니다.

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. …

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(…)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(국기법 §45의2①2호)

여기서 눈여겨볼 말은 "법정신고기한이 지난 후"입니다. 기한을 넘겨 기한후신고를 하신 분도 청구할 수 있지만, 이때도 5년은 실제로 신고한 날이 아니라 법정신고기한부터 셉니다.

그럼 그해 세액공제신청서를 아예 안 냈다면 어떨까요? 조세특례제한법은 공제를 받으려면 세액공제신청서를 내라고 적어 두었습니다. 그런데 대법원은 세액감면 신청에 관한 사건에서, 이런 신청을 감면의 요건이 아니라 협력의무로 보았습니다. 협력의무란 세금 계산에 필요한 서류를 내 달라는 의무일 뿐, 안 냈다고 공제 자체가 사라지는 요건은 아니라는 뜻입니다.

5년은 연도마다 따로 끝납니다

12월 결산 법인의 법인세는 3월 31일, 개인사업자의 종합소득세는 5월 31일이 법정신고기한입니다. 성실신고확인 대상이면 한 달씩 늦습니다(법인 4월 30일·개인 6월 30일).

가령 2021년분은 2022년에 신고했습니다. 그래서 2021년분의 경정청구 기간은 12월 결산 법인이 2027년 3월 31일, 개인사업자가 2027년 5월 31일에 끝납니다.

2022년분은 2028년, 2023년분은 2029년의 같은 날까지입니다. 반대로 2020년분은 올해 상반기에 이미 기간이 지났습니다. '내년에 몇 해 치를 한꺼번에 하지 뭐' 싶어 미루는 사이, 가장 오래된 한 해가 해마다 하나씩 빠지는 셈입니다.

그런데 그해에 어떤 공제가 있었는지도 함께 봐야 합니다. 통합고용세액공제는 2023년분부터 생긴 제도입니다. 2021·2022년분은 그 이전 제도인 고용증대세액공제로 따지는데, 늘어난 해와 그 뒤 해에 걸쳐 공제하는 틀은 비슷합니다. 통합투자세액공제는 2021년 1월 1일 이후 신고하는 분부터 적용됐습니다. 2020년분(2021년에 신고한 분)부터 있었던 셈이라, 지금 열려 있는 2021년분 이후는 모두 그 대상 기간에 들어갑니다.

통합고용은 세 해, 통합투자는 들인 해를 봅니다

두 공제는 연도를 세는 방식이 다릅니다. 통합투자세액공제는 기계장치 같은 사업용 자산에 투자한 그 과세연도에 공제하는 구조입니다. 그래서 장비를 들인 해의 5년이 끝나면 그 투자분의 세액공제 경정청구 기간도 함께 끝납니다.

통합고용세액공제는 2025년분까지 직원이 늘어난 해 한 번으로 끝나지 않았습니다. 중소·중견기업이라면 늘어난 해와 그 뒤 두 해, 모두 세 해에 걸쳐 공제하는 구조였습니다.

(조특법 §29의8, 2025년분까지)

2025년 12월 법 개정으로 2026년분부터는 그해 직원 수를 직전 과세연도들과 비교해, 그해에만 공제하는 방식으로 바뀌었습니다. 2024·2025년에 늘어난 인원도 개정법 부칙에 따라 종전 구조를 그대로 따릅니다.

그래서 2023년분을 놓쳤다면 2024·2025년분에도 같은 요건을 갖췄는지 따져 볼 대상이 됩니다. 이미 신고가 끝난 그 해들은 통합고용세액공제 경정청구를 함께 살펴봐야 합니다.

다만 이 구조에는 사후관리가 붙어 있었습니다. 처음 공제받은 해부터 2년 안에 전체 직원 수가 줄면 공제가 끊기고, 이미 공제받은 세액도 다시 내야 합니다. 경정청구를 검토할 때는 그 뒤 해의 직원 수 변동도 확인 대상이 됩니다.

청구해도 공제가 안 되거나, 당장 환급이 없는 해

장부 없이 추계로 신고한 해에는 통합고용세액공제가 적용되지 않습니다. 다만 개인사업자가 투자 증거서류를 내면, 통합투자세액공제는 추계로 신고한 해에도 적용됩니다.

그해 낼 세금이 없었던 경우도 있습니다. 최저한세란 공제를 아무리 받아도 이만큼은 내야 하는 최소한의 세금이라고 생각하시면 됩니다. 적자(결손)가 났거나 이 최저한세에 걸렸다면, 못 쓴 공제는 다음 해로 넘어가는 금액이 됩니다.

(조특법 §144①)

그래도 경정청구로 그해 공제액을 바로잡아 두는 의미는 남습니다. 요건을 갖춘 세액공제라면 그해 못 쓴 부분은 다음 과세연도부터 10년 안에 이월공제 대상이 되기 때문입니다.

지난 신고서를 펼치기 전에 세 가지만 먼저 맞춰 보세요. 첫째, 그해 장부로 신고했는지. 둘째, 그해 직원 수가 전년보다 늘었거나 사업용 장비를 들였는지. 셋째, 그해 법정신고기한이 지난 지 5년이 안 됐는지.

어느 해가 아직 열려 있고 그해가 공제 대상이 될 수 있는지는, 채팅상담에서 해당 가능성의 판단 방향을 확인해 보시기 바랍니다.

한마디만 더 하고 일어날게요

세액공제 경정청구는 낸다고 그대로 받아 주는 절차가 아닙니다. 법은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알리도록 정해 두었고, 청구 내용은 서류로 다시 확인될 수 있습니다.

오늘 할 일은 그해 법인세·종합소득세 신고서와 원천징수이행상황신고서(매달 직원 급여에서 뗀 세금을 신고한 서류)를 찾아 두는 것입니다. 장비를 들인 해라면 그 세금계산서도 함께 챙겨 주세요. 세액공제 경정청구로 해당 여부를 따져 볼 해가 있는지와 직원이 실제로 늘었는지는 이 서류에서 먼저 보입니다.

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📎 참고 자료

⚠️ 본 글은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별 사안에 대한 구체적인 세무 판단은 반드시 전문가 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.

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