안녕하세요, jkl세무사무소 입니다.
지금 한 사업장에서 급여와 사업소득 두개의 소득이 동시에 발생하는 것으로 이해되네요
원칙적인 방법은 한 사업장에서 근로, 사업이 특수한 상황이 아니라면 동시에 발생 할 수 없는것이라 1번이 가장 원칙적인 방법이라는 점 우선 말씀드리며
이외 2번 3번의 방법인 경우에는 발생한 소득에 대하여 지출하는 비용이 많으시다면 1번 방법이 나으실꺼고
소득이 발생해도 쓰시는 돈이 얼마없고 법인통장에 넣어두셔도 상관이 없으시다면 2번 방법이 나으실것같습니다.
마지막 질의인 부가세 관련해서는 사업자를 내시는 경우 부가세는 상대방한테 별도로 받아서 납부하시는것이 원칙이므로 차이는 없을것같습니다.