질문 사항을 혹시 제가 잘못 이해하고 답변을 달았다면 양해 바랍니다.
분양권 양도소득세는 분양금액 전체금액이 매입액이 되고 분양금액+프리미엄이 양도금액이 되어 차액인 프리미엄에 대해 세금을 계산해서 납부하는 것입니다. 양도소득세는 양도인(매도인)이 신고납부하는 것이 원칙입니다.
그런데 질문에서 매수인은 1차 계약금 + 2차 중도금 + 프리미엄을 양도인에게 지급하고 분양권을 인수하는데, 여기에 양도소득세액까지 합해서 매수인이 부담하는 걸로 보입니다.
이럴 경우, 양도소득세 문제는 현재 양도인(매도인)이 신고하고 납부한다면(실제 세액 부담은 양수인) 그걸로 끝입니다. 추후 현재 양수인이 분양권을 다시 전매한다면 그 양수인(미래 매도인)에게 양도소득세 문제가 생기겠지요.