찾아줘세무사

제휴업체면 입점몰을 의미하시는것 같은데,
2가지의 방식에 따라 다를것같아요,
(질문자입장)
1.수수료뺀대금을 매입세금계산서로 받는경우 (작은 샵인샵의 경우 이렇게 하고 있는 업체도 많네요.)
2.수수료만 계산서로 발행하시는 경우 (일반 쿠팡이나 네이버등)

1번의 경우라면, 수수료대금에 배송비도 포함하여 정산해야할것 같고
2번의 경우라면 ,
쿠팡이나그 쇼핑몰의 경우 매출에 배송비도 합산하여 매출을 잡게하듯이 입점업체의 매출 및 환불로 처리해야할듯 싶습니다.

사견입니다.

아직 판매샵과 제휴업체 간에 배송책임에 대한 책임을 누가 질지에 대한 합의가 이루어지지 않은 것 같습니다.
실질적으로 고객에게 배송책임을 이행하는 회사를 정하셔야 할 것 같습니다. 이는 세무적 이슈가 아니라 사업전략상의 의사결정입니다.
만약 배송책임 오배송 관련된 의무이행을 판매샵에서 할지 제휴업체에서 진행할지 정하시면 될 것 같습니다.(물론 해당 의무를 이행하는 측에서 일정부분의 마진을 더 가져가야겠지만요.)
회계세무상 처리는 실질적으로 고객에게 배송책임을 이행하는 회사가 어디인지 정해지면 그 실질에 맞추어 처리(해당의무를 이행하는 측의 매출로)를 하시면 됩니다.