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일단 원칙적으로 비사업자와의 거래일 경우에는 원천징수를 해야하지만, 여기서 실제 매출은 중개수수료이므로 그것을 기준으로 세금신고를 해야할 것입니다. 비사업자에게 수수료를 제외한 정산금을 지급하는 것은 상품의 실제 판매가가 아니라 중개서비스를 위한 비용으로 볼 수 있습니다.

따라서 가장 중요한 것은 중개업체와 판매자 사이의 계약서이며, 그것에 따라 중개수수료를 계산하고 그 금액에 대해 VAT 등의 세금을 계산해야합니다.

또한, 비사업자에게 결제받은 내역과 정산금 지급 내역은 계약서에 명시된 수수료를 제외하고 비사업의자에게 지급한 것으로 볼 수 있습니다. 이 경우엔 별도의 세금이 부과되지 않습니다.

PG사와의 계약에 따라 수수료가 발생할 수 있으니 소득세 신고시에 그 부분을 고려해야 할 것 같습니다. 다만, 간이과세자의 경우에는 별도로 신용카드 수수료 등을 비용으로 인정받을 수 없으므로 신고시 고려해주셔야 합니다.

추가로, 중개사업도 사업자등록증에 반드시 명시되어 있어야하므로 그 부분은 체크해주세요. 등록하지 않으면 불법 중개업으로 처벌을 받을 수 있습니다.

정리하면, 비사업자에게 수수료를 제외한 판매금액을 주고 받지만 실질적인 매출은 중개수수료에 해당하므로 그 금액에 대해 세금을 신고해야합니다. 매출을 계산할 때는 중개수수료를 기준으로 계산하시면 되며, 게다가 클라이언트가 비사업자인 경우 원천징수도 고려해야합니다.
이러한 과정에서 필요하다면 세무사의 도움을 받는 것을 권장드립니다.