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세금 관련 실질적인 차이는 다음과 같습니다.

1. 임금소득 및 세금: 고용된 직원은 월급에서 소득세 및 건강보험료, 국민연금 등 고정적인 세금이 공제됩니다. 이와는 다르게, 대표이사의 경우, 보수는 사업소득으로 간주되어 소득세가 부과되며, 상황에 따라 다르지만 일반적으로 직원보다 높은 비율의 세금을 납부하기도 합니다.

2. 부가가치세: 기업의 유형(주식회사, 개인사업자 등)과 매출규모에 따라 부가가치세 납부의 의무가 있습니다. 본질적으로는 대표이사가 되더라도 부가가치세와는 크게 상관이 없지만, 회사의 성장에 따라 부가가치세 납부액은 증가할 수 있습니다.

3. 법인세: 대표이사로서 연봉을 받는 경우, 해당 연봉에 대한 법인세가 부과됩니다. 실제로 얼마나 부과될지는 회사의 손익 상황에 따라 달라지며, 손익계산서 및 세무조정계산서에 모두 영향을 미치게 됩니다.

4. 상속세: 만약 비즈니스를 계승하는 과정에서 부동산이나 주식 등 자산이 이전된다면, 상속세가 발생할 수 있습니다. 이는 복잡한 세제 해석이 필요하므로 전문가의 도움을 받는 것이 좋습니다.

이 외에도, 회사의 법률상의 지위, 계약, 비즈니스 모델, 자산, 부채 등 여러 요소들이 개인의 세금 부담에 영향을 미치기 때문에 세부적인 상황에 따라 차이가 발생할 수 있습니다. 따라서 결정을 내리기 전에 세무 전문가나 회계사와 상의하는 것이 좋습니다.
참고로 위 내용은 대략적인 설명이므로 실제 세법은 복잡하므로 반드시 전문가와 상의하시기 바랍니다.