그냥 현재 상태로 유지하는 것이 나아보입니다. 다만 장부 작성을 할 때 제조업 매출과 전자상거래 매출을 구분해서 관리하셔야겠네요.
우선 사업자등록 당시에 즉석식품제조+소매업을 동시에 냈는지, 아니면 둘 중 하나만 냈다가 나중에 업종추가를 하셨는지에 따라 세금차이가 확 납니다.
사업자등록 당시 만 34세 이하인 상황에서 2개 업종에 대해서 사업자등록을 냈다면 모두 세금감면 혜택을 받을 수 있는데, 그렇지 않고 나중에 둘 중 하나의 업종을 추가했다면 세금감면 혜택이 많이 줄어들 수 있기 때문입니다.
물론 사업자를 각각 내면 제조업 쪽의 재무제표가 명확하게 관리되므로 장점도 있습니다. (제조업은 대출에서 우대가 많아서 재무제표를 잘 작성해두면 좋습니다)
그런데 매출의 95%가 소매면 크게 의미가 없을 것 같기도 합니다.
또 현재 사업자등록증 상에 소매업(전자상거래)가 있는데, 다른 사업장을 내면서 또 소매업으로 낸다한들 창업으로 인정해주지 않아서 세금감면 혜택도 받을 수 없기에
지금 상태로 유지하되 제조/소매의 수익, 비용을 깔끔하게 관리하시면 되겠습니다.