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일단 연말정산의 경우 기본적으로 각각의 사업장별로 진행이 됩니다. 즉, 주업과 부업에서 별도로 연말정산을 진행하게 되는데, 이 경우 각 사업장에서 받은 소득만을 대상으로 정산이 이루어집니다.

다만 일정 금액 이상의 소득이 있는 경우에는 주업과 부업의 소득이 합산되어 종합소득세가 적용됩니다. 이 때에는 1월에 연간 소득이 얼마나 된 것인지를 확인하는 '근로소득원천징수영수증'을 작성해야 합니다.

근무처별 연말정산을 원하시는 경우에는 각 근무처에서 '근로소득원천징수영수증'을 받아 따로 연말정산을 하시면 됩니다. 이 경우에는 각 근무처에서 발행해주는 '근로소득원천징수영수증'만을 가지고 연말정산을 진행하게 됩니다.

하지만 근로소득원천징수영수증에는 각 사업장에서 상황에 따라 들어가는 4대보험료 등의 정보가 포함되어 있어, 보험료가 덜 나간 부업의 경우, 이를 보완하기 위해 어느 정도의 금액을 더 지불해야 할 수도 있습니다.

주업과 부업의 연말정산을 따로 진행하고 싶으시다면, 두 곳의 연말정산을 각각 진행하시는 것을 추천드립니다. 다만, 이에는 재정적인 비용이 따르므로, 실제로 연말정산을 진행해보고 그에 따른 비용을 확인한 후 결정하시는 것이 좋을 것 같습니다. 재정상의 문제가 있다면 전문가의 도움을 받아보시는 것도 좋을 것 같습니다.