요점만 먼저
- 개인 간 거래로 3.3% 원천징수 없이 받더라도 종합소득세 신고는 가능하며, 반드시 직접 신고·납부해야 합니다.
- 개발·프로그래밍 용역은 부가가치세 과세대상 서비스입니다. 계속적·반복적이라면 사업자등록을 하고 부가가치세도 신고·납부해야 합니다.
- 2024년에 벌어 신고하지 않은 소득이 있으면 가산세 위험이 있으니 지금이라도 기한후신고(자진신고)를 권합니다.

1) 개인-개인 거래와 종합소득세
- 3.3% 원천징수는 “선납”일 뿐 최종세금이 아닙니다. 원천징수가 없으면 본인이 5월 종합소득세 신고 때 전액 신고하고 세액을 납부하면 됩니다.
- 개발 수입은 통상 “사업소득”으로 보고, 경비(장비·소프트웨어·외주·통신비·업무관련 교통비 등)를 빼고 과세표준을 계산합니다.
- 규모가 커지면 복식부기 의무가 생길 수 있으니(보통 서비스업은 직전연도 수입금액이 일정 수준 이상이면) 장부기장 또는 세무대리 이용을 권합니다.

2) 부가가치세와 사업자등록
- 프로그래밍·소프트웨어 개발 용역은 부가세 과세대상입니다. 사업 시작 후 20일 이내 사업자등록이 원칙이며, 미등록·무신고 시 가산세가 나올 수 있습니다.
- 개인 소비자 상대라 세금계산서는 못 발행하지만, 현금거래 시 현금영수증 발급 의무(의무발행 업종 해당 가능)가 있습니다. 미발급 시 가산세가 큽니다.
- 가격에 부가세를 별도로 받지 않고 1억을 받았다면, 실질적으로 1억에 부가세가 “포함”된 것으로 보아 1억 × 10/110 ≈ 9.09%를 부가세로 납부하게 됩니다(매입세액 공제 전). 사업 관련 지출에 대한 세금계산서를 받아두면 매입세액 공제로 부가세 부담을 줄일 수 있습니다.

3) 2024년에 신고를 안 했다면
- 2024년 귀속 종합소득세(통상 2025년 5월 신고)와 해당 기간 부가가치세(1월·7월) 신고를 놓쳤다면, 지금 즉시 홈택스/손택스로 “기한후신고” 및 자진납부 하세요.
- 자진신고가 늦을수록 납부불성실 가산세(일할 계산)가 불어납니다. 세무서 안내문이나 조사 이전에 먼저 신고하면 일부 가산세 감면 여지가 있습니다.
- 필요자료: 입금내역(통장), 계약서/견적서/세부 산출물, 경비 증빙(세금계산서·카드전표·현금영수증 등).

4) 실무 팁
- 수입이 연 1억 내외면 소득세와 부가세 합쳐 현금유출이 꽤 큽니다. 최소 매출의 25~35% 수준을 세금용으로 따로 적립해두면 안전합니다(경비율·매입세액에 따라 달라짐).
- 앞으로는:
- 사업자등록 진행(프리랜서 개인사업자).
- 거래 상대가 사업자면 세금계산서 발행, 개인이면 현금영수증 발급.
- 장부 작성(간편장부라도) 및 경비 증빙 수집.
- 부가세 신고: 1기(1~6월) 7월, 2기(7~12월) 다음해 1월.
- 종합소득세 신고: 매년 5월.
- 금액과 업종 특성상 세무사 한 번 상담해 구조를 잡아두는 것이 가산세·절세 모두에 유리합니다.

정리 답변
- 네, 원천징수 없이 받은 현금이어도 종합소득세 신고는 가능하고 의무입니다.
- 개발 프리랜서는 부가가치세 의무가 있으니 사업자등록 후 부가세·종소세를 각각 신고하세요.
- 2024년도 미신고 소득은 가산세가 붙을 수 있으므로 즉시 기한후신고 하시길 권합니다. 준비가 어렵다면 세무사 도움을 받으세요.

참고: 위 내용은 일반적 가이드입니다. 구체적 가산세율·장부의무 여부 등은 개인 상황에 따라 달라질 수 있으니 실제 신고 전 최신 규정과 전문가 확인을 권합니다.