결론부터 말씀드리면, 영세율 과세표준은 수수료 공제 전 “총 매출액(공급가액)” 기준으로 신고하시면 되고, 외화입금증명서는 수수료 등이 차감된 실입금액이어도 제출 가능합니다. 다만 두 금액이 다른 이유를 뒷받침할 정산명세와 조정표를 함께 준비·첨부해 주시는 것이 좋습니다. 수기 엑셀로 만든 조정표를 첨부하는 실무도 흔히 있습니다.

권장 서류 구성
- 수출증빙: 수출신고필증(목록통관 등 소액이라면 수출실적증명, 운송장/트래킹 등 대체 가능한 수출 입증자료)
- 대금수령 증빙: 은행 외화입금증명서(외화계좌 명세, 외화매입증명 등). 금액이 수수료 차감 후여도 무방
- 정산명세: PG/페이팔/카드사 등 정산내역서(총매출, 수수료, 환율/정산주기, 실입금액이 식별되는 것)
- 조정표(엑셀): 총매출(통화/원화) → 공제 수수료/정산수수료 → 환차손익/정산시점 차이 → 실입금액으로 이어지는 브릿지
예시 컬럼: 기간, 주문번호, 운송장/수출신고번호, 통화, 매출액(통화), 적용환율, 매출액(원화), 수수료(통화/원화), 환차손익, 은행입금액(원화), 정산번호/지급일, 비고

신고/기장 실무 팁
- 신고금액: 영세율 공급가액은 수수료 공제 전 총 매출액(공급가액)으로 인식. 수수료는 판매비용으로 별도 처리
- 환율: 공급시기 기준 환율로 원화환산해 일관되게 관리(정산환율과 차이가 생기면 조정표에 환차손익으로 표현)
- 묶음입금: 여러 주문이 합쳐져 입금되면 정산서·조정표로 주문별 매출과 입금액을 매칭
- 시기차: 발송/수출과 입금이 서로 다른 과세기간에 걸칠 수 있으므로 컷오프 기준을 정하고 조정표로 설명
- 국내 PG 원화정산인 경우: 외화입금증명서가 없을 수 있으므로 수출증빙 + 카드/PG 정산내역(해외결제 건임을 확인할 수 있는 자료)로 대체해 제출하는 사례가 많습니다. 관할 세무서 요구서식에 따라 보완 가능성에 대비하세요.

자주 묻는 점
- “정산내역의 총액을 영세율 매출로 신고하고, 실입금액이 다른 외화입금증명서를 함께 첨부해도 되나요?”
→ 예. 다만 차이(수수료·환차·시기차)를 설명하는 정산명세/조정표를 꼭 붙이세요.
- “수기 엑셀 조정표를 첨부해도 되나요?”
→ 예. 일반적인 실무이며, 위 항목이 모두 식별되도록 정리하면 충분히 인정됩니다.

체크리스트
- [ ] 수출증빙(수출신고/운송장/수출실적) 확보
- [ ] 외화입금증빙(계좌입금내역/외화매입증명)
- [ ] PG/결제대행 정산서 및 수수료 명세
- [ ] 매출→수수료/환차→실입금액 브릿지 조정표
- [ ] 수수료는 매출차감이 아닌 비용으로 처리

참고로, 구체적인 요구서류나 인정 범위는 관할 세무서마다 보완요청 방식이 다소 다를 수 있습니다. 위 구성으로 준비하시고, 홈택스 영세율 첨부서류 업로드 시 비고란 또는 추가자료에 조정표를 함께 제출하시면 대부분 무리 없이 수리됩니다. 필요시 담당 세무서나 세무대리인과 사전 확인을 권장드립니다.