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  • Q. 안녕하세요.
    법인(금융업) 회사에서 부가가치세 신고 업무를 담당하고 있는 담당자입니다.
    2025년 2기 예정 부가가치세 신고 이후, 차량 매각 관련부분이 오신고 된 것 같아 올바른 수정방향을 문의하고자 연락드렸습니다.

    [관련 상황]
    저희 법인의 퇴직임원(이하 A)이 업무용으로 사용하던 운용리스 차량을 캐피탈 회사로부터 인수해 2025.8.29일부터 법인 소유 차량이 되었습니다.(매각대금 15,113,551원)
    며칠 뒤 법인은 2025.9.1일 제3자(A의 가족, 이하 B)에게 해당 차량을 인수금액과 동일한 금액으로 매각했습니다. (동일 금액 매각으로, A로부터 추가적인 대가 받지않음)
    또한 9.1일 차량관련 업무담당자는 B에게 전자세금계산서를 발행했습니다. (공급자: 저희 법인 / 공급받는자 : B 개인 / 공급가액 : 13,739,592원 / 세액 : 1,373,959원 / 합계금액 : 15,113,551원)


    [질문]
    1. B에게 전자세금계산서를 발행한 것을 옳은 세무처리인가요? 만약 부가세 과세대상이 아니라 발행하지 않는게 옳은 처리라면 수정세금계산서를 어떻게 발급해야할까요? (ex) 발행일 : 9.1 / 공급가액 : (-)13,739,592원 / 세액 : (-) 1,373,959원

    2. 1번 관련으로 수정세금계산서를 발급 시, 이미 2기 예정 부가세 신고를 마친 이후 발급하는거라 가산세과 부과될 가능성이 있나요?

    3. 1번관련으로, 부가세 과세 대상이 아닐경우 2기 예정신고시 납부한 세액 1,373,959원에 대해 경정청구를 해야할 것 같은데 필요서류로는 대략 어떤것이 있을까요?
    (ex) 수정세금계산서, 차량 매각 관련 서류 등)


    만약 경정청구 필요 시 사안이 복잡해질것 같아 업무질의 등으로 내부 기안받고 추가 문의드리겠습니다.
    감사합니다!

    부*****자 님
    조회 : 962건 답변 : 6건 25.11.05
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    윤인혁 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    25.11.05

    안녕하세요.

    질의주신 내용만으로는 불명확한 부분이 있으나,
    주된 사업이 면세사업자이실 경우 법인의 업무에 사용하던 차량을 개인에게 매각 또는 이전하는 경우 계산서를 발행해야 하는 것으로 보입니다.

    부가가치세 경정은 사실관계에 따른 증빙을 첨부하여 청구하여야 합니다.

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    강봉대 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    25.11.05

    안녕하세요. 예송세무회계 강봉대 세무사입니다.

    먼저, 법인에서 퇴직임원에게 업무용으로 사용하던 차량을 3자(B)에게 매각하는 경우의 부가가치세 처리에 대해 설명드리겠습니다.

    차량을 업무용으로 사용하던 업무용 자산을 퇴직임원(B)에게 처분하는 경우, 일반적으로 부가가치세 과세 대상이 아니며, 업무상 사용하던 자산의 개인 또는 제3자에 대한 매각 시에는 부가가치세를 과세하지 않는 것이 원칙입니다. 따라서, 법인에서 B에게 전자세금계산서를 발행하는 것은 적절하지 않을 수 있습니다.

    이 경우, 기존에 이미 부가세 신고가 이루어진 후에 차액을 정산하기 위해 수정세금계산서를 발행하는 방법이 가능합니다. 수정세금계산서의 발행 시에는, 발행일을 매각일(2025.9.1)로 하고, 공급가액과 세액에 음수(-)를 기재하여 '수정' 또는 '반품·공제' 표시를 하는 방법이 적절하며, 이를 통해 부가세 신고상 정정을 할 수 있습니다.

    한편, 이미 2기 부가세 신고에 영향을 주는 정정이 발생하는 경우 가산세 부과 가능성도 고려하여야 합니다. 따라서, 수정세금계산서 발행 후 즉시 관할 세무서에 정정신고를 하시는 것이 바람직하며, 이와 관련된 신고서류, 수정세금계산서 원본, 차량 매각 관련 증빙서류(계약서, 차량 이전 서류 등)를 보관하시기 바랍니다.

    경정청구에 관해서는, 이미 납부한 세액에 대해 부가세 과세 대상이 아니었던 사실이 확인되면, 경정청구를 통해 세액 환급을 요청할 수 있습니다. 이 경우, 차량 매각 관련 서류, 수정세금계산서, 차량 처분 관련 증빙서류들이 필요하며, 세무서에 제출하여야 합니다.

    이와 같은 사안은 복잡한 부분이 있어, 보다 정확한 상담을 위해 내부 검토 후 관련 자료를 갖추어 기안하셔서 세무서에 문의하시는 것을 권장드립니다.

    감사합니다.

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    표세현 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    25.11.05

    안녕하세요. 세무회계 현 표세현 세무사입니다.
    B에게 전자세금계산서 발행은 부적절하며, 과세 대상이 아니면 금액 및 세액을 음수로 기재한 수정세금계산서(예: 공급가액:-13,739,592원, 세액:-1,373,959원)를 발행하는 것이 맞습니다.

    이미 신고한 부가세에 대한 수정 시, 가산세 부담 가능성이 있으므로, 즉시 관할 세무서에 수정신고를 하는 것이 바람직합니다. 수정세금계산서와 차량 매각 관련 증빙서를 함께 보관하십시오.

    세액 환급을 위해선 과세 대상 아님을 증빙하는 자료와 수정세금계산서, 차량 관련 서류를 준비하여 경정청구를 하셔야 하며, 필요 서류는 내부 검토 후 세무서에 문의하는 것이 좋습니다.

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    이성민 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    25.11.05

    안녕하세요.

    이스팀 세무회계 이성민 세무사입니다.

    1. 영리법인이 과세사업에 사용하던 업무용승용차를 매각 시
    취득 시 매입세액공제 여부 및 공급받는 자의 매입세액공제 여부와 관계없이
    재화의 공급으로서 세금계산서를 발행해야 하는 것이 맞습니다.
    즉, 해당 공급은 부가세 과세대상 거래입니다.
    (다만, 면세사업을 영위하는 법인이라면 계산서 발행대상)

    2. 일반적으로, 수정세금계산서의 경우 세법상의 사유로 발급기한 내 발급 시
    가산세가 부과되지는 않습니다.

    3. 1번 거래가 과세대상 거래이므로 공급가액 및 부가세에 변동이 있는 등의 사유가 아니라면
    경정청구 대상은 아닌 것으로 사료됩니다.

    감사합니다 : )

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    문병기 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    25.11.05

    안녕하세요. 문병기세무사입니다.
    1. 법인 소유의 차량을 개인B에게 매각하는 경우, 해당 차량을 과세사업과 관련하여 사용했다면 부가가치세 과세 / 면세사업과 관련하셔 사용했다면 부가가치세가 과세 되지 않습니다.
    2. 면세거래에 해당하지만 착오로 계산서가 아닌 세금게산서를 발급한 경우에는 가산세가 없습니다.(기획재정부 법인세제과-1279)
    3. 수정세금계산서 및 새로 발행한 계산서, 해당 차량이 면세사업과 관련하여 사용했다는 서류 등이 있으면 될듯합니다.

    감사합니다.

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    신경석 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    25.12.05

    1.업종이 면세사업자라면 전자세금계산서를 발급할 필요없으며 발행한 금액 그대로 수정발급하시면 됩니다
    2..해당 날짜로 수정발급해도 가산세는 없습니다
    3.경정청구 진행하시면 됩니다

찾아줘 AI

참조만 부탁드립니다.

요약 결론
- 해당 차량 매각은 부가가치세 과세대상입니다. 법인이 자기 재화를 금전 대가 받고 양도한 것이므로(사업양도 등 예외 아님) 매각대금에 10% 부가세가 붙습니다.
- 따라서 2025.9.1에 B에게 과세로 처리하고 부가세를 신고·납부한 큰 방향은 맞습니다.
- 다만 B가 비사업자(개인)라면 ‘세금계산서’ 대신 영수증(현금영수증·카드전표 등) 형태가 원칙입니다. 이미 세금계산서를 발행했다면, 세액 자체를 취소할 사안은 아니고, 필요시 증빙 형태만 정리(수정세금계산서로 취소 후 현금영수증 등 재발급)하시면 됩니다.

질문별 답변
1) B에게 전자세금계산서 발행이 맞는가? 취소가 필요한가?
- 과세 여부: 과세가 맞습니다. 승용차라서 매입세액 불공제였더라도 처분 시 과세는 별개로 발생합니다. 면세사유(사업의 포괄양도, 수출, 토지 등)에 해당하지 않습니다.
- 증빙 형태:
- B가 사업자(사업자등록 보유)라면 전자세금계산서 발행이 정석입니다. 추가 조치 불필요.
- B가 비사업자(개인)라면 원칙상 세금계산서가 아니라 영수증(현금영수증·신용카드전표 등)으로 발급해야 합니다.
- 이미 전자세금계산서를 비사업자에게 발행한 경우의 정리 방법(원하시는 경우):
- 홈택스에서 원발행분에 대한 “수정세금계산서(기재사항 착오 정정)”를 공급가액·세액을 음수로 전액 취소 발급
· 공급시기: 2025.9.1(원발행 공급시기와 동일)
· 공급가액: (-)13,739,592원 / 세액: (-)1,373,959원
- 같은 날자(2025.9.1)로 총액 15,113,551원에 대해 현금영수증(소비자용) 또는 카드전표 등 적정 영수증을 재발급
- 세액은 변동이 없고, 증빙 유형만 바뀝니다.
- 실무적으로는 이미 발행된 세금계산서를 그대로 두더라도 매출세액 측면의 문제는 없으나, 비사업자 상대 거래라면 증빙 정합성을 위해 위 방식으로 정리해 두는 것을 권합니다.

2) 수정세금계산서 발급 시 가산세 가능성
- 위와 같이 세액을 줄이는 것이 아니라 단지 증빙 유형을 정리(세금계산서 취소 후 현금영수증 재발행)하는 경우:
- 과세표준·세액 합계는 동일하므로 예정신고 후라도 가산세 사안이 아닙니다.
- 2기 확정신고 시 세금계산서 발급분 매출에서 빼고, 신용카드·현금영수증 매출로 넣어주면 됩니다(세액 불변).
- 만약 세액 자체를 줄이는 수정(비과세로 전환 등)을 하신다면:
- 본 건은 과세대상이라 세액 감액은 적정하지 않습니다. 그런 수정은 오히려 과소신고·납부불성실 가산세 리스크를 초래할 수 있습니다.
- 참고: 예정신고와 확정신고 간 매출 재분류(세액 동일)는 통상 가산세 대상이 아닙니다. 다만 예정신고에서 덜 납부했다가 확정에서 늘어나는 경우에는 납부불성실 가산세가 문제될 수 있지만, 본 사안은 그 반대(세액 동일)입니다.

3) 비과세라면 경정청구? 필요서류?
- 본 건은 비과세가 아니므로 경정청구로 환급받을 수 있는 사안이 아닙니다. 따라서 경정청구 필요 없음.
- 다만 증빙 유형 정리를 위해 수정세금계산서를 발행하는 경우 별도 경정청구도 필요 없고, 확정신고에서 재분류만 하면 됩니다.

추가로 유의할 점
- 특수관계인 및 시가 과세 가능성: 매수인이 퇴직임원의 가족이므로 법인세·부가세상 특수관계인 해당 여부를 점검해 보시기 바랍니다. 부가세법 제29조 제4항에 따라 특수관계인과의 거래에서 대가가 시가와 현저히 다른 경우 과세표준을 시가로 볼 수 있습니다.
- 이번에 리스 인수가격=양도가격으로 처리하셨는데, 중고차 시세가 인수가격보다 유의미하게 높았다면 시가 과세 지적 가능성 있습니다.
- 대응: 거래 당시 기준(2025.9.1 전후) 동일 모델/연식/주행거리의 시세자료(KB차차차, K-Car 견적, 중고차 성능·상태기록부, 딜러 견적서 등)를 확보해 “인수가격≈시가”임을 입증할 자료를 파일링해 두시길 권합니다.
- 입력세액 불공제 차량이라도 처분 시 과세: 흔히 혼동되지만, 승용차 매입세액이 불공제였더라도 처분은 과세입니다.
- 차량 이전등록 실무: 비사업자 매수인에게는 세금계산서가 소유권 이전의 필수 요건은 아니며, 영수증과 매매계약서로 충분합니다.

정리된 권고 절차(비사업자에게 세금계산서를 이미 발행한 경우)
- 선택 1(권장): 증빙 정리만 수행
1) 원 세금계산서에 대해 사유코드 “기재사항 착오정정”으로 전액 마이너스 수정세금계산서 발행(공급시기 2025.9.1, 공급가액/세액 전액 음수).
2) 같은 날자로 현금영수증(소비자용) 또는 카드전표 발행(총액 15,113,551원).
3) 2025년 2기 확정신고 시 매출 세액은 변함없이, 세금계산서 발급분 → 현금영수증/카드 매출로 재분류.
- 선택 2: 그대로 유지
- 세금계산서를 그대로 두고 확정신고도 동일하게 가되, 비사업자 상대 세금계산서 발행에 대한 내부 메모 및 사유를 정리. 다만 향후에는 비사업자에게는 영수증으로 발급하는 프로세스를 마련.

필요시 검토해 드릴 수 있는 자료
- 특수관계인 해당 여부 판단(지배·피지배 관계, 임원·주주·그 친족 여부 등)
- 당시 중고차 시세 비교 및 시가합리성 메모 작성 양식
- 홈택스 수정세금계산서 발급 화면별 처리 방법(사유 코드, 공급시기 설정 등)

추가 질문이나 내부 결재용 메모 정리가 필요하시면 말씀 주세요.

해당 답변은 제휴 세무사의 개인적인 의견이므로 참고용으로 활용하시기 바라오며, 답변에 대한 저작권은 찾아줘세무사에 귀속됨을 알려드립니다. 복사 및 변경, 배포시에는 반드시 출처 표기를 해주시기 바랍니다.

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