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  • Q. 안녕하세요 이번에 중소기업 소득세 감면에 대해 알게되서 홈택스 기록 조회 중에 2015년에 잠깐 일했던 회사에서 해당 감면이 이미 적용되어 있는걸 확인했는데 2015년 적용, 2018년부로 종료되어있지만 저는 2015년 11월에 군 입대를 하여 2017년 8월까지 21개월간 해당 혜택을 받지 못한 상태입니다. 당시 신청 내용을 철회하여 이미 감면 받은 소득세를 다시 납부하고 지금 다시 적용할 수 있는 방법이 있을까요?
    송*영 님
    조회 : 1755건 답변 : 1건 25.11.23
  • 세무사 프로필 이미지

    강태훈 세무사 답변 채팅ㆍ전화상담 추가요청

    25.11.23
    채택답변

    한번 감면을 받으면서 감면기간이 종료되면 다 시 철회 할 수 없습니다.

찾아줘 AI

참조만 부탁드립니다.

결론부터 말씀드리면, 과거 적용을 “철회(반환)해서 초기화”하고 지금부터 새로 시작하는 방식은 불가능합니다. 중소기업 취업자 소득세 감면의 적용기간은 “최초로 중소기업에 취업한 날”을 기준으로 정해지며, 이미 감면받은 세금을 다시 납부하더라도 최초 취업일이 바뀌지 않기 때문입니다.

다만, 군 복무 기간은 감면기간 계산에서 제외(정지)되는 것이 원칙입니다. 그래서 2015년에 최초 적용이 시작되었더라도, 2015.11~2017.08의 병역 기간은 감면기간에 포함되지 않으므로, 전역 후 중소기업에 근무하신 기간이 있다면 그 잔여기간만큼 감면을 적용(또는 소급 환급)받을 수 있었을 가능성이 큽니다.

확인·대응 방법
- 1) 최초 취업·감면 기준 확인
- 최초 중소기업 취업일(2015년)과 당시 감면기간(해당 시기 청년은 통상 3년)을 확인하세요.
- 군 복무기간(2015.11~2017.08)은 감면기간에서 제외되므로, 잔여기간이 얼마였는지 계산해보세요.
- 홈택스에 2018년 종료로 표시된 것은 군복무 정지 반영이 빠졌을 수 있습니다.

- 2) 잔여기간 내 근무분 환급 가능성 점검
- 전역(2017.08) 이후 중소기업에 근무하신 시기가 잔여기간 안에 있었는지 확인하세요.
- 그 기간에 감면을 적용받지 못했다면, 해당 연도별로 “경정청구(환급청구)”를 통해 돌려받을 수 있습니다.
- 경정청구 기한: 각 귀속연도 종합소득세 신고기한(통상 다음 해 5월 말) 다음날부터 5년. 예: 2020년 귀속은 통상 2026.5.31까지 가능.
- 이미 2018·2019년분은 시효가 지났을 수 있으나, 2020년 이후분은 아직 가능할 수도 있습니다(실제 근무·잔여기간 충족 시).

- 3) 기록 정정
- 군 복무로 인한 감면기간 정지와 잔여기간을 반영하도록, 과거 또는 현재의 근무처를 통해 감면 신청/정정 서류를 제출하거나, 본인이 세무서에 정정·경정청구를 하시면 됩니다.
- 필요서류 예: 감면신청서, 병적증명서(또는 전역증) 사본, 입·퇴사 확인서류, 원천징수영수증, (회사) 중소기업 확인서 등.

- 4) 현재 시점에 “다시 새로 적용” 가능 여부
- 최초 취업일이 2015년인 이상, 감면기간은 그 기준으로만 계산되며, 철회·재신청으로 새 3년/5년을 시작할 수는 없습니다.
- 다만 아직 잔여기간이 남아 있고(군 복무 정지 반영 후), 현재도 중소기업 재직 중이라면 남은 기간에 한해 적용은 가능합니다. 현실적으로 2015년 최초 취업의 경우 이미 만료됐을 가능성이 높습니다.

실무 진행 팁
- 홈택스 경정청구: 홈택스 로그인 → 신청/제출 → 경정청구(근로소득 연말정산 환급) 메뉴에서 진행, 관련 증빙 첨부.
- 회사 경유 적용: 현재(또는 당시) 근무처 인사/급여 담당을 통해 감면신청서 제출 및 원천징수 수정 요청.
- 상담: 국세상담센터 126(근로·원천 관련) 또는 관할 세무서 방문 상담 시, “중소기업 취업자 소득세 감면 군복무 정지 및 경정청구”로 문의.

핵심은 ‘철회로 초기화’가 아니라 ‘군 복무로 정지된 잔여기간을 반영해 소급 환급 또는 잔여기간 적용’입니다. 전역 이후 어느 시점에 어떤 중소기업에서 근무하셨는지가 관건이니, 그 이력을 기준으로 가능 연도를 먼저 계산해 보시길 권합니다. 필요하시면 근무·복무 이력을 주시면 잔여기간과 경정청구 가능 연도를 함께 계산해 드리겠습니다.

해당 답변은 제휴 세무사의 개인적인 의견이므로 참고용으로 활용하시기 바라오며, 답변에 대한 저작권은 찾아줘세무사에 귀속됨을 알려드립니다. 복사 및 변경, 배포시에는 반드시 출처 표기를 해주시기 바랍니다.

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