기본급여 300만 원 + 추가 100만 원을 실제로 직원에게 지급했다면, 추가 지급분도 전부 급여대장에 포함해서 신고하는 것이 맞습니다.
지금처럼 100만 원을 가지급금으로 처리해두는 건 회계상 임시 처리일 뿐이고, 세무 기준으로는 결국 급여로 정리해서 급여대장과 신고 금액을 일치시켜야 합니다.
가지급금으로 유지하면 나중에 세무리스크가 생길 수 있기 때문에,
실제 근로 대가로 지급한 금액이라면 급여로 돌려놓고 급여대장에 반영하는 게 가장 안전합니다.