간이과세자는 매출액에 업종별 부가가치율(1.5%~4%)을 곱해 산출세액을 먼저 계산하나, 연 매출 4,800만 원 미만이면 '납부의무 면제자'로 분류되어 최종 납부할 세액은 '0원'이 됩니다.
부가가치세는 매출액 전체에 대해 과세하며 매입액은 '매입세액공제(매입액의 0.5%)' 방식으로만 차감되는데, 이는 매출에서 매입을 직접 빼서 이익을 산출하는 '종합소득세' 방식과는 다릅니다.
질문자님은 이미 납부면제자라 내야 할 세금이 없으므로, 시스템상 0원 이하로 환급되지 않는 간이과세 특성 때문에 매입세액공제가 별도로 적용되지 않는 것처럼 보이는 것입니다.