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결론부터 말하면, 아니요. 이미 어머니로부터 받은 증여액이 3,000만 원(작년) + 3,000만 원(올해 대납) = 6,000만 원으로 10년 합산 5,000만 원(성년 기준) 한도를 초과합니다. 이때 본인이 1,000만 원을 어머니께 다시 보내도 “기존 증여가 줄어드는 것”으로 보지 않고, 별도의 역증여(자녀→어머니)로 봅니다. 따라서 어머니→자녀 증여 6,000만 원은 그대로 인정되고, 과세대상은 1,000만 원입니다.

핵심 정리
- 비과세 한도: 직계존속→자녀 증여는 10년 합산 기준 성년 5,000만 원(미성년 2,000만 원).
- 제3자 대납(월세보증금 어머니가 직접 납부)도 자녀에 대한 증여로 봅니다.
- 사후에 일부 반환(1,000만 원 송금)은 원래 증여를 취소해 주지 않으며, 자녀→어머니의 별도 증여로 처리됩니다.
- 세액 참고: 과세표준 1,000만 원 × 10% = 증여세 약 100만 원(기한 내 자진신고 시 3% 공제 적용 가능).

대안(합법적으로 비과세 범위 내로 맞추는 방법)
1) 부모 각각에서 받기
- 증여세는 “증여자별로 10년 합산”합니다. 아버지가 별도 자금으로 보증금 3,000만 원(또는 어머니 2,000만 + 아버지 1,000만) 지원하면,
- 어머니→자녀 합산: 3,000만(+2,000만까지 가능) = 5,000만 원 이내
- 아버지→자녀 합산: 3,000만 원
- 모두 비과세 범위 내.
- 단, 어머니 돈을 돌려서 아버지 명의로 주는 식은 실질과세로 어머니→자녀 증여로 봐 재분류될 수 있으니, 아버지 “자기 자금”으로 바로 지급한 사실이 명확해야 합니다(출처·이체내역 보관).

2) 증여가 아닌 ‘차용’으로 처리
- 어머니가 3,000만 원을 ‘빌려주는 것’으로 하고, 차용증(원금, 이자, 상환일정) 작성, 계좌이체로 이자/원금 실제 상환.
- 1억 원 이하 친족 간 금전대차는 무이자여도 통상 인정되지만(인정이자 과세 예외), 상환능력·실제 상환이 입증돼야 합니다. 이자를 적정 수준으로 주고받으면 더 안전합니다.
- 임대차보증금 반환청구권을 어머니에게 담보로 제공(양도담보)해 두면 입증에 유리합니다.

3) 임대차 계약을 부모 명의로 체결
- 보증금과 계약이 부모 명의라면 자녀에 대한 증여로 보지 않을 여지가 큽니다. 다만 실무상 거주·세액공제·대출 등 다른 이슈가 생길 수 있습니다.

기타 유의사항
- 성년이 아니라면 비과세 한도는 2,000만 원입니다.
- 증여세 신고·납부기한: 증여받은 달의 말일부터 3개월 이내. 기한 내 자진신고 시 세액공제(현재 3%)가 있습니다.
- 이미 작년 3,000만 원만 받았을 때는 신고의무가 없지만, 올해로 합산 5,000만 원을 넘기면 이번 건 신고 시 직전 10년 내 동일 증여자 금액(작년분)을 합산해 계산합니다.
- 모친 자금을 부친이 거쳐 지급하는 우회 구조는 실질과세로 모친 증여로 합산될 수 있으니 주의하세요.

정리하면, 1,000만 원을 돌려보내도 과세 회피가 되지 않습니다. 가능하면 지급 전 구조를 조정해(부친 자금 활용, 분할, 차용계약 등) 한도 내로 맞추시고, 이미 지급됐다면 적법한 차용으로 입증할 수 있을지(차용증 작성, 상환 이행 등) 세무전문가와 상의해 정리하시길 권합니다.