안녕하세요, 세무법인 플랜비 김영훈 세무사입니다.
결론부터 말씀드리면, 수령하시는 인도금 35백만원 전액에 부가세가 과세됩니다.
운용리스의 경우 차량 자체를 넘겨주는 행위는 재화의 공급에 해당하지 않으나, 대가를 받고 임차인의 지위를 양도하는 경우 그 대가에 대해서는 부가세가 과세됩니다 (서면-2017-부가-1203, 2017.05.31).
잔여 선급비용(50백만원)보다 낮은 금액을 받더라도 실제 수령하는 35백만원이 '임차인 지위 양도의 대가'에 해당하므로, 35백만원을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급하셔야 합니다.
부가세를 별도로 받을지 포함할지는 계약 시 미리 협의해 두시는 것을 권장드립니다. 감사합니다.