안녕하세요. 공동사업자의 종합소득세는 일반적으로 공동사업장 전체 소득을 먼저 계산한 뒤, 사업자 등록 시 신고한 손익분배비율에 따라 각자에게 배분되는 구조입니다.
따라서 질문자님의 사업소득 400,000원이 공동사업 전체 금액인지, 또는 이미 배분 완료된 금액인지는 홈택스에 표시된 본인 귀속분 기준인지 먼저 확인이 필요합니다.
또한 상대방 소득 1,000,000원에는 탈퇴 이후 단독 운영분까지 합산되었을 가능성이 높습니다.
참고로 단순경비율 대상 공동사업자는 홈택스 신고 유형에 따라 공동사업자 분배명세서 메뉴가 보이지 않을 수 있어, 실제로는 기준경비율 화면 또는 일반신고 화면으로 들어가 작성하는 경우가 많습니다.
아래 공동사업자 종합소득세 관련 글 참고해보시면 도움이 되실 것 같습니다.
https://goodtax.co.kr/blog/joint-business-income-tax-key-point